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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 【讨论】如何选择选择系综
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香薷谷

金虫 (小有名气)

[交流] 【讨论】如何选择选择系综

刚刚开始学习MD，对于系综的选择常常无法确定,有没有高手讲解一下应该如何确定 or 选择系综？
辛苦啦！

[ Last edited by 香薷谷 on 2008-12-15 at 08:29 ]
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1楼 2008-12-11 20:51:03
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

tttl060

金虫 (著名写手)
★ ★ ★
gwdavid(金币+3,VIP+0):非常感谢！
如何选择合适的模拟系综主要取决与所模拟体系的性质，换句话说，就是你要模拟哪方面的性质，一般规则如下：

如是吸附模拟，系综ＮＶＴ
若是扩散模拟，系综ＮＰＴ
至于ＮＶＥ和ＮＰＨ系综基本上不再被使用了．．．．
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6楼2008-12-13 22:34:56
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普通回帖

qasd

木虫 (著名写手)
★
gwdavid(金币+1,VIP+0):谢谢！
看你要得到体系的哪种性质，来选用不同的系综
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2楼2008-12-11 22:56:20
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香薷谷

金虫 (小有名气)

介绍一些有关如何选择系宗的书籍

★ ★
yyx19840628(金币+2,VIP+0):谢谢
例如:我只是想得到体系的能量和构型,应该选什么系宗?
选择系宗不是根据体系的自身性质,如:温度,压强等来选择么??
PS:大家能否推荐一下介绍系宗 的文献或是书籍?Sample Text
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3楼2008-12-12 14:35:11
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shrek826

金虫 (小有名气)
★ ★
gwdavid(金币+2,VIP+0):谢谢！
一般文献中常用的有NVE，NVT系综
如果与压力相关，就得选用NPT系综，不过在分子动力学中控制压力是个很大的难题
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4楼2008-12-12 16:11:20
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yyx19840628

木虫 (著名写手)

鹰的眼睛，狼的耳朵，豹的速 ...
赞成楼上的，还有楼主你的版规问题
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人生的最大遗憾莫过于错误地坚持了不该坚持的，轻易地放弃了不该放弃的……
5楼2008-12-13 19:57:53
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xiaoshu120

银虫 (初入文坛)
引用回帖:
Originally posted by tttl060 at 2008-12-13 22:34:
如何选择合适的模拟系综主要取决与所模拟体系的性质，换句话说，就是你要模拟哪方面的性质，一般规则如下：

如是吸附模拟，系综ＮＶＴ
若是扩散模拟，系综ＮＰＴ
至于ＮＶＥ和ＮＰＨ系综基本上不再被使用了． ...

能解释一下为什么么？多谢！
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7楼2008-12-17 15:20:28
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wpllzx

铜虫 (正式写手)
★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 圣诞快乐
做扩散，优化为了获得稳定的密度时使用NPT，但在长时间的动力学模拟时采用NVT
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8楼2008-12-24 16:07:28
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zz422

铜虫 (小有名气)
★
yyx19840628(金币+1,VIP+0):谢谢
我看在很多文献中，对于小分子-蛋白体系，一般都先是NVT，然后是NPT。
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9楼2009-01-15 10:00:10
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yahoohoo

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★ ★
lei0736(金币+5):谢谢 2-2 15:32
首先建议你精读 Understanding Molecular Simulation一书，里面有详细的介绍。比如说，如果你想研究扩散，推荐使用NVE系综。如果你想研究相平衡，推荐使用所谓的Gibbs系综(MC中实现较为简单，而MD中则相对复杂一点)；如果研究吸附，推荐使用$\mu $VT系综，化学势不变，而分子数则是可变化的。当然，近年来研究热门的是所谓的扩展系综(Expanded Ensemble, 或Generalized Ensemble)。一些高级的MC、MD算法(例如simulated tempering, multicanonical ensemble MC等)涉及到扩展系综的概念。
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10楼2009-01-20 22:37:25
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