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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 小木虫的大神们，求教金簇的粗粒化模拟
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gavincwq

新虫 (初入文坛)

[交流] 小木虫的大神们，求教金簇的粗粒化模拟

我现在得到了金簇的pdb文件，但是要进行粗粒化模拟还需要psf文件，我准备用namd的psfgen plugin，但是又需要拓扑文件之类的，教程写的也都是蛋白的。有没有前辈教教我啊，感激不尽
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hwindbell

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1楼 2017-02-13 15:38:52
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简点爱的

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
我还没做到你那一步，不过根据我所看的文献，你要有原子所受力的文件.top；使用.pdb和.top这两个文件在VMD中,用Automatic PSF Builder功能得到初始的结构文件.psf文件。  我想问你一下，那个金属的.pdb文件是怎么得到的呢
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2楼2017-03-14 11:09:07
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gavincwq

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 简点爱的 at 2017-03-14 11:09:07
我还没做到你那一步，不过根据我所看的文献，你要有原子所受力的文件.top；使用.pdb和.top这两个文件在VMD中,用Automatic PSF Builder功能得到初始的结构文件.psf文件。  我想问你一下，那个金属的.pdb文件是怎么得 ...

这个可以用materials studio 建模

发自小木虫Android客户端
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3楼2017-03-20 13:03:33
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hwindbell

新虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
送红花一朵
请问你现在问题解决了吧，金的psf文件是如何形成的，能否告知，谢谢
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4楼2018-04-26 08:40:01
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