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【求助】ONIOM模型中的能量计算
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ONIOM模型 （DFT/genecp: DFT/3-21G) 一个钌的五配位化合物 能量：ONIOM: extrapolated energy = -1813.606312467803 该配合物加上一个三苯基膦后 后能量范围升高 ，请问这是为什么，是我的计算方法不对么？ 三苯基膦 同样用（DFT/3-21g**: DFT/3-21G) 与五配位 六配位中的化合物都采用相同的机组和方法，三苯基膦的能量是：ONIOM: extrapolated energy = -1030.872640175848 六配位的能量是： ONIOM: extrapolated energy = -2844.450299687489 这样求出的五配位与六配位的能量之差为：17.98kcal/mol 知道的朋友请帮忙解释一下！谢谢！ [ Last edited by zzgyb on 2008-12-24 at 09:27 ] |
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ONIOM模型 （DFT/genecp: DFT/3-21G) 一个钌的五配位化合物 能量：ONIOM: extrapolated energy = -1813.606312467803 该配合物加上一个三苯基膦后 后能量反而升高 ，请问这是为什么，是我的计算方法不对么？ 三苯基膦 同样用（DFT/3-21g**: DFT/3-21G) 与五配位 六配位中的化合物都采用相同的机组和方法，三苯基膦的能量是：ONIOM: extrapolated energy = -1030.872640175848 六配位的能量是： ONIOM: extrapolated energy = -2844.450299687489 这样求出的6配位与5配位的能量之差为：17.98kcal/mol，即六配位的能量更高，更不稳定，请问这是为什么？ 知道的朋友请帮忙解释一下！谢谢！ [ Last edited by zzgyb on 2008-12-24 at 09:27 ] |
2楼2008-12-18 10:01:13
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3楼2008-12-18 14:43:47
spkeey
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4楼2008-12-18 21:33:47
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7楼2008-12-22 16:50:27
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spkeey
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zzgyb(金币+4,VIP+0):谢谢你的参与，欢迎再次光临计算模拟版！
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（五配位+一个游离配体）一个文件 PK (六配位)一个文件 ----------------------------------------------- -------------------------- 这个就是五配体的能量 这个是六配体的能量 ================================================ 知道要 物质守恒吗？ 你比较的两个文件，必须有相同的物质，相同的基组设置。 ================================================  我晕了。你不用减去一个一个三苯基膦的能量阿。因为单独的一个三苯基膦的能量和有一个五配体在旁边的三苯基膦能量不一样的阿。意思就是，你比较的东西，不能分开算。你可以想象，一个文件就建立了一个系统，你不能把这个东西拿出去算。比如，这个系统有两个状态，A 可Ｂ，你可以 比较 B和A 的区别，但是如果你用另外的系统的东西来比较是不对的。也就是你只能比较在同一个文件里的变化啊。你要讨论一个问题，你要建立一个基于的系统而这个是不能变的，也就是你用GaussView看到的那个空的画面啊。然后，那是你的桌面，两个状态的所有原子，不能跑到外面去。阿。当你把一个东西孤立起来的时候。你就没有考虑被你抛弃的部分会对它有影响的。A---〉B +C 你要比较 （文件一：A） PK （文件二：B+C 放一起） ========================================= 一般，如果能量差别很大，也可以： （文件一：A） PK （文件二：B+C 放一起） （1） 约等于 （文件一：A） PK （文件二：B） +（文件三：C） （2） ============================== 但是你用了oniom方法。那如果分三个文件 A B C 你怎么可能使用相同的基组呢？ 例如 ： A： oniom B：包含oniom某部分 C ：未包含oniom某部分 ；这是不对的 除非是：A：oniom B：oniom C ：oniom 而且基组，原子一致 那么是没有问题的。就像你站在同样的地面（基础）上了。你用oniom是做不到的。 但是你用同一基组问题就不是很大： 例如 ： A：6-31G B：6-31G C：6-31G 这个能量就约等于 A：6-31G B+C：6-31G B C 距离比较远时（越远越接近）。 ============================== 所以我说你基组不统一阿。你只能用 式 （1）来比较的。oniom 分三个文件是不可能做到每个文件基组统一的阿。你用 Genecp，3-21G**，Genecp，不论基组还是分配给的原子都不一致，这怎么一致阿？ 一个常识问题。所有文件必须基于相同的基组水平之上阿。而不是两个文件 B +C 的设置刚刚好等于A 的基组设置和分配。这个很怪的。你明白了吗？ 太绕了，希望有点用。 ==================== 或者说；相当于一个 分解反应 A---〉B+C 你只要 比较 B+C 和 A 能量就知道哪个不稳定了。two files，OK？ [ Last edited by spkeey on 2008-12-23 at 15:55 ] |
9楼2008-12-23 15:50:12
10楼2008-12-23 20:07:28
