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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 专家会诊 » 十亿量级的原子数需要多少核才算的动？
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sandy950111

新虫 (初入文坛)

[求助] 十亿量级的原子数需要多少核才算的动？ 已有1人参与

十亿量级的原子数，需要怎样的计算条件才能算的动？也就是多少核的集群？
有大神有相关经验或是能给个估计么？
背景是用MD模拟水滴，尺度有些大，直径到零点几个微米了，原子量到了十亿量级。
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1楼 2017-01-13 08:47:00
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brucefan

专家顾问 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
sandy950111: 金币+5, ★★★★★最佳答案 2017-01-14 09:07:19
至少要千把个核心吧。体系也可以小点吧？你这个原子数大得吓人啊。

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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2楼2017-01-13 23:14:03
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sandy950111

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by brucefan at 2017-01-13 23:14:03
至少要千把个核心吧。体系也可以小点吧？你这个原子数大得吓人啊。

是的，体系确实太大了，所以在考虑改变模拟工况和背景，谢谢您啦！
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3楼2017-01-14 09:07:03
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hookah

木虫 (正式写手)
这个体系真的是太大了，真的有意义吗？
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4楼2017-01-14 18:13:27
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sandy950111

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by hookah at 2017-01-14 18:13:27
这个体系真的是太大了，真的有意义吗？

这就是经典MD的不足之处了。所以我觉得我的问题不适合采用经典MD模拟，要么缩减尺度，要么改变模拟方法，把计算量降下去~
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5楼2017-01-14 21:59:04
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jluchemlib

铁杆木虫 (正式写手)
我觉得这么大的体系用经典全原子的MD基本是不太可能的，用粗粒化的话还要看尺度是什么样的
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6楼2017-01-16 17:02:24
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csutzk

木虫 (小有名气)
5万原子，大概需要多少个核呢？借楼提个问。

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7楼2017-03-10 00:02:41
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qyj2006

铁杆木虫 (小有名气)
一般四核电脑算十万级别的可以

发自小木虫Android客户端
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明明白白我的心,寻找一份真感情!
8楼2017-03-10 04:57:41
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919070329

捐助贵宾 (初入文坛)
用介观模拟方法吧比较合适吧，dpd什么的

发自小木虫Android客户端
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GRDscientificresearch
9楼2017-03-20 17:12:08
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