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dswkohaku木虫 (小有名气)
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如何将materials studio里面的xtd转变为xyz坐标 已有4人参与
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两个文件 cg开头为粗粒化数据，如mesocite atom开头为原子模拟数据forcite 要转换哪个目录下的xtd文件就把这pl文件挪到哪个目录中，并且把my $doc = $Documents{"./benzene.xtd"}; 当中的文件名改成要转换的文件名。之后，保持此脚本文件窗口处于激活状态，选tools-scripting-debug（或者直接按F5，或者按工具栏的蓝色三角按钮）就开始对xtd文件进行转换，转换结束后在当前目录下会输出trj.txt文件。将其后缀改为.xyz之后就能被VMD等程序直接读取了。 debug模式对于大体系、帧数较多的轨迹转换起来颇慢，可以用tools-scripting-Run on server模式来运行，这样转换速度明显快得多，trj.txt将会生成到新的目录，当前目录下的其它文件也会被强行复制过去一份。 此脚本默认转换所有帧。如果想转换指定帧数范围，就把my $framebegin=1;和my $frameend=10;改成自定的起止帧号就行了，需要先将my $frameend=10;前面的注释去掉。 如果是周期性体系，那么在MS当中看起来轨迹是什么样转换过去就是什么样。比如，如果在display style-lattice中在某个方向上多显示一个周期，那么转换出的轨迹在相应方向上也会多出一倍原子。Default、In-Cell、Original的显示模式下转换出的原子坐标也会相应地可能有所不同。  |
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本内容由用户自主发布，如果其内容涉及到知识产权问题，其责任在于用户本人，如对版权有异议，请联系邮箱：xiaomuchong@tal.com - 附件 1 : atom-xtd-xyz.pl
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2017-01-18 09:50:29, 2.39 K
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