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鲸鱼2016

新虫 (正式写手)

[求助] 求助求助,自己测通的基因,想提交序列,如何找它的CDS?有没有这种软件? 已有1人参与

求助,有没有可以分析基因CDS的软件?或是mRNA的软件?我知道找CDS可以去NCBI,但那是已经提交过的序列,像是自己准备提交的序列该如何处理呢?求助,小白被安排的任务,不明白

@youlinglyw 发自小木虫Android客户端
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781055707

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
鲸鱼2016: 金币+3, ★★★很有帮助 2016-11-30 00:34:45
ATG开始呀,在翻译,把你认为是CDS的序列在构建载体,表达。在ATG前边有一段序列(原核找核糖体结合序列),(真核找Kozak序列)。剩下的就看运气了。
采菊东篱下,悠然见南山。
2楼2016-11-28 12:55:57
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鲸鱼2016

新虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 781055707 at 2016-11-28 12:55:57
ATG开始呀,在翻译,把你认为是CDS的序列在构建载体,表达。在ATG前边有一段序列(原核找核糖体结合序列),(真核找Kozak序列)。剩下的就看运气了。

谢谢,还有个问题想请教,我照着你说的找到了kozak序列和起始密码子,但我发现我比对出的那段CDS里有好几个起始密码子,这正常吗?关于CDS的定义是一个起始密码子到一个终止密码子的一段编码序列,我看说CDS可能有一个或几个ORF,因为一段ORF也是要起始密码子和终止密码子的,那我就不明白了,这样的话CDS序列中有起始密码子和终止密码子也行?

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3楼2016-11-28 15:14:44
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781055707

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by 鲸鱼2016 at 2016-11-28 15:14:44
谢谢,还有个问题想请教,我照着你说的找到了kozak序列和起始密码子,但我发现我比对出的那段CDS里有好几个起始密码子,这正常吗?关于CDS的定义是一个起始密码子到一个终止密码子的一段编码序列,我看说CDS可能有 ...

你比对的是DNA序列吗?DNA序列里有内含子。
采菊东篱下,悠然见南山。
4楼2016-11-28 16:39:12
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鲸鱼2016

新虫 (正式写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 781055707 at 2016-11-28 16:39:12
你比对的是DNA序列吗?DNA序列里有内含子。...

是DNA序列,老师让我找CDS,我就blast了一个序列,找出它的CDS跟我自己的DNA序列比对的

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5楼2016-11-28 23:01:26
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luoyl210

新虫 (著名写手)

DNAstart可以找ORF,当然并不一定是CDS,我在上传序列时是上传的完整ORF,没有用到CDS,上传完成后,NCBI自己就显示CDS了

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6楼2016-11-28 23:20:16
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鲸鱼2016

新虫 (正式写手)

引用回帖:
6楼: Originally posted by luoyl210 at 2016-11-28 23:20:16
DNAstart可以找ORF,当然并不一定是CDS,我在上传序列时是上传的完整ORF,没有用到CDS,上传完成后,NCBI自己就显示CDS了

谢谢,请问如果有好几个ORF,一起上传吗?还是分别命名上传

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7楼2016-11-29 00:16:16
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