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MS异质结建模
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在下不才，学习MS异质结建模及相关计算有段时间了，在此总结如下，望各位大牛批评指正！  11.png  22.png |
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2016-11-22 14:12:57, 1.56 M
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43楼2016-12-21 15:28:58
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[交流] 教你从头编译vasp-5.4.1已有22人参与 lvyesmile: 转移到 第一性原理, 转移帖子 2016-10-17 11:34 VASP的编译对于初学者来说一直是一个比较头疼的问题，到底该用什么库，用了这个库其他的库用不用？等等一系列的问题总是缠绕在编译者的心头。为了解决这一问题，让初学者接触vasp不再困难，在这里通过安装前的准备，环境变量的配置，程序编译，脚本的写法一步步从头教你。同时为了让你的安装不再困难，我已将本文涉及的全部文件打包上传到百度云中，想要成功地按照要求编译出VASP的同行一定要以这个文件夹内的压缩包为准，我不保证其他版本的相关程序能够成功编译，如我用ifort.13用同样的方法就没有办法编译出来，openmpi1.8.5也无法编译成功。下载地址http://pan.baidu.com/s/1pLhINQb 注意本次安装所用的所有压缩包都可以使用tar zvxf 进行解压 系统环境 Centos 6.6 64位 一、VASP安装环境的配置 A、intel编译器和MKL的安装 将l_fcompxe_2011.6.233.tgz和l_fcompxe_2011.6.233.tgz分别解压， 分别进入文件夹执行./install.sh 选择以当前用户安装 其他的选项为默认，在选择license时，以license文件进行验证，在需要输入路径的地方，输入zwt.lic文件的路径， 将两个包都安装成功之后，在~./bashrc文件中加入如下环境变量后执行source ~/.bashrc使之生效 source /export/home/cluser1/intel/composerxe/bin/compilervars.sh intel64 export PATH=/export/home/cluser1/intel/composerxe/bin:$PATH export LD_LIBRARY_PATH=/export/home/cluser1/intel/composerxe/mkl/lib/intel64:$LD_LIBRARY_PATH export LD_LIBRARY_PATH=/export/home/cluser1/intel/lib/intel64:$LD_LIBRARY_PATH 注意，/export/home/cluser1是当前用户的根目录，大家根据自己的实际情况修改，下同。 执行命令which ifort看是否打印出安装路径用以判断安装或环境变量设置成功与否 B、openmpi-1.6.5的安装 解压在文件夹内的openmpi压缩包，进入文件夹执行如下命令配置makefile ./configure --prefix=安装目录 CC=icc CXX=icpc F77=ifort FC=ifort 执行命令make -j8调用八核进行编译用以加快编译速度，直接用make单核编译可能超过1小时。 执行命令make install完成安装 在~./bashrc文件中加入如下环境变量后执行source ~/.bashrc使之生效： export PATH=/export/home/cluser1/openmpi-1.6.5-intel-v12.1.5/bin:$PATH export LD_LIBRARY_PATH=/export/home/cluser1/openmpi-1.6.5-intel-v12.1.5/lib:$LD_LIBRARY_PATH export MANPATH=/export/home/cluser1/openmpi-1.6.5-intel-v12.1.5/share/man:$MANPATH执行命令which mpif90看是否打印出安装路径用以判断安装或环境变量设置成功与否 C、fftw-3.3.4的安装 解压文件夹中的fftw-3.3.4压缩包，进入文件夹执行如下命令配置makefile ./configure --prefix=安装目录 --enable-mpi 注意，一定要加--enable-mpi否则在安装好的lib文件夹内无法生成此次编译VASP所必须的libfftw3_mpi.a文件 执行命令make，随后make install安装完成。 在~./bashrc文件中加入如下环境变量后执行source ~/.bashrc使之生效： export PATH=/export/home/cluser1/fftw/bin:$PATH export LD_LIBRARY_PATH=/export/home/cluser1/fftw/lib:$LD_LIBRARY_PATH 至此VASP安装前的准备工作已经完成，其实走到这里如果没有出错的话，你的编译就已经成功了80%，因为VASP-5.4.1的版本相比以前有了很大程度的优化 二、VASP的编译 在同一文件夹内解压vasp.5.4.1.tar.gz和vasp.5.lib_.tar_2.gz 得到vasp.5.4.1和vasp.5.lib 进入到vasp.5.4.1中 将下载的文件夹中名为makefile.include的文件拷入，其内容为： # Precompiler options #CPP_OPTIONS= -DMPI -DHOST=\"IFC91_ompi\" -DIFC \ -DCACHE_SIZE=4000 -DPGF90 -Davoidalloc \ -DMPI_BLOCK=8000 -DscaLAPACK -Duse_collective \ -DnoAugXCmeta -Duse_bse_te \ -Duse_shmem -Dtbdyn CPP_OPTIONS= -DMPI -DHOST=\"LinuxIFC\" -DIFC \ -DCACHE_SIZE=8000 -DPGF90 -Davoidalloc \ -DMPI_BLOCK=8000 -DscaLAPACK -Duse_collective \ -DnoAugXCmeta -Duse_bse_te \ -Duse_shmem -Dtbdyn -DRPROMU_DGEMV -DRACCMU_DGEMV CPP = fpp -f_com=no -free -w0 $*$(FUFFIX) $*$(SUFFIX) $(CPP_OPTIONS) FC = mpif90 FCL = mpif90 -mkl FREE = -free -names lowercase #FFLAGS = -assume byterecl FFLAGS = -assume byterecl -FR -heap-arrays #OFLAG = -O2 OFLAG = -O1 -ip OFLAG_IN = $(OFLAG) #DEBUG = -O0 DEBUG = -O0 -FR MKLROOT =/export/home/cluser1/intel/mkl MKL_PATH = $(MKLROOT)/lib/intel64 BLAS =-L$(MKL_PATH) -lmkl_intel_lp64 -lmkl_sequential -lmkl_core -lpthread LAPACK =-L$(MKL_PATH) -lmkl_intel_lp64 -lmkl_sequential -lmkl_core -lpthread #BLACS = -lmkl_blacs_openmpi_lp64 BLACS =-L$(MKL_PATH) -lmkl_blacs_openmpi_lp64 SCALAPACK = $(MKL_PATH)/libmkl_scalapack_lp64.a $(MKL_PATH)/libmkl_scalapack_ilp64.a $(BLACS) #OBJECTS = fftmpiw.o fftmpi_map.o fftw3d.o fft3dlib.o \ $(MKLROOT)/interfaces/fftw3xf/libfftw3xf_intel.a OBJECTS = fftmpiw.o fftmpi_map.o fftw3d.o fft3dlib.o /export/home/cluser1/fftw/lib/libfftw3_mpi.a INCS =-I/export/home/cluser1/fftw/include LLIBS = $(SCALAPACK) $(LAPACK) $(BLAS) OBJECTS_O1 += fft3dfurth.o fftw3d.o fftmpi.o fftmpiw.o OBJECTS_O2 += fft3dlib.o # For what used to be vasp.5.lib CPP_LIB = $(CPP) FC_LIB = $(FC) CC_LIB = icc CFLAGS_LIB = -O FFLAGS_LIB = -O1 FREE_LIB = $(FREE) OBJECTS_LIB= linpack_double.o getshmem.o # Normally no need to change this SRCDIR = ../../src BINDIR = ../../bin 注意，上述内容是根据我安装程序的目录所设置的，所以有以下几条路径大家要根据自己的实际情况进行修改 MKLROOT =/export/home/cluser1/intel/mkl OBJECTS = fftmpiw.o fftmpi_map.o fftw3d.o fft3dlib.o /export/home/cluser1/fftw/lib/libfftw3_mpi.a INCS =-I/export/home/cluser1/fftw/include 如果你根据自己的安装情况这三个路径都找不到，那你也就告别VASP了。 另外，上述文件是我参考其他帖子进行修改得到的，最大的修改部分就是 BLACS =-L$(MKL_PATH) -lmkl_blacs_openmpi_lp64 的原始设置是 BLACS =-L$(MKL_PATH) -lmkl_blacs_intel_lp64 -lmkl_blacs_openmpi_lp64 以原始设置虽然也能够编译出vasp，但是编译后没有办法正常运行的。 在这一切都修改好，准备就绪后，在vasp.5.4.1文件夹中执行命令 make all 大概30分钟左右会完成编译，在bin文件夹中会生成三个可执行文件 vasp_gam /gamma版本的vasp vasp_std /标准版本的vasp vasp_ncl /非线性版本的vasp 至此vasp的编译工作全部完成。 注意到和以往版本vasp的编译不同，这里没有进入到vasp.5.lib进行编译，其实这是vasp开发者为了使用者安装方便，将这一步骤已经糅合进make all的步骤之中。 三、vasp脚本的编写 如下是我写的在自建集群上运行的脚本vasp.sh #!/bin/bash #PBS -l nodes=1:ppn=4 #PBS -l walltime=1500:00:00 #PBS -j oe #PBS -q batch #PBS -V VASP_PATH=/export/home/cluser1/vasp-vtst/vasp.5.4.1/bin export PATH=${VASP_PATH}:$PATH export LD_LIBRARY_PATH=/export/home/cluser1/intel/composerxe/mkl/lib/intel64:$LD_LIBRARY_PATH source /export/home/cluser1/intel/composerxe/bin/compilervars.sh intel64 export PATH=/export/home/cluser1/intel/composerxe/bin:$PATH export LD_LIBRARY_PATH=/export/home/cluser1/intel/composerxe/mkl/lib/intel64:$LD_LIBRARY_PATH export LD_LIBRARY_PATH=/export/home/cluser1/intel/lib/intel64:$LD_LIBRARY_PATH export PATH=/export/home/cluser1/openmpi-1.6.5-intel-v12.1.5/bin:$PATH export LD_LIBRARY_PATH=/export/home/cluser1/openmpi-1.6.5-intel-v12.1.5/lib:$LD_LIBRARY_PATH export MANPATH=/export/home/cluser1/openmpi-1.6.5-intel-v12.1.5/share/man:$MANPATH mpirun -np 4 vasp_std >& log 相关路径，请根据实际情况进行修改，这个脚本既可以用于执行命令./vasp.sh&直接在当前机器上提交任务，也可以通过Torque任务管理系统用命令qsub vasp.sh提交。 祝大家好运，一次编译成功！ |
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