| 查看: 2190 | 回复: 9 | ||||
shuting1994新虫 (小有名气)
|
[求助]
你们在用lammps计算热导率，对dt/dx的拟合是怎么选取步数的？ 已有1人参与
|
|
使用fix ave/spatial 命令输出沿轴向的温度梯度，多大的原子数选取多大的平均步数呢？run设置多少步进行拟合dt/dx比较合适呢？ 发自小木虫Android客户端 |
回复此楼
brucefan
专家顾问 (著名写手)
-
专家经验: +218 - 模拟EPI: 4
- 应助: 422 (硕士)
- 金币: 2294.8
- 散金: 1720
- 红花: 88
- 帖子: 1423
- 在线: 670.2小时
- 虫号: 3048965
- 注册: 2014-03-14
- 性别: GG
- 专业: 凝聚态物性 II ：电子结构
- 管辖: 分子模拟
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
shuting1994: 金币+5, ★★★★★最佳答案 2016-11-24 18:21:44
感谢参与，应助指数 +1
shuting1994: 金币+5, ★★★★★最佳答案 2016-11-24 18:21:44
|
我自己写代码，一般先NVT或NPT平衡一个纳秒左右，再NVE加热源热汇跑一个到十几个纳秒(体系越长，用时越多)，最后跑五个纳秒左右搜集温度等数据。 [ 发自手机版 http://muchong.com/3g ] |
» 本帖已获得的红花（最新10朵）
2楼2016-11-24 06:42:48
shuting1994
新虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 544.8
- 散金: 501
- 红花: 5
- 帖子: 299
- 在线: 78.8小时
- 虫号: 4795892
- 注册: 2016-06-25
- 专业: 分析化学
3楼2016-11-24 18:21:20
brucefan
专家顾问 (著名写手)
-
专家经验: +218 - 模拟EPI: 4
- 应助: 422 (硕士)
- 金币: 2294.8
- 散金: 1720
- 红花: 88
- 帖子: 1423
- 在线: 670.2小时
- 虫号: 3048965
- 注册: 2014-03-14
- 性别: GG
- 专业: 凝聚态物性 II ：电子结构
- 管辖: 分子模拟
|
不一定有个比例。热源热汇的原子数一般要几百到几千。用这个NEMD方法，一般要算不同长度的体系，然后外推到无穷长体系，除非你只研究某个长度的体系。这个方法总的来说很耗时。 [ 发自手机版 http://muchong.com/3g ] |
» 本帖已获得的红花（最新10朵）
4楼2016-11-25 03:28:52
shuting1994
新虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 544.8
- 散金: 501
- 红花: 5
- 帖子: 299
- 在线: 78.8小时
- 虫号: 4795892
- 注册: 2016-06-25
- 专业: 分析化学
送红花一朵 |
是的是的，特别耗时间，我这里计算1千左右原子，用14个核需要算10个多小时，不知道这种情况是否正常，请问您也使用lammps计算热导率吗？使用的是何种方法呢？ 发自小木虫Android客户端 |
5楼2016-11-28 13:15:03
brucefan
专家顾问 (著名写手)
-
专家经验: +218 - 模拟EPI: 4
- 应助: 422 (硕士)
- 金币: 2294.8
- 散金: 1720
- 红花: 88
- 帖子: 1423
- 在线: 670.2小时
- 虫号: 3048965
- 注册: 2014-03-14
- 性别: GG
- 专业: 凝聚态物性 II ：电子结构
- 管辖: 分子模拟
|
你要给出运行步数和CPU主频我才能判断你的计算速度是否合理。我用我自己写的GPU代码。用一块Tesla K40 GPU, 我的代码的速度相当于lammps用100个左右CPU核心。至于方法，Green-Kubo和NEMD我都用，因为它们是互为补充的。 [ 发自手机版 http://muchong.com/3g ] |
» 本帖已获得的红花（最新10朵）
6楼2016-11-28 19:05:24
shuting1994
新虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 544.8
- 散金: 501
- 红花: 5
- 帖子: 299
- 在线: 78.8小时
- 虫号: 4795892
- 注册: 2016-06-25
- 专业: 分析化学
送红花一朵 |
我的主频是2.0，睿频是2.4，那种机架式10台服务器串联的，每次大概跑550万步左右，我的timestep是0.00001，每次跑1千左右分子大概10多个小时，这样算正常的吗？还是说我可以调整核数，来达到最佳的计算速度？谢谢啦 发自小木虫Android客户端 |
7楼2016-11-29 17:29:56
brucefan
专家顾问 (著名写手)
-
专家经验: +218 - 模拟EPI: 4
- 应助: 422 (硕士)
- 金币: 2294.8
- 散金: 1720
- 红花: 88
- 帖子: 1423
- 在线: 670.2小时
- 虫号: 3048965
- 注册: 2014-03-14
- 性别: GG
- 专业: 凝聚态物性 II ：电子结构
- 管辖: 分子模拟
8楼2016-11-30 00:07:25
shuting1994
新虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 544.8
- 散金: 501
- 红花: 5
- 帖子: 299
- 在线: 78.8小时
- 虫号: 4795892
- 注册: 2016-06-25
- 专业: 分析化学
送红花一朵 |
我用的是tersoff势，虽然用的是并行，但是我查看log文件发现1by 1 by 1 MPI processor grid ，我提交的命令是mpirun -n 14 lmp_serial <in.text，我觉得我的软件安装哪里可能出错了，导致它实际上没有按照并行的计算，唉，愁人 发自小木虫Android客户端 |
9楼2016-11-30 08:36:11
brucefan
专家顾问 (著名写手)
-
专家经验: +218 - 模拟EPI: 4
- 应助: 422 (硕士)
- 金币: 2294.8
- 散金: 1720
- 红花: 88
- 帖子: 1423
- 在线: 670.2小时
- 虫号: 3048965
- 注册: 2014-03-14
- 性别: GG
- 专业: 凝聚态物性 II ：电子结构
- 管辖: 分子模拟
10楼2016-11-30 15:18:25
20