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薛稳来kk

新虫 (初入文坛)

[求助] 用sybyl x2.0进行分子对接 对接后出现问题

正常情况下，用pdb数据库蛋白配体和原型分子对接后出现如图一。
但是，如果不用pdb数据库中提取的蛋白配体，而是用自己敲进去的分子就会出现这样的问题：分子表单丢失名字或结构。如图五。
这种情况怎么处理呢？

用sybyl x2.0进行分子对接   对接后出现问题
图一   对接正确.png


用sybyl x2.0进行分子对接   对接后出现问题-1
图二  自己敲的分子.png


用sybyl x2.0进行分子对接   对接后出现问题-2
图三   .png


用sybyl x2.0进行分子对接   对接后出现问题-3
图四  对接2.png


用sybyl x2.0进行分子对接   对接后出现问题-4
图五  自己敲的分子 .png
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1楼 2017-01-12 22:09:35
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公尚过001

新虫 (初入文坛)
你首先需要让你的小分子和蛋白进行对接计算，确定小分子在蛋白空腔中的位置和构象，然后可以用导入相关软件研究分子和蛋白的作用关系

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2楼2017-01-13 12:48:06
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薛稳来kk

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 公尚过001 at 2017-01-13 12:48:06
你首先需要让你的小分子和蛋白进行对接计算，确定小分子在蛋白空腔中的位置和构象，然后可以用导入相关软件研究分子和蛋白的作用关系

小分子库和蛋白质都准备好了，不过蛋白和小分子的作用关系没有，因为我就是要做出这个东西来。现在是在小分子尝试对接的过程出现了问题

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3楼2017-01-15 09:24:55
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