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晓琦琦

金虫 (小有名气)

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[求助] 扩cDNA扩不出来，扩基因组能扩出来是什么问题。

第一幅图是扩增的cDNA，中间两个高点的是内参β-actin引物，剩下的没有条带的是基因A，有条带的是基因B。第二幅图扩增的还是cDNA，有一个不到100bp的条带是基因B的，不过位置不对，在mRNA上应该是200bp，剩下的是没扩出来的基因A，目的条带也应该是220bp。第三幅图扩增的是基因组DNA，前两个低点的是内参引物，内参引物是对的，中间两个基因是之前一直没有的基因A，基因A的引物在DNA中的目的条带确实应该是1000bp左右，不过中间是有内含子的，而它在cDNA中的目的条带应为220bp，后面那俩没扩出来的是基因B，不过它在DNA中是10000bp，所以没扩出来，而在cDNA中的目的条带是200bp。我的问题是：
1.为什么会发生这种情况？是引物不好使吗？
2.基因A在cDNA中扩不出来，但是在基因组里却扩出来了，而且位置还是对的，这是什么原因？
3.基因B在基因组里扩不出来是因为上下游引物在基因组中相隔10000bp，但在cDNA中为什么能扩出来，但位置不对？
4.我之前自己设计的另一个基因B的引物能扩增出来，而且位置也对，不过我查了却没在mRNA的编码区内，这样会导致位置正确，但测序时却不是我需要扩的那段目的条带吗？

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