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SSR 与 物理图谱 +20金币
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被采纳的回帖奖励10个或者20个金币。 手中有200对SSR引物， 想知道他们具体相对的位置，即在 水稻12条染色体上的分布，怎么知道它们在物理图谱上面的位置呢？ [ Last edited by 350784478 on 2009-10-25 at 15:08 ] |
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shenye.judy
木虫 (正式写手)
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蔓菁(金币+10,VIP+0):谢谢。 BAC我没有，引物序列我有，按你的方法试试
蔓菁(金币+10,VIP+0):谢谢。 BAC我没有，引物序列我有，按你的方法试试
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如果你有BAC库，那就用这200对引物筛选BAC克隆，筛选到了那个BAC里有（如果SSR是单个的），那就把这个SSR定位在这个BAC上，然后根据BAC在物理图谱上的位置，得出SSR在物理图谱上的位置。（常规做法） 水稻基因组已经出来了，如果你能知道这些引物设计的原序列，直接去数据库比对（水稻的，我没用过，但理论上是可以比对上具体在染色体上的位置，会有哪个染色体第几个碱基位置都告诉你）。如果你没有原序列，就比较麻烦，也可以那引物直接去数据库比对，这样比对上的结果会很多，你要筛选，要既有一对引物，引物中又有SSR位点的序列才可以。 这个我也没具体做过，但理论上是这样子的。 |
2楼2008-12-19 11:43:08
