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从NCBI上的转录组能找到某基因cDNA全长序列吗？
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我想通过转录组找到某一基因进行克隆，现在在NCBI上找到了该物种的转录组，和要找基因的近源物种该基因的cds，进行blast，结果怎么用？这样的结果是否提示不能用？如果能用要怎么处理？本人是生信的菜鸟只懂得blast，希望有大神能好心教教我，不胜感激。    @wizardfan |
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2楼2017-01-24 18:42:19
3楼2017-01-25 14:52:08
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5楼2017-01-25 14:55:39
niil
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6楼2017-01-26 14:34:47
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不好意思，还没说完就发出去了… 你可以把比对上的reads 下载下来，去除重复，用比对软件拼接，可以获得够长度的mRNA 序列，验证后用RACE的方法获得全长。 发自小木虫Android客户端 |
7楼2017-01-26 14:37:18
niil
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西门吹雪170: 金币+2, 鼓励回帖交流 2017-01-27 08:55:52
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此外，你也可以选取代表性的reads，根据这些reads 设计引物进行pcr填补gap，然后再RACE。这样在数据分析上不会很麻烦，实验会做的多一点。 发自小木虫Android客户端 |
8楼2017-01-26 14:40:41
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嗯，谢谢老师！新年快乐！不过按照我的比对结果，似乎没有重叠序列，可能只能用第二种了。如果重叠序列多能不能做电子克隆？或者直接找同源序列设计简并引物会更好？ 发自小木虫Android客户端 |
9楼2017-01-27 07:42:15