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shuting1994新虫 (小有名气)
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你们在用lammps计算热导率，对dt/dx的拟合是怎么选取步数的？ 已有1人参与
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使用fix ave/spatial 命令输出沿轴向的温度梯度，多大的原子数选取多大的平均步数呢？run设置多少步进行拟合dt/dx比较合适呢？ 发自小木虫Android客户端 |
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 材料 | 分子动力学模拟 |
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brucefan
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我自己写代码，一般先NVT或NPT平衡一个纳秒左右，再NVE加热源热汇跑一个到十几个纳秒(体系越长，用时越多)，最后跑五个纳秒左右搜集温度等数据。 [ 发自手机版 http://muchong.com/3g ] |
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2楼2016-11-24 06:42:48
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不一定有个比例。热源热汇的原子数一般要几百到几千。用这个NEMD方法，一般要算不同长度的体系，然后外推到无穷长体系，除非你只研究某个长度的体系。这个方法总的来说很耗时。 [ 发自手机版 http://muchong.com/3g ] |
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4楼2016-11-25 03:28:52
shuting1994
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是的是的，特别耗时间，我这里计算1千左右原子，用14个核需要算10个多小时，不知道这种情况是否正常，请问您也使用lammps计算热导率吗？使用的是何种方法呢？ 发自小木虫Android客户端 |
5楼2016-11-28 13:15:03
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你要给出运行步数和CPU主频我才能判断你的计算速度是否合理。我用我自己写的GPU代码。用一块Tesla K40 GPU, 我的代码的速度相当于lammps用100个左右CPU核心。至于方法，Green-Kubo和NEMD我都用，因为它们是互为补充的。 [ 发自手机版 http://muchong.com/3g ] |
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6楼2016-11-28 19:05:24
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我的主频是2.0，睿频是2.4，那种机架式10台服务器串联的，每次大概跑550万步左右，我的timestep是0.00001，每次跑1千左右分子大概10多个小时，这样算正常的吗？还是说我可以调整核数，来达到最佳的计算速度？谢谢啦 发自小木虫Android客户端 |
7楼2016-11-29 17:29:56
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8楼2016-11-30 00:07:25
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我用的是tersoff势，虽然用的是并行，但是我查看log文件发现1by 1 by 1 MPI processor grid ，我提交的命令是mpirun -n 14 lmp_serial <in.text，我觉得我的软件安装哪里可能出错了，导致它实际上没有按照并行的计算，唉，愁人 发自小木虫Android客户端 |
9楼2016-11-30 08:36:11
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