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风之子

木虫 (正式写手)

[资源] MS异质结建模

在下不才，学习MS异质结建模及相关计算有段时间了，在此总结如下，望各位大牛批评指正！MS异质结建模
11.png


MS异质结建模-1
22.png
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obaica songzhigang songzhigang wuzhidi520 lixxyyzzz 李黑黑呀

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1楼2016-11-22 14:17:04
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l53867

金虫 (小有名气)
楼主你好 我不知道怎么才能导入或者建一个矩形的石墨烯呢 可否指点一二 在下感激不尽

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43楼2016-12-21 15:28:58
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sutong666

新虫 (小有名气)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

[交流] 教你从头编译vasp-5.4.1已有22人参与   

lvyesmile: 转移到 第一性原理, 转移帖子 2016-10-17 11:34

VASP的编译对于初学者来说一直是一个比较头疼的问题，到底该用什么库，用了这个库其他的库用不用？等等一系列的问题总是缠绕在编译者的心头。为了解决这一问题，让初学者接触vasp不再困难，在这里通过安装前的准备，环境变量的配置，程序编译，脚本的写法一步步从头教你。同时为了让你的安装不再困难，我已将本文涉及的全部文件打包上传到百度云中，想要成功地按照要求编译出VASP的同行一定要以这个文件夹内的压缩包为准，我不保证其他版本的相关程序能够成功编译，如我用ifort.13用同样的方法就没有办法编译出来，openmpi1.8.5也无法编译成功。下载地址http://pan.baidu.com/s/1pLhINQb
注意本次安装所用的所有压缩包都可以使用tar zvxf 进行解压
系统环境 Centos 6.6 64位
一、VASP安装环境的配置
A、intel编译器和MKL的安装
将l_fcompxe_2011.6.233.tgz和l_fcompxe_2011.6.233.tgz分别解压，
分别进入文件夹执行./install.sh
选择以当前用户安装
其他的选项为默认，在选择license时，以license文件进行验证，在需要输入路径的地方，输入zwt.lic文件的路径，
将两个包都安装成功之后，在~./bashrc文件中加入如下环境变量后执行source ~/.bashrc使之生效
source /export/home/cluser1/intel/composerxe/bin/compilervars.sh intel64
export PATH=/export/home/cluser1/intel/composerxe/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/export/home/cluser1/intel/composerxe/mkl/lib/intel64:$LD_LIBRARY_PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/export/home/cluser1/intel/lib/intel64:$LD_LIBRARY_PATH

注意，/export/home/cluser1是当前用户的根目录，大家根据自己的实际情况修改，下同。
执行命令which ifort看是否打印出安装路径用以判断安装或环境变量设置成功与否
B、openmpi-1.6.5的安装
解压在文件夹内的openmpi压缩包，进入文件夹执行如下命令配置makefile
./configure --prefix=安装目录 CC=icc CXX=icpc F77=ifort FC=ifort
执行命令make -j8调用八核进行编译用以加快编译速度，直接用make单核编译可能超过1小时。
执行命令make install完成安装
在~./bashrc文件中加入如下环境变量后执行source ~/.bashrc使之生效：
export PATH=/export/home/cluser1/openmpi-1.6.5-intel-v12.1.5/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/export/home/cluser1/openmpi-1.6.5-intel-v12.1.5/lib:$LD_LIBRARY_PATH
export MANPATH=/export/home/cluser1/openmpi-1.6.5-intel-v12.1.5/share/man:$MANPATH执行命令which mpif90看是否打印出安装路径用以判断安装或环境变量设置成功与否
C、fftw-3.3.4的安装
解压文件夹中的fftw-3.3.4压缩包，进入文件夹执行如下命令配置makefile
./configure --prefix=安装目录 --enable-mpi
注意，一定要加--enable-mpi否则在安装好的lib文件夹内无法生成此次编译VASP所必须的libfftw3_mpi.a文件
执行命令make，随后make install安装完成。
在~./bashrc文件中加入如下环境变量后执行source ~/.bashrc使之生效：
export PATH=/export/home/cluser1/fftw/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/export/home/cluser1/fftw/lib:$LD_LIBRARY_PATH
至此VASP安装前的准备工作已经完成，其实走到这里如果没有出错的话，你的编译就已经成功了80%，因为VASP-5.4.1的版本相比以前有了很大程度的优化
二、VASP的编译
在同一文件夹内解压vasp.5.4.1.tar.gz和vasp.5.lib_.tar_2.gz
得到vasp.5.4.1和vasp.5.lib
进入到vasp.5.4.1中
将下载的文件夹中名为makefile.include的文件拷入，其内容为：
# Precompiler options
#CPP_OPTIONS= -DMPI -DHOST=\"IFC91_ompi\" -DIFC \
              -DCACHE_SIZE=4000 -DPGF90 -Davoidalloc \
              -DMPI_BLOCK=8000 -DscaLAPACK -Duse_collective \
              -DnoAugXCmeta -Duse_bse_te \
              -Duse_shmem -Dtbdyn
CPP_OPTIONS= -DMPI -DHOST=\"LinuxIFC\" -DIFC \
              -DCACHE_SIZE=8000 -DPGF90 -Davoidalloc \
              -DMPI_BLOCK=8000 -DscaLAPACK -Duse_collective \
              -DnoAugXCmeta -Duse_bse_te \
              -Duse_shmem -Dtbdyn -DRPROMU_DGEMV -DRACCMU_DGEMV

CPP        = fpp -f_com=no -free -w0  $*$(FUFFIX) $*$(SUFFIX) $(CPP_OPTIONS)

FC         = mpif90
FCL        = mpif90 -mkl

FREE       = -free -names lowercase

#FFLAGS     = -assume byterecl
FFLAGS     = -assume byterecl -FR -heap-arrays
#OFLAG      = -O2
OFLAG      = -O1 -ip
OFLAG_IN   = $(OFLAG)
#DEBUG      = -O0
DEBUG      = -O0 -FR

MKLROOT    =/export/home/cluser1/intel/mkl
MKL_PATH   = $(MKLROOT)/lib/intel64
BLAS       =-L$(MKL_PATH) -lmkl_intel_lp64 -lmkl_sequential -lmkl_core -lpthread
LAPACK     =-L$(MKL_PATH) -lmkl_intel_lp64 -lmkl_sequential -lmkl_core -lpthread
#BLACS      = -lmkl_blacs_openmpi_lp64
BLACS      =-L$(MKL_PATH) -lmkl_blacs_openmpi_lp64
SCALAPACK  = $(MKL_PATH)/libmkl_scalapack_lp64.a $(MKL_PATH)/libmkl_scalapack_ilp64.a $(BLACS)

#OBJECTS    = fftmpiw.o fftmpi_map.o fftw3d.o fft3dlib.o \
              $(MKLROOT)/interfaces/fftw3xf/libfftw3xf_intel.a
OBJECTS    = fftmpiw.o fftmpi_map.o fftw3d.o fft3dlib.o /export/home/cluser1/fftw/lib/libfftw3_mpi.a
INCS       =-I/export/home/cluser1/fftw/include

LLIBS      = $(SCALAPACK) $(LAPACK) $(BLAS)

OBJECTS_O1 += fft3dfurth.o fftw3d.o fftmpi.o fftmpiw.o
OBJECTS_O2 += fft3dlib.o

# For what used to be vasp.5.lib
CPP_LIB    = $(CPP)
FC_LIB     = $(FC)
CC_LIB     = icc
CFLAGS_LIB = -O
FFLAGS_LIB = -O1
FREE_LIB   = $(FREE)

OBJECTS_LIB= linpack_double.o getshmem.o

# Normally no need to change this
SRCDIR     = ../../src
BINDIR     = ../../bin


注意，上述内容是根据我安装程序的目录所设置的，所以有以下几条路径大家要根据自己的实际情况进行修改
MKLROOT    =/export/home/cluser1/intel/mkl
OBJECTS    = fftmpiw.o fftmpi_map.o fftw3d.o fft3dlib.o /export/home/cluser1/fftw/lib/libfftw3_mpi.a
INCS       =-I/export/home/cluser1/fftw/include
如果你根据自己的安装情况这三个路径都找不到，那你也就告别VASP了。
另外，上述文件是我参考其他帖子进行修改得到的，最大的修改部分就是
BLACS      =-L$(MKL_PATH) -lmkl_blacs_openmpi_lp64
的原始设置是
BLACS      =-L$(MKL_PATH) -lmkl_blacs_intel_lp64 -lmkl_blacs_openmpi_lp64
以原始设置虽然也能够编译出vasp，但是编译后没有办法正常运行的。



在这一切都修改好，准备就绪后，在vasp.5.4.1文件夹中执行命令
make all
大概30分钟左右会完成编译，在bin文件夹中会生成三个可执行文件
vasp_gam  /gamma版本的vasp
vasp_std  /标准版本的vasp
vasp_ncl  /非线性版本的vasp
至此vasp的编译工作全部完成。
注意到和以往版本vasp的编译不同，这里没有进入到vasp.5.lib进行编译，其实这是vasp开发者为了使用者安装方便，将这一步骤已经糅合进make all的步骤之中。
三、vasp脚本的编写
如下是我写的在自建集群上运行的脚本vasp.sh
#!/bin/bash
#PBS -l nodes=1:ppn=4
#PBS -l walltime=1500:00:00
#PBS -j oe
#PBS -q batch
#PBS -V

VASP_PATH=/export/home/cluser1/vasp-vtst/vasp.5.4.1/bin
export PATH=${VASP_PATH}:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/export/home/cluser1/intel/composerxe/mkl/lib/intel64:$LD_LIBRARY_PATH
source /export/home/cluser1/intel/composerxe/bin/compilervars.sh intel64
export PATH=/export/home/cluser1/intel/composerxe/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/export/home/cluser1/intel/composerxe/mkl/lib/intel64:$LD_LIBRARY_PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/export/home/cluser1/intel/lib/intel64:$LD_LIBRARY_PATH
export PATH=/export/home/cluser1/openmpi-1.6.5-intel-v12.1.5/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/export/home/cluser1/openmpi-1.6.5-intel-v12.1.5/lib:$LD_LIBRARY_PATH
export MANPATH=/export/home/cluser1/openmpi-1.6.5-intel-v12.1.5/share/man:$MANPATH

mpirun -np 4 vasp_std >& log

相关路径，请根据实际情况进行修改，这个脚本既可以用于执行命令./vasp.sh&直接在当前机器上提交任务，也可以通过Torque任务管理系统用命令qsub vasp.sh提交。


祝大家好运，一次编译成功！
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33楼2016-11-30 20:32:29
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风之子

木虫 (正式写手)
引用回帖:
99楼: Originally posted by 陈家逸 at 2017-12-15 10:10:56
你好，我做的事异质结复合催化材料，想加入模拟计算的内容，如计算结合能、能带结构等。但是在建模这方面有些问题没弄明白，能否加你QQ，请教你具体问题？谢谢！

可以的，936202673

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100楼2017-12-15 15:28:10
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heal

银虫 (小有名气)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

为数不多的实用资料

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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21楼2016-11-23 12:52:05
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叶子之旅

新虫 (初入文坛)

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初学异质结，好人呀，楼主辛苦了。
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112楼2018-12-28 22:46:46
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普通回帖

再给我两分钟

木虫 (正式写手)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

楼主非常热心，值得好好学习！
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2楼2016-11-22 14:20:02
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denny1109

铁杆木虫 (正式写手)
多谢楼主！辛苦了！

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7楼2016-11-22 17:58:37
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一川烟草

铁杆木虫 (正式写手)

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额。。。严格来讲，ms是最不能用作构建异质结的。。。
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9楼2016-11-22 19:55:01
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hopedream

银虫 (著名写手)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

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34楼2016-11-30 20:59:24
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hydzp3楼
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jjguo4楼
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8272608648楼
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quantum99914楼
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小虫虫LG16楼
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wgpig18楼
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