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关于生成top文件交流
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是关于尿素的，我输入命令其中第一次将带电量为0结果生成不了，可后来改成带电量为1后出来了，结果如图，我只是试试，是不是再加一个钠离子就好了？各位   发自小木虫IOS客户端 |
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3楼2016-12-21 19:21:39
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另补图如下是设电量为1的结果，打开的top文件显示如下:; urea.top created by rdparm2gmx.pl Wed Dec 21 10:59:24 CST 2016 [ defaults ] ; nbfunc comb-rule gen-pairs fudgeLJ fudgeQQ 1 2 yes 0.5 0.8333 [ atomtypes ] ;name bond_type mass charge ptype sigma epsilon n3 n3 0.0000 0.0000 A 3.25000e-01 7.11280e-01 hn hn 0.0000 0.0000 A 1.06908e-01 6.56888e-02 c1 c1 0.0000 0.0000 A 3.39967e-01 3.59824e-01 o o 0.0000 0.0000 A 2.95992e-01 8.78640e-01 [ moleculetype ] ; Name nrexcl solute 3 [ atoms ] ; nr type resnr residue atom cgnr charge mass typeB chargeB 1 c1 1 MOL C1 1 0.69920 12.000000 2 o 1 MOL O1 2 -0.12800 16.000000 3 hn 1 MOL H1 3 0.39680 1.000000 4 hn 1 MOL H2 4 0.39600 1.000000 5 n3 1 MOL N1 5 -0.36400 14.000000 [ bonds ] ; ai aj funct r k 3 5 1 1.0180e-01 3.2978e+05 4 5 1 1.0180e-01 3.2978e+05 1 2 1 1.1660e-01 6.5019e+05 1 5 1 1.3920e-01 3.4292e+05 [ pairs ] ; ai aj funct 2 3 1 2 4 1 [ angles ] ; ai aj ak funct theta cth 1 5 3 1 1.1831e+02 3.9915e+02 1 5 4 1 1.1831e+02 3.9915e+02 3 5 4 1 1.0713e+02 3.4560e+02 2 1 5 1 1.8000e+02 4.7438e+02 [ dihedrals ] ;i j k l func C0 ... C5 2 1 5 3 3 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 ; 2 1 5 4 3 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 ; [ system ] 5 system [ molecules ] ; Compound nmols solute 1   发自小木虫IOS客户端 |
2楼2016-12-21 19:21:18
4楼2016-12-21 19:21:57
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