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吴美儒

新虫 (小有名气)

[求助] 序列 已有3人参与

一段序列怎么查找其外显子和内含子呀?

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jurkat.1640

至尊木虫 (文坛精英)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
NCBI里查基因,有全序列,并标注了外显子的范围。
2楼2017-02-23 14:44:28
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秋水00仙素

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
在NCBI里面,别人上传序列里面一般会有exon(外显子)和intron(内含子),你点击后,在序列上面会以深底色呈现,如果没有看到exon)和intron,你也可点击“CDS”,一般CDS是外显子序列,其余部分内含子。内含子一般是GT.....AG,不知道能不能帮到你,祝好运!如果还有问题可以私下互相学习~
3楼2017-02-23 15:11:45
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叶小宥

新虫 (小有名气)

4楼2017-02-24 11:19:24
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781055707

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
外显子是根据随机表达的蛋白序列测序获得的。
采菊东篱下,悠然见南山。
5楼2017-02-24 11:24:36
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快乐的牧羊人

金虫 (小有名气)

NCBI里面有基因全序列的,但是看外显子或者内含子要注意是哪个转录本,转录本不同外显子也不一样,我一般用ensembl.org,选择物种、转录本后左侧列表会显示exon,点进去就可以看到很详细的外显子序列,内含子只写出开头和结尾的几十bp,可对照NCBI数据找到。另外,不同数据库的数据会有偏差,但不会影响太大,自己取舍。再另,CDS一定是外显子组成的,但CDS是coding sequence,cDNA序列时才用,而我们用到的外显子组成的序列是mRNA。

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» 本帖已获得的红花(最新10朵)

感悟生活
6楼2017-02-24 11:53:57
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吴美儒

新虫 (小有名气)

送红花一朵
引用回帖:
6楼: Originally posted by 快乐的牧羊人 at 2017-02-24 11:53:57
NCBI里面有基因全序列的,但是看外显子或者内含子要注意是哪个转录本,转录本不同外显子也不一样,我一般用ensembl.org,选择物种、转录本后左侧列表会显示exon,点进去就可以看到很详细的外显子序列,内含子只写出 ...

因为我做的是植物,我用这个ensembl.org的时候不知道选那个,好像都是动物

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7楼2017-02-24 13:38:13
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