应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 计算模拟 » 【求助】vasp的NEB寻找过渡态的问题
121/2返回列表12下一页
查看: 1438  |  回复: 11
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前主题已经存档。

ivan508

至尊木虫 (著名写手)

emuch业务拓展部经理

[交流] 【求助】vasp的NEB寻找过渡态的问题

我尝试vasp的NEB寻找过渡态，执行后遇到以下错误代码：

running on    3 nodes
each image running on    3 nodes
distr:  one band on    1 nodes,    3 groups
vasp.4.6.6 17Mar03 complex
01/POSCAR found :  1 types and   26 ions
forrtl: severe (174): SIGSEGV, segmentation fault occurred
forrtl: severe (174): SIGSEGV, segmentation fault occurred

输入文件INCAR如下：
SYSTEM = test NEB
Prec=Accurate
ENCUT=300
ISTART=0
ISMEAR=1
SIGMA=0.15
NSW=40
IMAGES=1
SPIRNG=-5
NELMIN = 4
IBRION=1
NFREE=10
ISIF=3
LCHARG=.FALSE.
LWAVE=.FALSE.

那位大侠帮忙解决一下，不胜感激！将赠送50金币

[ Last edited by mingdong on 2009-12-9 at 08:36 ]
回复此楼

» 猜你喜欢
天 将 降 大 任 于 斯 人 也 [url=tencent://message/?uin=53975515&Site=http://emuch.net/bbs/ind][img]http://wpa.qq.com/pa?p=1:53975515:7[/img][/url]
1楼 2008-12-17 21:33:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

spur

金虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★
fegg7502(金币+4,VIP+0):thanks
IMAGES=1
才插入一个点有意义吗？你至少要插入6～8个点才能说明一个问题。
ISIF=3可能会引入莫名奇妙的错误，如果有幸往下做也会有由于晶格畸变而带来额外的能垒。
赞一下(11人) 回复此楼
4楼2008-12-18 12:16:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ivan508

至尊木虫 (著名写手)

emuch业务拓展部经理
版主分析的非常准确。这个问题我还没有考虑到。
但是我现在关键的一个问题是NEB无法执行完成，计算的准确性无从谈起，呵呵。

不知道NEB算法可不可以手动加载每个IMAGE，或者是分别计算每个IMAGE的能量，那么最后比较能量大小，也可以找到过渡态。
赞一下(1人) 回复此楼
天 将 降 大 任 于 斯 人 也 [url=tencent://message/?uin=53975515&Site=http://emuch.net/bbs/ind][img]http://wpa.qq.com/pa?p=1:53975515:7[/img][/url]
7楼2008-12-18 21:04:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

ivan508

至尊木虫 (著名写手)

emuch业务拓展部经理
呵呵，没有人响应啊！
可能是问题比较怪！
赞一下 回复此楼
天 将 降 大 任 于 斯 人 也 [url=tencent://message/?uin=53975515&Site=http://emuch.net/bbs/ind][img]http://wpa.qq.com/pa?p=1:53975515:7[/img][/url]
2楼2008-12-18 10:48:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ivan508

至尊木虫 (著名写手)

emuch业务拓展部经理
VASP的NEB确实是个相当好的工具，就是这些用起来总有意想不到的错误发生。呵呵
赞一下 回复此楼
天 将 降 大 任 于 斯 人 也 [url=tencent://message/?uin=53975515&Site=http://emuch.net/bbs/ind][img]http://wpa.qq.com/pa?p=1:53975515:7[/img][/url]
3楼2008-12-18 10:50:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ivan508

至尊木虫 (著名写手)

emuch业务拓展部经理
wuchenwf(金币+0,VIP+0):用3的话，很多情况都会出问题，所以尽量不要用3
谢谢版主留意我的问题！

我只是想先验证我的INCAR文件是否正确，再加中间状态。

ISIF=3让系统驰豫为什么会出现错误呢？
赞一下(10人) 回复此楼
天 将 降 大 任 于 斯 人 也 [url=tencent://message/?uin=53975515&Site=http://emuch.net/bbs/ind][img]http://wpa.qq.com/pa?p=1:53975515:7[/img][/url]
5楼2008-12-18 12:25:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

spur

金虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★
fegg7502(金币+5,VIP+0):thanks
比如说表面模型，如果ISIF=3,原子可能会驰豫到真空层中去；第二，迁移原子在一些image中本来就处在不稳定的位置，优化之后可能导致晶格变形，这样一来，能垒就变大了，从而导致你得到的能垒并不仅仅是原子迁移的能垒。
赞一下(10人) 回复此楼
6楼2008-12-18 19:44:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

sunray55

银虫 (小有名气)
★ ★ ★
wuchenwf(金币+3,VIP+0):xiexie
错误好像是程序调用函数引起的，或者内存不足,肯定不是输入文件的错误。
如果同一个程序以前算NEB没问题，试着减小原子数看看。
如果是第一次用编译的vasp算NEB，请检查一下编译NEB部分有没有错误，
不妨重新对NBE部分编译一下。（PS：默认的vasp编译是不能算NEB的）

[ Last edited by sunray55 on 2008-12-21 at 21:55 ]
赞一下(10人) 回复此楼
8楼2008-12-21 21:54:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

spur

金虫 (正式写手)
★ ★ ★
fegg7502(金币+3,VIP+0):thanks
引用回帖:
Originally posted by sunray55 at 2008-12-21 21:54:
错误好像是程序调用函数引起的，或者内存不足,肯定不是输入文件的错误。
如果同一个程序以前算NEB没问题，试着减小原子数看看。
如果是第一次用编译的vasp算NEB，请检查一下编译NEB部分有没有错误，
不妨重新对 ...

4.6以上的版本就已经植入了NEB模块，直接进行计算即可。如果要用climbing NEB，则需要下载一个script植入到vasp中去。
一般说来，NEB计算时cpu使用数量与images数量成整倍数关系，不知道你的错误信息是否与此有关。

[ Last edited by spur on 2008-12-22 at 15:56 ]
赞一下(10人) 回复此楼
9楼2008-12-22 15:52:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

stractor

金虫 (著名写手)
★ ★
fegg7502(金币+2,VIP+0):鼓励讨论,能否再写详细点，在木虫上讨论？以供其他人参考？
ivan508  你好,我也在用VASP里面的NEB,如果你看到这个贴,就发个邮件给我,我想和你交流一下.
我的邮箱地址:
   jc.w2012@yahoo.com.cn
赞一下(10人) 回复此楼
10楼2008-12-22 22:03:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 ivan508 的主题更新
121/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭