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striving银虫 (小有名气)
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蛋白质模建的优化问题
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本人最近做一个蛋白的模建工作．遇见了一些问题，请教一下各位． １．我是用的ＤＳ中的 Ｂuilding homology model, 验证是用的Verify protein(Profile-3D),然后用Loop refinement (Modeler) 对ＬＯＯＰ区进行优化，得到的结构用ＰＲＯＣＨＥＣＫ（拉马图）和ＥＲＲＡＴ进行验证，ＥＲＲＡＴ得到的分数一直低于５０． 请问下一步该用什么方法进行优化？ ２．看文献上写的：＂以上得到的模建蛋白在pH为7条件下加氢，得到初始模型．将整个体系加入0．5 am TIP3P水分子，采用InsightlI／Discover 95．0模块进行能量优化，力场选用CVFF 力场＂ 不知道加氢，加水以及ＣＶＦＦ各是什么意思？ ３．整个蛋白模建以后，准备和已有的一个蛋白３－Ｄ结构进行比较，请问可以用ＤＳ中的那个程序？ 怎么样找到活性位点？（已有蛋白的晶体结构是蛋白和配体的结合体） 本人刚接触到生物信息学，希望高手进行指点，感激不尽． |
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