应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 计算声子谱生成FORCE文件遇到的error，求助
131/2返回列表12下一页
查看: 2744  |  回复: 12
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

m_u_s_e

银虫 (小有名气)

[求助] 计算声子谱生成FORCE文件遇到的error，求助 已有1人参与

在使用phonopy时，输入命令phonopy -f  vasprun.xml-0* 后出现错误提示如下
for event, elem in etree.iterparse(fname):
  File "<string>", line 64, in __iter__
SyntaxError: not well-formed (invalid token): line 340, column 0
有高手知道怎么回事吗？
回复此楼

» 猜你喜欢
1楼 2016-11-16 16:20:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

匿名

用户注销 (职业作家)
本帖仅楼主可见
赞一下
2楼2016-11-16 16:50:57
已阅   申请1ST强帖   回复此楼   编辑   查看我的主页
普通回帖

m_u_s_e

银虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by zyl雨田 at 2016-11-16 16:50:57
phonopy -f  vasprun.xml-0*   我太久不弄了 但是楼主你真的确定这个命令没有问题？后面那个0*是什么？

*是指的通用符。phonopy会生成多个POSCAR对每一个POSCAR计算后得到多个vasprun.xml。一般标记为vasprun.xml-001,vasprun.xml-002等，*表示所有文件名带vasprun.xml-0的文件。这很常用比如你要搜索某个盘的所有.mp4文件，你就可以搜索*.mp4
赞一下 回复此楼
3楼2016-11-16 18:17:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

漫天飘雪

版主 (知名作家)

认真做事，踏实做人

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
1. 检查一下你的phonopy 是否安装正确？
2. 不要用*号，直接打全称试试。
赞一下 回复此楼
http://blog.sciencenet.cn/u/pfliu89
4楼2016-11-16 19:12:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

匿名

用户注销 (职业作家)
★ ★
m_u_s_e(漫天飘雪代发): 金币+2, 谢谢交流 2016-11-17 10:28:00
本帖仅楼主可见
赞一下
5楼2016-11-16 22:16:23
已阅   申请1ST强帖   回复此楼   编辑   查看我的主页

m_u_s_e

银虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 漫天飘雪 at 2016-11-16 19:12:11
1. 检查一下你的phonopy 是否安装正确？
2. 不要用*号，直接打全称试试。

之前试过打全称，还是一样的结果。这个phonopy我测试过几个结构都能出结果应该不是这方面的问题吧
赞一下 回复此楼
6楼2016-11-17 10:00:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

漫天飘雪

版主 (知名作家)

认真做事，踏实做人
用dfpt
回复此楼
http://blog.sciencenet.cn/u/pfliu89
7楼2016-11-17 10:02:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

相丽温

新虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by zyl雨田 at 2016-11-16 16:50:57
phonopy -f  vasprun.xml-0*   我太久不弄了 但是楼主你真的确定这个命令没有问题？后面那个0*是什么？

你好！我用的是DFPT方法。在得到vasprun.xml文件后，运行命令phonopy --fc vasprun.xml也出现这样的情况，请问这是怎么回事？
还有说明中要“确定VASP计算得到的vasprun.xml文件中包含Hessian矩阵元素”，怎么确定？我怀疑是vasprun.xml算错了，可是INCAR是按照说明写的？
新手，还望多多帮助，谢谢了！
赞一下 回复此楼
8楼2016-11-23 10:49:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

匿名

用户注销 (职业作家)
本帖仅楼主可见
赞一下
9楼2016-11-23 12:45:24
已阅   申请1ST强帖   回复此楼   编辑   查看我的主页

相丽温

新虫 (著名写手)
引用回帖:
9楼: Originally posted by zyl雨田 at 2016-11-23 12:45:24
那我怀疑你的参数没设对 INCAR执行的时候 没有计算Hessian 矩阵?...

先谢谢你的回复~
在INCAR中设定IBRION=8不是可以进行DFPT计算并得到Hessian吗？我有设IBRION

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
10楼2016-11-23 14:20:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 m_u_s_e 的主题更新
131/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 不要再数国自然申请书的 filecode 的分隔符个数了 +11 sadpencil 2026-07-12 16/800 2026-07-13 11:25 by Vivilian
[公派出国] 售T0P一区SCI文章，我:8O5.51.O.54,科目齐全,可＋急 +3 obzynn3tuv 2026-07-11 4/200 2026-07-13 11:25 by emlgkvoijw
[有机交流] 轴手性化合物的确定 10+3 trimethoxy 2026-07-07 4/200 2026-07-13 11:18 by celan
[教师之家] 售T0P一区SCI文章，我:8O5.51.O.54,科目齐全,可＋急 +3 obzynn3tuv 2026-07-11 4/200 2026-07-13 11:15 by emlgkvoijw
[考研] 售T0P一区SCI文章，我:8O5.51.O.54,科目齐全,可＋急 +4 obzynn3tuv 2026-07-11 5/250 2026-07-13 11:05 by emlgkvoijw
[基金申请] 明天E口面上会评 +4 布布和一二 2026-07-12 5/250 2026-07-13 10:44 by zzybjr
[公派出国] 售T0P一区SCI文章，我:8O5.51.O.54,科目齐全,可＋急 +3 obzynn3tuv 2026-07-11 4/200 2026-07-13 10:35 by emlgkvoijw
[论文投稿] 售T0P一区SCI文章，我:8O5.51.O.54,科目齐全,可＋急 +3 obzynn3tuv 2026-07-11 4/200 2026-07-13 10:15 by emlgkvoijw
[硕博家园] 售T0P一区SCI文章，我:8O5.51.O.54,科目齐全,可＋急 +3 obzynn3tuv 2026-07-11 3/150 2026-07-13 09:56 by emlgkvoijw
[硕博家园] 大龄残疾硕士的一点执念 +17 3776737374 2026-07-06 27/1350 2026-07-13 06:05 by 鲁弥abc
[考博] 售T0P一区SCI文章，我:8O5.51.O.54,科目齐全,可＋急 +3 obzynn3tuv 2026-07-11 4/200 2026-07-13 00:24 by v2i90kmrcu
[基金申请] 祈祷青基必中 50+6 hadengry 2026-07-09 16/800 2026-07-12 20:31 by 登山虫虫
[基金申请] 生命口会评 +11 wuke100666 2026-07-07 12/600 2026-07-11 19:30 by hhs666
[考博] 27届辽宁大学应届毕业生申博 +3 可乐微风大海 2026-07-09 3/150 2026-07-10 21:23 by 贪玩的研究僧
[基金申请] 关于如何从代码看上不上会 +17 且听虎啸 2026-07-09 23/1150 2026-07-10 19:51 by sdfapple719
[有机交流] chemdraw 20+5 ?慕鱼? 2026-07-08 6/300 2026-07-10 15:37 by 紫枫星域
[基金申请] b口会评 +6 当空照 2026-07-08 6/300 2026-07-09 20:49 by tonyliu0401
[考研] 在职考研 +6 wu5d 2026-07-08 7/350 2026-07-09 16:40 by 化工小霸王呀
[基金申请] 化学口会评？应用基础研究和基础研究，希望能分开 +3 Tide man 2026-07-08 3/150 2026-07-09 11:36 by dede5556
[有机交流] Suzuki偶联中硼酸酯原料掉下的硼酸酯是否可以自身偶联，生成B2Pin2杂质 500+3 天下大同 2026-07-06 3/150 2026-07-07 10:31 by martyr_oyx
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭