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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 分类/鉴定 » 获取ITS序列
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心灵覆出

金虫 (小有名气)

[交流] 获取ITS序列

如今的菌种鉴定会使用到ITS序列，由于它本身没有保守的引物，因此我们通常会扩增16S-23S全序列。那么问题来了，如何从中获取ITS序列？不知有没有虫友能给与解答。不胜感激。
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1楼 2016-11-18 09:25:48
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二十一业

铜虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
16S是鉴定细菌
ITS是鉴定真菌
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2楼2016-11-18 10:35:10
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心灵覆出

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 二十一业 at 2016-11-18 10:35:10
16S是鉴定细菌
ITS是鉴定真菌

是这样子的。ITS不仅是用于真菌的鉴定。现在对蓝藻的鉴定过程中，ITS是个不可或缺的因素。自己目前对序列的获取不太了解，文献里也没有写的很清晰。

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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3楼2016-11-18 10:38:04
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小冀-

版主 (著名写手)

优秀版主优秀版主
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
ITS不是保守序列中间的间隔区吗？
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···
4楼2016-11-19 09:39:29
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心灵覆出

金虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 小冀- at 2016-11-19 09:39:29
ITS不是保守序列中间的间隔区吗？

是的。

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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5楼2016-11-19 10:05:04
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秋天fall1

新虫 (初入文坛)
★
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要鉴定的话直接基因组就可以了，扩增的时候用ITS的引物，这样就只有ITS的区域被扩增出来了呀

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6楼2016-11-20 23:52:41
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zhaozhibozhi

金虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
一般细菌ITS引物扩增的是：Partial 16S + ITS + Partial 23S。上下游引物分别在保守的16S和23S序列内部。至于16S和23S的边界，Blast就可以了
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做一个阳光、开朗的小和尚
7楼2016-12-26 20:22:43
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q897956722

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
真菌ITS扩增是只有单一的一条带吗？为什么我扩增的出来之后都是两条带

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8楼2017-10-20 15:01:56
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