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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Siesta&Smeagol&Atk » 【求助】Siesta可以找过渡态吗？
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huangyc

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助】Siesta可以找过渡态吗？

各位用Siesta的虫友们，可否用该软件找过渡态？VASP中NEB方法效率实在太低，没有接触过Siesta，望明白人指点。谢谢

[ Last edited by SHY31 on 2008-12-12 at 10:48 ]
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1楼 2008-12-11 15:00:19
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fegg7502

荣誉版主 (知名作家)

无

优秀版主
★
zdhlover(金币+1,VIP+0):呵呵，辛苦了
Siesta找过度态很强大的
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心诚意正，方可始终；身无苦灭，永登光明。
2楼2008-12-11 16:20:33
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yuan888

铜虫 (小有名气)
★
灯塔守望者(金币+1,VIP+0):谢谢指点
找过渡态最好还是用高斯，其次MS也不错
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3楼2008-12-11 18:03:12
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huangyc

木虫 (正式写手)
LS误解了，我是做表面的过渡态搜寻，高斯肯定用不了
2楼版主，SIESTA找过渡态是不是比VASP要高效的多，VASP找过渡态实在是繁啊。
谢谢
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4楼2008-12-11 18:33:10
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wzslg

金虫 (著名写手)
★
jghe(金币+1,VIP+0):感谢你参与讨论！
SIESTA找过渡态是的方法类似高斯中的qst2方法，也就是得知道起始的坐标，应该是很慢啊

VASP没用过

不过ms还是很快的
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我的QQ191094980
5楼2008-12-11 19:41:02
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TIGERYZZ

金虫 (小有名气)
★
spur(金币+1,VIP+0): 3Q！！谢谢参与！
Atk也有NEB的模块，不过我没有用过，不过他们自己说他们的计算速度比vasp要快。楼主可以找个小的表面体系比比看。
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6楼2008-12-12 10:25:02
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shrek826

金虫 (小有名气)
★ ★
zdhlover(金币+2,VIP+0):如果能提供文章再加三分，多谢啊
zdhlover(金币+2,VIP+0):如果能提供文章再加三分，多谢啊
zdhlover(金币-2,VIP+0):呵呵，不好意思多加了一次
肯定可以，复旦大学的刘智攀老师用SIESTA研究了乙醇氧化的机理，发表在JACS上
应该是前不久的文章
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7楼2008-12-13 20:03:54
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shrek826

金虫 (小有名气)
★ ★
fegg7502(金币+2,VIP+0):应该是做了修改的，但是SIESTA找过度态仍比VASP强
我没有仔细看他的文章，不确定他是否修改了程序，总之是加快了过渡态的搜索
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8楼2008-12-13 21:23:38
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y1ding

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★
zdhlover(金币+2,VIP+0):欢迎常来讨论
引用回帖:
Originally posted by fegg7502 at 2008-12-11 16:20:
Siesta找过度态很强大的

siesta目前2.0版本是不可以找过渡态的
siesta1.3版本有个artsiesta，可以找过渡态。
据我所知。NEB目前在siesta下还没有实现，不知道这个Siesta找过度态很强大是什么意思？
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9楼2008-12-14 16:21:25
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y1ding

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by shrek826 at 2008-12-13 20:03:
肯定可以，复旦大学的刘智攀老师用SIESTA研究了乙醇氧化的机理，发表在JACS上
应该是前不久的文章

看了一下刘老师是自己改了代码的。
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10楼2008-12-14 16:30:44
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