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【求助】如何建立二面角的力场参数？
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最近想模拟一个体系，但是缺少部分力场参数，所以想自己创建，不过对二面角参数的一些概念比较模糊，所以向大家请教！文献中给出的二面角公式一般有两种，一种就是Kn/2[1+cos(n*phi-gamma)], 另一种就是傅里叶形式，V1/2（1 + cosΦi） +V2/2(1 - cos2Φi) +V3/2(1 + cos3Φi)。 问题1. 对于第一个公式在拟合二面角的能量曲线的时候是怎么确定力场参数里面的gamma（phase offset）和n（The periodicity of the torsion）的？我看力场里面的gamma一般是0度或180度，但是不知道这两个是怎么来的，不能是其它角度吗？ 问题2. 这两种形式间的二面角力场参数如何转化？例如有傅里叶形式的二面角参数0，0 ，1.4510，0，怎么将它转化成第一种形式的二面角参数？ 问题3. 这个问题是针对二面角参数的拟合。有文献提到公式拟合的二面角能量曲线应当是ab intio得到的能量曲线剪掉其中包含的1-4相互作用能量部分，在这里我有一个问题，如果有一个二面角参数未知，我将这个二面角的力场参数设为0，能得到他的1-4相互作用能量，但是当同一个分子中有两个以上的未知二面角参数的时候又应该怎么办呢？ 问题比较多，请高手们不吝赐教！ [ Last edited by wuli8 on 2009-11-13 at 22:53 ] |
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2楼2008-12-10 11:39:00
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我在分子模拟论坛上也问了这个问题，有个人说“傅立叶的1，3力常数都是0，实际上就是和第一个一样的，你确定n和gamma使余弦项与傅立叶形式相同就可以啦”！但是这里我不是很明白，对于傅里叶形式的力场参数1，3项不是0的时候就不能转化成第一种形式了吗？ 还有一个问题，对于第一个公式的中的n，molecular Modelling Principles And Applications 2Ed这本书上说是the multiplicity; its value gives the number of minimum points in the function as the bond is rotated through 360度. 而gamma (the phase factor) determines where the torsional angle passes through its minimum value.但是我有点不理解他所举的例子，书上说For example, the energy profile for rotation about the single bond between two sp3 carbon atoms could be represented by a single torsional term with n=3 and gamma=0. this would give a threefold rotational profile with minima at torsion angles of +60,-60 and 180, and maxima at +/-120 and 0. 它所给的图如下，  在图中n=3这个能够理解，但是对gamma值就不是很明白了！他明明说gamma应该取能量的最低点，可是是在gamma=0的时候分明是能量最高点啊！这是什么原因呢？ |
4楼2008-12-17 09:13:18
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