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心诚127

金虫 (小有名气)

[交流] 求助

最近在做分子模拟这一块。我们想比较不同亚型蛋白结合位点的差异,但是有个亚型蛋白的结合位点没有结合小分子,所以我们用分子对接和动力学模拟得到了该亚型蛋白与小分子的作用模式,此外我们对在该位点结合小分子的亚型蛋白也进行了动力学模拟,得到的作用模式及蛋白结构和单晶衍射的蛋白都有很大的差别。所以想问一下通过动力学模拟得到的蛋白构象准确吗?
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我还年轻,我需奋斗
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ruofei16888

铜虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
貌似你没有形容清楚吧

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2楼2017-01-02 16:59:49
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心诚127

金虫 (小有名气)

送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by ruofei16888 at 2017-01-02 16:59:49
貌似你没有形容清楚吧

动力学模拟后得到一个小分子与蛋白的结合模式,与文献报道的结合构象叠合在一起后发现两个蛋白构象存在很大的差异,小分子的结合位点也有偏移,所以想问是什么原因导致的?
我还年轻,我需奋斗
3楼2017-01-03 10:17:23
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