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如何回复Genbank序列里含有读码框移位和终止密码子问题
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早前给Genbank上传了序列，已经给登录号了，最近收到回信说校准过程中发现读码框移位问题，让给出解释。序列是自己pcr获得的一段蛋白因子的，含有内含子，测序回来后直接blast建树。这种情况如何回复，序列需要怎么校准，还是编码框起始位置需要修改?回信的校准结果怎么看？请各位大师帮助！以下是信得内容，以及部分序列。 Upon doing an alignment of your sequences, there may be reading frame shifts in many of the sequences near the 5' and 3' ends. If the nucleotide sequences are incorrect, send us the corrected sequences, and we will replace the current sequences in your submission. If the sequences are correct, please let us know if you have any evidence that these frame shifted proteins are translated. alignment results: 1 50 KX094899 ...CCAATGTCA.TCGTATC.GGCC.CGTCGACTCTGGCAAGTCGACCAC KX094919 ...CACAAGT.G.TCGTATC.GGCC.CGTCGACTCTGGCAAGTCGACCAC KX094908 ....CAGAGTCA.TGGTATC.GGCCACGTCGACTCTGGCA.GTCGACCAC KX094918 ....CCAAAAAG.TCGTATC.GGTC.CGTCGACTCTGGCAAGTCGACCAC KX094916 ...CCAG...CG.TCGTATC.GGCA.CGTCGACTCTGGCA.GTCGACCAC KX094910 .....CATCGTG.TCGTATC.GGCCACGTCGACTCTGGCAAGTCGACCAC KX094901 ...CCAATGTG..TCGT.ATCGGC.ACGTCGACTCTGGCAAGTCGACCAC KX094905 ...CCAATGTTGATCGTCATCGGCCACGTCGACTCTGGCAAGTCGACCAC KX094909 ..ACCCTTTTGGTTCGTCATCGGCCACGTCGACTCTGGCA.GTCGACCAC KX094915 ....ACTTGTGG.TCGTCATCGGCCACGTCGACTCTGGCA.GTCGACCAC KX094902 ..CAAATTGCCA.ACGCCTCGGGCC.CGTCGACTCTGGCAAGTCGACCAC KX094920 ...CCAATGACG.TCGTATCGG.CC.CGTCGACTCTGGCAAGTCGACCAC KX094926 ..ACCCTTATCA.TTGTCTCGG.CC.CGTCGACTCTGGCA.GTCGACCAC KX094921 ...CACCTATCA.T.GTATCGG.CA.CGTCGACTCTGGCAAGTCGACCAC KX094904 ..TACAAACTCG.TCGTATCGGGCCACGTCGACTCTGGCAAGTCGACCAC KX094907 ....CCCTGACG.ATGTCTCGGCC..CGTCGACTCTGGCA.GTCGACCAC KX094923 ....CCCCAGCG.TCGTATCGGCC...GTCGACTCTGGCA.GTCGACCAC KX094903 ..CATTGAACCAATGGTCATCGGCCACGTCGACTCTGGCA.GTCGACCAC KX094917 ..CCT...CACGTCGTGTATCGGC.ACGTCGACTCTGGCA.GTCGACCAC KX094924 ........TCTCACTCGTCTCGGC.ACGTCGACTCTGGCA.GTCGACCAC KX094900 .....CCATTCAT.CGT.ATCGGCCACGTCGACTCTGGCAAGTCGACCAC KX094911 ...CCACTTTCGTTCGTCATCGGCCACGTCGACTCTGGCAAGTCGACCAC KX094913 ...CCACTTTCGT.CGT.ATCGGC.ACGTCGACTCTGGCAAGTCGACCAC KX094906 .....CCCGTCGATCGT.CATCGGCACGTCGACTCTGGCAAGTCGACCAC KX094912 AAAAATTTGTCGTTTAT.CGGGCCACGATCGACTCTGGCAAGTCGACCAC KX094914 ...GGATCATCGGTTGT.CGCTATCAAGTCGACTCTGGCAGTCAGACCAC KX094925 ...CCACCTTCG.TCGT.CTCGGCC..GTCGACTCTGGCA.GTCGACCAC KX094922 ....CCATGTCCATCGTCATCGGCC.CGTCGAC 251 300 KX094899 CCTTT.GCCCATCGATTTCCCCTACGA.CTCG.................. KX094919 CCTTT.GCCCATCGATTTCCCCTACGA.CTCG.................. KX094908 CCTTT.GCCCATCGACTTCCCCTACGA.CTCG.................. KX094918 CCTTT.GCCCATCGACTTCCCCTACGA.CTCG.................. KX094916 CCTTT.GCCCATCGATTTCCCCTACGA.CTCG.................. KX094910 CCTTTTGCCCATCGATTTTCCCTTCGA.CTCGCCGCTCCCATACAACTCG KX094901 GCT....CCCATCGATT...CCCACGA.TTCGCTCCCTC......ACTCG KX094905 GCT....CCCATCGATT...CCCACGA.TTCGCTCCCTC......ACTCG KX094909 GCT....CCCATCGATT...CCCACGA.TTCGCTCCCTC......ACTCG KX094915 GCT....CCCATCGATT...CCCACGA.TTCGCTCCCTC......ACTCG KX094902 GCT....CCCATCGATT...CCCACGA.TTCGCTCCCTC......ACTCG KX094920 GCT....CCCATCGATT...CCCACGA.TTCGCTCCCTC......ACTCG KX094926 GCT....CCCATCGATT...CCCACGA.TTCGCTCCCTC......ACTCG KX094921 GCT....CCCATCGATT...CCCACGA.TTCGCTCCCTC......ACTCG KX094904 GCT....CCCATCGATT...CCCACGA.TTCGCTCCCTC......ACTCG KX094907 GCT....CCCATCGATT...CCCACGA.TTCGCTCCCTC......ACTCG KX094923 GCT....CCCATCGATT...CCCACGA.TTCGCTCCCTC......ACTCG KX094903 GCT....CCCATCGATT...CCCACGA.TTCGCTCCCTC......ACTCG KX094917 GCT....CCCATCGATT...CCCACGA.TTCGCTCCCTC......ACTCG KX094924 GCT....CCCATCGATT...CCCACGA.TTCGCTCCCTC......ACTCG KX094900 GCTATCCCACATCGAATTCCCCGTCGAATTCCCTCCTCC...GCGACACG KX094911 GCTATCCCACATCGAATTCCCCGTCGAATTCCCTCCTCC...GCGACACG KX094913 GCTATCCCACATCGAATTCCCCGTCGAATTCCCTCCTCC...GCGACACG KX094906 GCTATTCCACATCGAATTCCCCGTCGAATTCCCTCCTCC...GCGACACG KX094912 GCTATTCCACATCGAATTCCCCGTCGAATTCCCTCCTCC...GCGACACG KX094914 GCTATTCCACATCGAATTCCCCGTCGAATTCCCTCCTCC...GCGACACG KX094925 GCTATTCCACATCGAATTCCCCGTCGAATTCCCTCCTCC...GCGACACG KX094922 GATATTCCACATCGAATTCCCCGTCGAATTCCCTCCATC...GCGATACG |
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2楼2018-04-08 22:02:26