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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 求助求助，自己测通的基因，想提交序列，如何找它的CDS？有没有这种软件？
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鲸鱼2016

新虫 (正式写手)

[求助] 求助求助，自己测通的基因，想提交序列，如何找它的CDS？有没有这种软件？ 已有1人参与

求助，有没有可以分析基因CDS的软件？或是mRNA的软件？我知道找CDS可以去NCBI，但那是已经提交过的序列，像是自己准备提交的序列该如何处理呢？求助，小白被安排的任务，不明白

@youlinglyw 发自小木虫Android客户端
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1楼 2016-11-28 11:21:37
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781055707

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
鲸鱼2016: 金币+3, ★★★很有帮助 2016-11-30 00:34:45
ATG开始呀，在翻译，把你认为是CDS的序列在构建载体，表达。在ATG前边有一段序列（原核找核糖体结合序列），（真核找Kozak序列）。剩下的就看运气了。
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采菊东篱下，悠然见南山。
2楼2016-11-28 12:55:57
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鲸鱼2016

新虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 781055707 at 2016-11-28 12:55:57
ATG开始呀，在翻译，把你认为是CDS的序列在构建载体，表达。在ATG前边有一段序列（原核找核糖体结合序列），（真核找Kozak序列）。剩下的就看运气了。

谢谢，还有个问题想请教，我照着你说的找到了kozak序列和起始密码子，但我发现我比对出的那段CDS里有好几个起始密码子，这正常吗？关于CDS的定义是一个起始密码子到一个终止密码子的一段编码序列，我看说CDS可能有一个或几个ORF，因为一段ORF也是要起始密码子和终止密码子的，那我就不明白了，这样的话CDS序列中有起始密码子和终止密码子也行？

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3楼2016-11-28 15:14:44
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781055707

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by 鲸鱼2016 at 2016-11-28 15:14:44
谢谢，还有个问题想请教，我照着你说的找到了kozak序列和起始密码子，但我发现我比对出的那段CDS里有好几个起始密码子，这正常吗？关于CDS的定义是一个起始密码子到一个终止密码子的一段编码序列，我看说CDS可能有 ...

你比对的是DNA序列吗?DNA序列里有内含子。
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采菊东篱下，悠然见南山。
4楼2016-11-28 16:39:12
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鲸鱼2016

新虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 781055707 at 2016-11-28 16:39:12
你比对的是DNA序列吗?DNA序列里有内含子。...

是DNA序列，老师让我找CDS，我就blast了一个序列，找出它的CDS跟我自己的DNA序列比对的

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5楼2016-11-28 23:01:26
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luoyl210

新虫 (著名写手)
DNAstart可以找ORF，当然并不一定是CDS，我在上传序列时是上传的完整ORF，没有用到CDS，上传完成后，NCBI自己就显示CDS了

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6楼2016-11-28 23:20:16
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鲸鱼2016

新虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by luoyl210 at 2016-11-28 23:20:16
DNAstart可以找ORF，当然并不一定是CDS，我在上传序列时是上传的完整ORF，没有用到CDS，上传完成后，NCBI自己就显示CDS了

谢谢，请问如果有好几个ORF，一起上传吗？还是分别命名上传

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7楼2016-11-29 00:16:16
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