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dance732新虫 (初入文坛)
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[求助]
非常着急！求助MVD对接问题！
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各位大神： 你们好。在用mvd对接时遇到3个问题：1. 对接后，ligand的化学结构发生变化，苯环变为六元环（pose 没有了双键），请问这样合理吗？还是哪里出错了？ 2.请问对接前配体的能量最小化处理是必须的吗？如果不处理，那么对接后结构不会发生苯环变六元环的变化。请问怎么做比较正确？ 3. 显示对接口袋时,烷基链有部分碳碳C-C键变为绿色，如图。请问是在提示什么？还是哪里出错？用在论文中需要改为和其他碳碳键一样的灰黑色吗？ 之前发了几个帖子，回复为0,答案石沉大海，金币也被没收了。现在奖励的15个金币几乎是全部家当了，还请不要嫌弃。 初学模拟，请大家多多帮助。十分感谢！  1.png |
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