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【求助】如何用GaussianView打开UNIX Gaussian产生的.chk文件
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我的Gaussian是UNIX版本的，做完计算后，需要.chk文件来画HOMO和LUMO。 但是我发现GaussianView不能打开UNIX Gaussian产生的.chk文件，出现以下提示： CConnectionGFCHK::Initialize() Cannot find file 请问我该怎么办？ [ Last edited by yjcmwgk on 2009-11-13 at 19:02 ] |
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2楼2008-12-04 13:28:22
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但是会出现下列错误 Read checkpoint file 4thNanocluster_670.chk Write formatted file 4thNanocluster_670.fchk Out-of-memory error in routine FChkPn-MO (IEnd= 7227361 MxCore= 6291456) Use %mem=7MW to provide the minimum amount of memory required to complete this step. Error termination via Lnk1e at Thu Dec 4 13:20:06 2008. Segmentation fault 从这个错误消息，显然是由于内存不够，但是，我应该怎么去修改内存设置呢？formchk命令没有带修改内存大小的选项。 |
3楼2008-12-04 15:15:59
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yyx19840628(金币+1,VIP+0):自行解决，不错啊。谢谢交流
yyx19840628(金币+1,VIP+0):自行解决，不错啊。谢谢交流
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上面的问题已经被我解决了。 这里，我用IBM LoadLeveler提交工作。将Gaussian程序屏蔽，之后利用setenv GAUSS_MEMDEF 40000000命令，设置需要的内存。在这里例子中，我设置了4GB的内存。在formchk命令行中，不需要再次指定输出文件，而是在#@ output命令行中设置。 转换成fchk文件后，为了保险起见，我还需要用cubegen命令讲.fchk文件转换成.cube文件。显然，这回原理都是一样的。 #!/usr/bin/tcsh #@ job_type=serial #@ error = 4fchk.log #@ wall_clock_limit = 72:00:00 #@ output = 4.fchk #@ restart=no #@ queue #set path = ( $path /apps/cc/g03 ) #setenv GAUSS_EXEDIR /apps/cc/g03 #setenv g03root /apps/cc #source $g03root/g03/bsd/g03.login #setenv MP_SHARED_MEMORY yes setenv GAUSS_MEMDEF 40000000 formchk 4.chk |
4楼2008-12-04 15:53:39
spkeey
金虫 (正式写手)
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- 散金: 3
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- 在线: 14小时
- 虫号: 320174
- 注册: 2007-03-10
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
5楼2008-12-04 19:50:25