| 查看: 1306 | 回复: 1 | |||
ChengZQ新虫 (职业作家)
|
[求助]
qiime求助
|
|
最近在做16S高通量结果分析，主要是利用qiime来做，目前遇到瓶颈了，不知道为什么我在做beta diversity里面的make_2d_plots.py这步中，出来的结果没有标签lable（即哪种颜色哪种形状代表什么样品），不知道该怎么调试，，有哪位大神可以告知一二。。。运行的命令主要是以下几个： single_rarefaction.py -i otu_table_taxonomy.biom -o div_beta//otu_table_taxonomy_even11723.biom -d 11723 make_prefs_file.py -m typical_Map.txt -o div_beta//prefs_out.txt --mapping_headers_to_use Description beta_diversity.py -i div_beta//otu_table_taxonomy_even11723.biom -o div_beta/ --metrics weighted_unifrac -t rep_phylo.tre mv div_beta//weighted_unifrac_otu_table_even3703.txt div_beta//weighted_unifrac_dm.txt principal_coordinates.py -i div_beta//weighted_unifrac_dm.txt -o div_beta//weighted_unifrac_pc.txt make_2d_plots.py -i div_beta//weighted_unifrac_pc.txt -m typical_Map.txt -p div_beta//prefs_out.txt -o 2d_plots 我自己有时想想，是不是prefs_out.txt的文档出错了，但对于我这个初学者而言，有点难，，跪求大神告知  w74h4833202_1479816598_854.jpg |
回复此楼» 猜你喜欢
求b区院校调剂
已经有5人回复
-
0854AI CV方向招收调剂
已经有4人回复
-
296求调剂
已经有7人回复
-
302求调剂
已经有4人回复
-
086000生物与医药292求调剂
已经有5人回复
-
北科281学硕材料求调剂
已经有14人回复
-
材料与化工 322求调剂
已经有5人回复
-
333求调剂
已经有11人回复
-
材料专硕 335 分求调剂
已经有3人回复
-
07化学303求调剂
已经有3人回复
ChengZQ
新虫 (职业作家)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 2848.6
- 散金: 6070
- 红花: 6
- 沙发: 2
- 帖子: 3044
- 在线: 151.1小时
- 虫号: 4833202
- 注册: 2016-07-11
- 性别: GG
- 专业: 环境微生物学
|
另外，在做最后一步（make_2d_plots.py）中，出现了以下问题:/home/czq/minconda2/eves/qiime1/lib/python2.7/site-packages/matplotlib/collections.py: 590: FutureWarning: elementwise comparison failed; returning scalar instead, but in the future will perform elementwise comparison if self._edgecolors == str('face')，，出现这样的报错，，但依然能得到上面的二维图，不知哪里出错 发自小木虫Android客户端 |
2楼2016-11-26 22:00:38
