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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 求MS大神指点有机小分子晶体模型问题
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zjh929

捐助贵宾 (著名写手)

[求助] 求MS大神指点有机小分子晶体模型问题 已有2人参与

空间群、晶胞参数已知，Z=2，另外也有高斯优化的分子结构，求大神指点怎样建立晶体模型，在此衷心感谢！

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1楼 2016-11-29 21:22:55
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zjh929

捐助贵宾 (著名写手)
大神们还有懂这个的吗，请指点一二

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2楼2016-11-30 07:49:00
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fineren

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

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zjh929: 金币+50, ★★★很有帮助 2016-12-09 06:01:13
我说一点，不一定完全对。先选space group，再输入a, b, c, alfa, beta, gama，就可以建立晶胞，然后把优化好的分子粘贴进去，如果分子的坐标对的话通常就弄好了。
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zjh929
3楼2016-12-08 21:34:05
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zjh929

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引用回帖:
3楼: Originally posted by fineren at 2016-12-08 21:34:05
我说一点，不一定完全对。先选space group，再输入a, b, c, alfa, beta, gama，就可以建立晶胞，然后把优化好的分子粘贴进去，如果分子的坐标对的话通常就弄好了。

谢谢大神您的支持！

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4楼2016-12-09 06:02:43
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zjh929

捐助贵宾 (著名写手)
请大神们继续指教，谢谢！

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5楼2016-12-09 06:04:24
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冰雪安宁

银虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

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zjh929: 金币+30, ★★★很有帮助, 谢谢大神支持！现在的问题是只有指标化得到的晶胞参数，没有单晶结构，所以没有原子坐标 2016-12-09 09:55:30
Build-Crystals-Build Crystal-输入空间群等相关参数-Build，之后add atoms，选择原子类型，输入原子坐标，就可以了
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6楼2016-12-09 08:56:20
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fineren

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

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zjh929: 金币+220, ★★★很有帮助, 50 2016-12-09 20:22:05
楼上说的适用于NaCl之类的简单晶体，看你的描述用高斯模拟了分子结构，所以应该按照我说的来做，把分子粘贴到晶胞里之后，可以调节分子的坐标，直到能完全“放入”晶胞
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7楼2016-12-09 19:06:11
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浴雪飘零_

新虫 (小有名气)
记得最后调节display style里面的lattice调成original

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zjh929
8楼2016-12-10 00:56:33
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zjh929

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引用回帖:
8楼: Originally posted by 浴雪飘零_ at 2016-12-10 00:56:33
记得最后调节display style里面的lattice调成original

谢谢大神指点！

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9楼2016-12-10 01:02:50
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乐天派的秘密

新虫 (正式写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by fineren at 2016-12-09 19:06:11
楼上说的适用于NaCl之类的简单晶体，看你的描述用高斯模拟了分子结构，所以应该按照我说的来做，把分子粘贴到晶胞里之后，可以调节分子的坐标，直到能完全“放入”晶胞

怎么调节坐标呢，求大神指点，谢谢
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10楼2017-03-08 09:23:36
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