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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 分类/鉴定 » 不动杆菌属基因组提取问题
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山荆子

银虫 (小有名气)

[交流] 不动杆菌属基因组提取问题

手里有一种菌，CTAB法提基因组，怎么都提不出来，在加了TE缓冲液和蛋白酶K37℃水浴后，延长时间也没用，不会变澄清。。。继续往下做，测浓度很低，16s都跑不出来。。。。甚至用试剂盒提也没用。。请问诸位虫友，还有什么改进办法吗？

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1楼 2017-01-04 13:55:07
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二十一业

铜虫 (小有名气)
★
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主要是破壁没搞好，试试溶菌酶或者物理方法破壁，后面就正常流程提取即可。
物理破壁一般提取效果比较好。
你提取的是基因组DNA，直接跑胶是看不到16S条带的
PCR扩增16S序列后跑胶才看到16S
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2楼2017-01-04 14:15:53
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山荆子

银虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 二十一业 at 2017-01-04 14:15:53
主要是破壁没搞好，试试溶菌酶或者物理方法破壁，后面就正常流程提取即可。
物理破壁一般提取效果比较好。
你提取的是基因组DNA，直接跑胶是看不到16S条带的
PCR扩增16S序列后跑胶才看到16S

我没说清楚，肯定是设计了16s引物做得PCR啊……谢谢你的意见，我会再尝试。

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3楼2017-01-04 18:58:41
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二十一业

铜虫 (小有名气)
★
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引用回帖:
3楼: Originally posted by 山荆子 at 2017-01-04 18:58:41
我没说清楚，肯定是设计了16s引物做得PCR啊……谢谢你的意见，我会再尝试。
...

只是扩增16S的话，是不是菌Ｐ也可以啊，试试？
不动杆菌的物种鉴定，用16S很难判断的，先试一下16S比对到什么，然后可能提取的基因组再测个草图鉴定
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4楼2017-01-05 12:16:32
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山荆子

银虫 (小有名气)
我的最终目的是要扩增这个菌里的一个耐药基因，16s是阳性对照，结果无论是基因还是16s都P不出来。。。

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5楼2017-01-05 15:26:40
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