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syydr2008

[交流] 【求助】单晶优化后为啥会断键

我用chem3D直接读入单晶的cif文件用MOPAC优化后再用gaussian栏中B3LYP/6-31G(d,p)产生GJF格式的文件.可是当我再用chem3D打开GJF文件时却发现成环的键已经断了,不知哪位高手帮我分析解决一下,拜谢!
不知道如何将图片直接贴上去,只好放在附件里了。

[ Last edited by erylingjet on 2008-12-4 at 21:31 ]
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spkeey

金虫 (正式写手)


jghe(金币+1,VIP+0):感谢你参与讨论!
显示而已,不用担心。
SPKEEY
2楼2008-12-04 20:07:52
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yyx19840628

木虫 (著名写手)

鹰的眼睛,狼的耳朵,豹的速 ...

是呀,这个无所谓的吧?
要不你把键自己加上去?
人生的最大遗憾莫过于错误地坚持了不该坚持的,轻易地放弃了不该放弃的……
3楼2008-12-04 20:51:57
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erylingjet

铁杆木虫 (著名写手)


gwdavid(金币+1,VIP+0):谢谢!
完全和软件有关
4楼2008-12-04 21:34:06
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syydr2008

谢谢

可我将氟取代的苯环转成与羟基垂直再优化后转成GJF格式,然后用chem3D打开就没断键。这种断键的GJF文件用gaussian算出的单点能却大的离谱。
5楼2008-12-05 22:32:24
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wuhanhgf2002

金虫 (正式写手)


gwdavid(金币+1,VIP+0):谢谢!
不同软件的显示是有区别的,gaussianview主要是按距离来识别化学键的类别.
6楼2008-12-06 00:26:38
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syydr2008

谢谢

我想用gaussianview,可下载安装后运行总出现Failed to locate main gaussian directory
7楼2008-12-07 22:07:38
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