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zj9452

铜虫 (初入文坛)

[求助] 求将RNAseq根据注释的TSS排成列表

已经有bedGraph了, 由于是做NETseq,想要看在TSS的相对位置。如何把这样的数据:

chr       5 start   3 end        score      
chr1 3054909 3054910  0.283372

转化成X=position around TSS,Y=sum score of reads,如这样:

gene  -5 -4 -3 -2 -1 +1 +2 +3 +4 +5
abc    0    0   1  2  3  4   6    4   2    1

(最好是可以用r或者在unix下下载单独的软件处理)
另求RNA-seq数据处理的教程,新手自学,十分辛苦,万分感谢,各位帮助!
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