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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 计算声子谱生成FORCE文件遇到的error，求助
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m_u_s_e

银虫 (小有名气)

[求助] 计算声子谱生成FORCE文件遇到的error，求助 已有1人参与

在使用phonopy时，输入命令phonopy -f  vasprun.xml-0* 后出现错误提示如下
for event, elem in etree.iterparse(fname):
  File "<string>", line 64, in __iter__
SyntaxError: not well-formed (invalid token): line 340, column 0
有高手知道怎么回事吗？
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1楼 2016-11-16 16:20:00
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匿名

用户注销 (职业作家)
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2楼2016-11-16 16:50:57
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普通回帖

m_u_s_e

银虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by zyl雨田 at 2016-11-16 16:50:57
phonopy -f  vasprun.xml-0*   我太久不弄了 但是楼主你真的确定这个命令没有问题？后面那个0*是什么？

*是指的通用符。phonopy会生成多个POSCAR对每一个POSCAR计算后得到多个vasprun.xml。一般标记为vasprun.xml-001,vasprun.xml-002等，*表示所有文件名带vasprun.xml-0的文件。这很常用比如你要搜索某个盘的所有.mp4文件，你就可以搜索*.mp4
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3楼2016-11-16 18:17:31
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漫天飘雪

版主 (知名作家)

认真做事，踏实做人

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
1. 检查一下你的phonopy 是否安装正确？
2. 不要用*号，直接打全称试试。
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http://blog.sciencenet.cn/u/pfliu89
4楼2016-11-16 19:12:11
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匿名

用户注销 (职业作家)
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m_u_s_e(漫天飘雪代发): 金币+2, 谢谢交流 2016-11-17 10:28:00
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5楼2016-11-16 22:16:23
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m_u_s_e

银虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 漫天飘雪 at 2016-11-16 19:12:11
1. 检查一下你的phonopy 是否安装正确？
2. 不要用*号，直接打全称试试。

之前试过打全称，还是一样的结果。这个phonopy我测试过几个结构都能出结果应该不是这方面的问题吧
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6楼2016-11-17 10:00:53
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漫天飘雪

版主 (知名作家)

认真做事，踏实做人
用dfpt
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http://blog.sciencenet.cn/u/pfliu89
7楼2016-11-17 10:02:49
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相丽温

新虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by zyl雨田 at 2016-11-16 16:50:57
phonopy -f  vasprun.xml-0*   我太久不弄了 但是楼主你真的确定这个命令没有问题？后面那个0*是什么？

你好！我用的是DFPT方法。在得到vasprun.xml文件后，运行命令phonopy --fc vasprun.xml也出现这样的情况，请问这是怎么回事？
还有说明中要“确定VASP计算得到的vasprun.xml文件中包含Hessian矩阵元素”，怎么确定？我怀疑是vasprun.xml算错了，可是INCAR是按照说明写的？
新手，还望多多帮助，谢谢了！
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8楼2016-11-23 10:49:42
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匿名

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9楼2016-11-23 12:45:24
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相丽温

新虫 (著名写手)
引用回帖:
9楼: Originally posted by zyl雨田 at 2016-11-23 12:45:24
那我怀疑你的参数没设对 INCAR执行的时候 没有计算Hessian 矩阵?...

先谢谢你的回复~
在INCAR中设定IBRION=8不是可以进行DFPT计算并得到Hessian吗？我有设IBRION

发自小木虫Android客户端
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10楼2016-11-23 14:20:36
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