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sandy950111

新虫 (初入文坛)

[求助] 十亿量级的原子数需要多少核才算的动? 已有1人参与

十亿量级的原子数,需要怎样的计算条件才能算的动?也就是多少核的集群?
有大神有相关经验或是能给个估计么?
背景是用MD模拟水滴,尺度有些大,直径到零点几个微米了,原子量到了十亿量级。
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brucefan

专家顾问 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
sandy950111: 金币+5, ★★★★★最佳答案 2017-01-14 09:07:19
至少要千把个核心吧。体系也可以小点吧?你这个原子数大得吓人啊。

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
2楼2017-01-13 23:14:03
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sandy950111

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by brucefan at 2017-01-13 23:14:03
至少要千把个核心吧。体系也可以小点吧?你这个原子数大得吓人啊。

是的,体系确实太大了,所以在考虑改变模拟工况和背景,谢谢您啦!
3楼2017-01-14 09:07:03
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hookah

木虫 (正式写手)

这个体系真的是太大了,真的有意义吗?
4楼2017-01-14 18:13:27
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sandy950111

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
4楼: Originally posted by hookah at 2017-01-14 18:13:27
这个体系真的是太大了,真的有意义吗?

这就是经典MD的不足之处了。所以我觉得我的问题不适合采用经典MD模拟,要么缩减尺度,要么改变模拟方法,把计算量降下去~
5楼2017-01-14 21:59:04
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jluchemlib

铁杆木虫 (正式写手)

我觉得这么大的体系用经典全原子的MD基本是不太可能的,用粗粒化的话还要看尺度是什么样的
6楼2017-01-16 17:02:24
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csutzk

木虫 (小有名气)


5万原子,大概需要多少个核呢?借楼提个问。

发自小木虫IOS客户端
7楼2017-03-10 00:02:41
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qyj2006

铁杆木虫 (小有名气)

一般四核电脑算十万级别的可以

发自小木虫Android客户端
明明白白我的心,寻找一份真感情!
8楼2017-03-10 04:57:41
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919070329

捐助贵宾 (初入文坛)

用介观模拟方法吧比较合适吧,dpd什么的

发自小木虫Android客户端
GRDscientificresearch
9楼2017-03-20 17:12:08
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