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Sparks__Fly

新虫 (小有名气)

[求助] 计算FeCr中掺杂He的形成能(初学者还请见谅) 已有2人参与

先用MS建模2X2X2的Fe原子模型,再把某个原子替换成Cr原子,之后在不同的间隙位置上掺杂He原子,计算形成能,从而判断He原子可能出现的位置。
第一步先是结构优化:INCAR:
SYSTEM=onestep-FeCrHe-1
ENCUT=250(是否合理?)
ISTART=0;ICHARG=2
ISMEAR=1;SIGMA=0.2
NSW=3(是否过小?);IBRION=2
ISIF=3
POTIM=0.2
EDIFF=1E-6;EDIFFG=-1E-3
PREC=M
POSCAR选择为Selective dynamics,仅仅固定He原子的位置(是否正确?)
K点的选择需要多少才能保证计算的大致准确性?

之后将CONTCAR复制成POSCAR,再进行静态计算:INCAR:
SYSTEM=FeCrHe
ENCUT=250
ISTART=0;ICHARG=2
ISMEAR=-5
PREC=Accurate
K点的选择需要多少才能保证计算的大致准确性?(并不需要太精确,因为是个人电脑进行计算,并且还是初学)

请各位大牛帮忙看一下,设置是否合理。第一次接触vasp这个软件,课题组也没有任何人模拟相关软件,全靠自己在小木虫上摸索。
可能你们的几分钟,就能给予初学者最大的帮助。你们的帮助我也将牢记,并传递给未来的初学者,谢谢!麻烦了!仅有的金币奉上
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温杨树

木虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
Sparks__Fly(蛋蛋小童鞋代发): 金币+3, 谢谢参与,小木虫鼓励积极回答问题者 2016-12-29 16:42:08
Sparks__Fly: 金币+5, ★★★很有帮助 2016-12-30 11:32:47
在结构优化之前应该先进行收敛性测试,小木虫论坛上有解释收敛性测试的帖子。ENCUT参数和KPOINTS文件中k点的个数肯定要测试。NSW=3确实太小了,手册上的说明默认值是60,EDIFF设置得太小了,可以参考别人做的文献上的EDIFF值。
在确定INCAR文件的参数之前应该仔细阅读VASP的官方手册,里面的说明更全面详细。
2楼2016-12-29 14:30:53
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温杨树

木虫 (初入文坛)

蛋蛋小童鞋: 应助指数-1, 违规存档, 不允许同一个帖子多次刷应助 2016-12-29 16:42:43
在结构优化之前应该先进行收敛性测试,小木虫论坛上有解释收敛性测试的帖子。ENCUT参数和KPOINTS文件中k点的个数肯定要测试。NSW=3确实太小了,手册上的说明默认值是60,EDIFF设置得太小了,可以参考别人做的文献上的EDIFF值。
在确定INCAR文件的参数之前应该仔细阅读VASP的官方手册,里面的说明更全面详细。
3楼2016-12-29 14:31:04
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zhangfrank

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
Sparks__Fly(蛋蛋小童鞋代发): 金币+2, 谢谢交流 2016-12-29 21:01:15
Sparks__Fly: 金币+7, ★★★★★最佳答案 2016-12-30 11:37:46
楼上讲的比较清楚了,是需要进行收敛性测试会更好。如果经验足够,也可以直接进行计算。

第一步先是结构优化:INCAR:
SYSTEM=onestep-FeCrHe-1
ENCUT=250(是否合理?)        ####因为设置了PREC,其实这个参数可以省略。也可以看下PREC=M时候的ENCUT推荐值是什么。
ISTART=0;ICHARG=2
ISMEAR=1;SIGMA=0.2
NSW=3(是否过小?);IBRION=2    ###=3肯定太小了。要么不设置,用默认的60,要么设置300等,让它自己弛豫完。如果到了300
####步还没收敛说明你的结构很可能就不能收敛了
ISIF=3    ###在你的体系中需要考虑优化晶格尝试么?
POTIM=0.2
EDIFF=1E-6;EDIFFG=-1E-3    ###EDIFFG如果取负数表示用力收敛标准,那这个数值太小了。
PREC=M
POSCAR选择为Selective dynamics,仅仅固定He原子的位置(是否正确?)###既然你想看He在哪个位置稳定,我觉的你不能固定任何原子的位置吧?

K点的选择需要多少才能保证计算的大致准确性?###立方晶系的话,假设晶格常数a,建议kmesh>=30/a

之后将CONTCAR复制成POSCAR,再进行静态计算:INCAR:
SYSTEM=FeCrHe
ENCUT=250                    ### 用默认的或者提高
ISTART=0;ICHARG=2
ISMEAR=-5
PREC=Accurate
K点的选择需要多少才能保证计算的大致准确性?(并不需要太精确,因为是个人电脑进行计算,并且还是初学)###立方晶系的话,假设晶格常数a,建议kmesh>=30/a
计算顺利点吧
4楼2016-12-29 20:57:25
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Sparks__Fly

新虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by zhangfrank at 2016-12-29 20:57:25
楼上讲的比较清楚了,是需要进行收敛性测试会更好。如果经验足够,也可以直接进行计算。

第一步先是结构优化:INCAR:
SYSTEM=onestep-FeCrHe-1
ENCUT=250(是否合理?)        ####因为设置了PREC,其实这个 ...

K点选择是30/a,指的是K点的总数还是K点的边长?文献里面K点设置成5 5 1有什么影响?EDIFFG太小的话,一般应该改成多少?-1E-2?另外我是想先固定掺杂原子,之后计算不同位置的形成能,从而判断,这样可以吗?我总觉得如果所有原子都位置迟豫的话,算形成能还有必要吗?谢谢
5楼2016-12-30 11:37:39
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Sparks__Fly

新虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 温杨树 at 2016-12-29 14:31:04
在结构优化之前应该先进行收敛性测试,小木虫论坛上有解释收敛性测试的帖子。ENCUT参数和KPOINTS文件中k点的个数肯定要测试。NSW=3确实太小了,手册上的说明默认值是60,EDIFF设置得太小了,可以参考别人做的文献上 ...

EDIFF设置的太小,那一般是多少呢?1E-5可以吗,谢谢
6楼2016-12-30 11:49:47
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zhangfrank

金虫 (正式写手)

引用回帖:
5楼: Originally posted by Sparks__Fly at 2016-12-30 11:37:39
K点选择是30/a,指的是K点的总数还是K点的边长?文献里面K点设置成5 5 1有什么影响?EDIFFG太小的话,一般应该改成多少?-1E-2?另外我是想先固定掺杂原子,之后计算不同位置的形成能,从而判断,这样可以吗?我总 ...

k点的边长。
文献里面设置5 5 1的体系很可能是一个细长形状的表面模型吧?如果说是一个块体,很可能是设置为5 5 5才对的呢。

如果你用力收敛的标准,你看看大家的类似结构文章,用-0.05应该就足够了(我记不太清了,你找几个文章看看)

总觉得你不应该固定参杂原子,考虑实际情况,原子肯定是趋向于移动到最稳定位置,你把参杂原子固定了它怎么移动呢?目前我也没算过形成能,只是一些个人理解。
计算顺利点吧
7楼2016-12-30 12:54:34
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Sparks__Fly

新虫 (小有名气)

引用回帖:
7楼: Originally posted by zhangfrank at 2016-12-30 12:54:34
k点的边长。
文献里面设置5 5 1的体系很可能是一个细长形状的表面模型吧?如果说是一个块体,很可能是设置为5 5 5才对的呢。

如果你用力收敛的标准,你看看大家的类似结构文章,用-0.05应该就足够了(我记不太 ...

谢谢不辞辛苦的回答这些问题,收获很大,再次感谢,另祝元旦快乐!
8楼2016-12-30 14:32:55
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zhangfrank

金虫 (正式写手)

引用回帖:
8楼: Originally posted by Sparks__Fly at 2016-12-30 14:32:55
谢谢不辞辛苦的回答这些问题,收获很大,再次感谢,另祝元旦快乐!...

多交流 我也学习很多
计算顺利点吧
9楼2016-12-30 21:52:32
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