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zjh929

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[求助] 求MS大神指点有机小分子晶体模型问题 已有2人参与

空间群、晶胞参数已知,Z=2,另外也有高斯优化的分子结构,求大神指点怎样建立晶体模型,在此衷心感谢!

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zjh929

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大神们还有懂这个的吗,请指点一二

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2楼2016-11-30 07:49:00
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fineren

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

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zjh929: 金币+50, ★★★很有帮助 2016-12-09 06:01:13
我说一点,不一定完全对。先选space group,再输入a, b, c, alfa, beta, gama,就可以建立晶胞,然后把优化好的分子粘贴进去,如果分子的坐标对的话通常就弄好了。

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

3楼2016-12-08 21:34:05
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zjh929

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引用回帖:
3楼: Originally posted by fineren at 2016-12-08 21:34:05
我说一点,不一定完全对。先选space group,再输入a, b, c, alfa, beta, gama,就可以建立晶胞,然后把优化好的分子粘贴进去,如果分子的坐标对的话通常就弄好了。

谢谢大神您的支持!

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4楼2016-12-09 06:02:43
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zjh929

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请大神们继续指教,谢谢!

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5楼2016-12-09 06:04:24
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冰雪安宁

银虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

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zjh929: 金币+30, ★★★很有帮助, 谢谢大神支持!现在的问题是只有指标化得到的晶胞参数,没有单晶结构,所以没有原子坐标 2016-12-09 09:55:30
Build-Crystals-Build Crystal-输入空间群等相关参数-Build,之后add atoms,选择原子类型,输入原子坐标,就可以了
6楼2016-12-09 08:56:20
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fineren

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

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zjh929: 金币+220, ★★★很有帮助, 50 2016-12-09 20:22:05
楼上说的适用于NaCl之类的简单晶体,看你的描述用高斯模拟了分子结构,所以应该按照我说的来做,把分子粘贴到晶胞里之后,可以调节分子的坐标,直到能完全“放入”晶胞
7楼2016-12-09 19:06:11
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浴雪飘零_

新虫 (小有名气)

记得最后调节display style里面的lattice调成original

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» 本帖已获得的红花(最新10朵)

8楼2016-12-10 00:56:33
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zjh929

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送红花一朵
引用回帖:
8楼: Originally posted by 浴雪飘零_ at 2016-12-10 00:56:33
记得最后调节display style里面的lattice调成original

谢谢大神指点!

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9楼2016-12-10 01:02:50
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乐天派的秘密

新虫 (正式写手)

引用回帖:
7楼: Originally posted by fineren at 2016-12-09 19:06:11
楼上说的适用于NaCl之类的简单晶体,看你的描述用高斯模拟了分子结构,所以应该按照我说的来做,把分子粘贴到晶胞里之后,可以调节分子的坐标,直到能完全“放入”晶胞

怎么调节坐标呢,求大神指点,谢谢
10楼2017-03-08 09:23:36
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