应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 计算声子谱生成FORCE文件遇到的error，求助
131/2返回列表12下一页
查看: 2762  |  回复: 12
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

m_u_s_e

银虫 (小有名气)

[求助] 计算声子谱生成FORCE文件遇到的error，求助 已有1人参与

在使用phonopy时，输入命令phonopy -f  vasprun.xml-0* 后出现错误提示如下
for event, elem in etree.iterparse(fname):
  File "<string>", line 64, in __iter__
SyntaxError: not well-formed (invalid token): line 340, column 0
有高手知道怎么回事吗？
回复此楼

» 猜你喜欢
1楼 2016-11-16 16:20:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

匿名

用户注销 (职业作家)
本帖仅楼主可见
赞一下
2楼2016-11-16 16:50:57
已阅   申请1ST强帖   回复此楼   编辑   查看我的主页
普通回帖

m_u_s_e

银虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by zyl雨田 at 2016-11-16 16:50:57
phonopy -f  vasprun.xml-0*   我太久不弄了 但是楼主你真的确定这个命令没有问题？后面那个0*是什么？

*是指的通用符。phonopy会生成多个POSCAR对每一个POSCAR计算后得到多个vasprun.xml。一般标记为vasprun.xml-001,vasprun.xml-002等，*表示所有文件名带vasprun.xml-0的文件。这很常用比如你要搜索某个盘的所有.mp4文件，你就可以搜索*.mp4
赞一下 回复此楼
3楼2016-11-16 18:17:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

漫天飘雪

版主 (知名作家)

认真做事，踏实做人

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
1. 检查一下你的phonopy 是否安装正确？
2. 不要用*号，直接打全称试试。
赞一下 回复此楼
http://blog.sciencenet.cn/u/pfliu89
4楼2016-11-16 19:12:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

匿名

用户注销 (职业作家)
★ ★
m_u_s_e(漫天飘雪代发): 金币+2, 谢谢交流 2016-11-17 10:28:00
本帖仅楼主可见
赞一下
5楼2016-11-16 22:16:23
已阅   申请1ST强帖   回复此楼   编辑   查看我的主页

m_u_s_e

银虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 漫天飘雪 at 2016-11-16 19:12:11
1. 检查一下你的phonopy 是否安装正确？
2. 不要用*号，直接打全称试试。

之前试过打全称，还是一样的结果。这个phonopy我测试过几个结构都能出结果应该不是这方面的问题吧
赞一下 回复此楼
6楼2016-11-17 10:00:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

漫天飘雪

版主 (知名作家)

认真做事，踏实做人
用dfpt
回复此楼
http://blog.sciencenet.cn/u/pfliu89
7楼2016-11-17 10:02:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

相丽温

新虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by zyl雨田 at 2016-11-16 16:50:57
phonopy -f  vasprun.xml-0*   我太久不弄了 但是楼主你真的确定这个命令没有问题？后面那个0*是什么？

你好！我用的是DFPT方法。在得到vasprun.xml文件后，运行命令phonopy --fc vasprun.xml也出现这样的情况，请问这是怎么回事？
还有说明中要“确定VASP计算得到的vasprun.xml文件中包含Hessian矩阵元素”，怎么确定？我怀疑是vasprun.xml算错了，可是INCAR是按照说明写的？
新手，还望多多帮助，谢谢了！
赞一下 回复此楼
8楼2016-11-23 10:49:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

匿名

用户注销 (职业作家)
本帖仅楼主可见
赞一下
9楼2016-11-23 12:45:24
已阅   申请1ST强帖   回复此楼   编辑   查看我的主页

相丽温

新虫 (著名写手)
引用回帖:
9楼: Originally posted by zyl雨田 at 2016-11-23 12:45:24
那我怀疑你的参数没设对 INCAR执行的时候 没有计算Hessian 矩阵?...

先谢谢你的回复~
在INCAR中设定IBRION=8不是可以进行DFPT计算并得到Hessian吗？我有设IBRION

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
10楼2016-11-23 14:20:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 m_u_s_e 的主题更新
131/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[教师之家] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +3 jRl3mE6ddZGq 2026-08-03 7/350 2026-08-04 03:35 by k7OM8YghWbkC
[论文投稿] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 jRl3mE6ddZGq 2026-08-03 6/300 2026-08-04 03:34 by k7OM8YghWbkC
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 jRl3mE6ddZGq 2026-08-03 5/250 2026-08-04 03:30 by k7OM8YghWbkC
[博后之家] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +3 cu9Nq1xK233Z 2026-08-03 7/350 2026-08-04 03:27 by k7OM8YghWbkC
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +3 cu9Nq1xK233Z 2026-08-03 4/200 2026-08-04 03:25 by k7OM8YghWbkC
[考研] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 cu9Nq1xK233Z 2026-08-03 8/400 2026-08-04 03:21 by k7OM8YghWbkC
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 cu9Nq1xK233Z 2026-08-03 12/600 2026-08-04 03:17 by k7OM8YghWbkC
[教师之家] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 cu9Nq1xK233Z 2026-08-03 7/350 2026-08-04 02:10 by Ocx3OKOzGU4q
[基金申请] 什么时候能放榜呀？ +3 Jacob678 2026-08-03 3/150 2026-08-03 16:14 by gltch
[有机交流] 一个有机合成实验室都需要哪些设备？ 50+3 kf2781974 2026-07-31 8/400 2026-08-03 16:02 by yanghuping
[高分子] UV压敏胶开发 +3 ichall 2026-07-30 5/250 2026-08-03 14:40 by Sunrisepay
[基金申请] 面上提前没消息，有中的吗 +14 archvillain 2026-08-02 16/800 2026-08-03 12:23 by fuweiguochen
[基金申请] 面上再次挂了，太难了，躺也躺不了，倦也卷不过，小学校之殇！ +19 低垂的野花 2026-07-31 25/1250 2026-08-03 09:25 by gy116024
[基金申请] 2026年国自然面上资助率 +16 布布和一二 2026-07-30 22/1100 2026-08-03 09:20 by gy116024
[教师之家] 基础研究怎么拉横向，学校到款任务越来越多，难以完成 拉横向，都有哪些途径啊 +8 锦衣卫寒战 2026-07-28 12/600 2026-08-03 08:22 by syl200707
[基金申请] 微信指数没变化，科研之友没阅读 +15 wangze12014 2026-07-28 19/950 2026-08-02 20:05 by 蔡棒棒菂
[考博] 2027年申博 50+3 射雕英雄胜 2026-07-30 3/150 2026-08-02 09:36 by lfy8008
[高分子] HXDI做水性聚氨酯乳液，是不是特别容易出渣 15+3 yuyusuv 2026-07-29 3/150 2026-07-31 09:21 by huizingga
[基金申请] 系统今天又提示维护了，估计离放榜不远了 +11 winnerche 2026-07-29 15/750 2026-07-30 23:08 by jnhyjjm
[基金申请] 你们的时间戳变了吗 +3 archvillain 2026-07-30 4/200 2026-07-30 18:53 by levinzhwen
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭