24小时热门版块排行榜    

查看: 1905  |  回复: 10

lusandanooo

银虫 (小有名气)

[求助] NAMD报错,请大神帮我看一下为什么?

运行NAMD做分子动力学模拟出现如下错误:
TCL: Running for 2500000 steps
ERROR: Constraint failure in RATTLE algorithm for atom 2684!
ERROR: Constraint failure; simulation has become unstable.
ERROR: Constraint failure in RATTLE algorithm for atom 2370!
ERROR: Constraint failure; simulation has become unstable.
ERROR: Constraint failure in RATTLE algorithm for atom 2244!
ERROR: Constraint failure; simulation has become unstable.
ERROR: Constraint failure in RATTLE algorithm for atom 1362!
ERROR: Constraint failure; simulation has become unstable.
ERROR: Constraint failure in RATTLE algorithm for atom 146!
ERROR: Constraint failure; simulation has become unstable.
ERROR: Constraint failure in RATTLE algorithm for atom 1246!
ERROR: Constraint failure; simulation has become unstable.
ERROR: Constraint failure in RATTLE algorithm for atom 625!
ERROR: Constraint failure; simulation has become unstable.
ERROR: Constraint failure in RATTLE algorithm for atom 1761!
ERROR: Constraint failure; simulation has become unstable.
ERROR: Constraint failure in RATTLE algorithm for atom 1796!
ERROR: Constraint failure; simulation has become unstable.
ERROR: Constraint failure in RATTLE algorithm for atom 68!
ERROR: Constraint failure; simulation has become unstable.
ERROR: Constraint failure in RATTLE algorithm for atom 739!
ERROR: Constraint failure; simulation has become unstable.
ERROR: Exiting prematurely; see error messages above.
回复此楼
毕了业真开心嘻嘻嘻嘻嘻
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lusandanooo

银虫 (小有名气)

2楼2016-11-11 23:36:46
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lusandanooo

银虫 (小有名气)

3楼2016-11-14 09:56:17
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lusandanooo

银虫 (小有名气)

4楼2016-11-14 14:46:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lusandanooo

银虫 (小有名气)

5楼2016-11-14 17:04:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lusandanooo

银虫 (小有名气)

6楼2016-11-15 08:55:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lusandanooo

银虫 (小有名气)

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
abinitio: 金币+10, 鼓励分享自己解决问题经验 2016-11-15 15:02:05
问题我自己解决了,因为没加水盒子,另外参数设置也有问题。囧。。。
毕了业真开心嘻嘻嘻嘻嘻
7楼2016-11-15 12:08:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gulayne

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
7楼: Originally posted by lusandanooo at 2016-11-15 12:08:20
问题我自己解决了,因为没加水盒子,另外参数设置也有问题。囧。。。

我也出现了相同的错误。请问你是怎么解决的呢?  能不能教我一下,不胜感激
8楼2017-07-22 14:25:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gulayne

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
7楼: Originally posted by lusandanooo at 2016-11-15 12:08:20
问题我自己解决了,因为没加水盒子,另外参数设置也有问题。囧。。。

请问你是怎么解决的呢   我也遇到了  相同的问题   不知能否教我一下呢
9楼2017-07-22 14:27:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

你好哈-

木虫 (小有名气)

你好,我是加了水盒子出现了这个问题,请问你参数是如何设置的,可否看一下你的配置文件

发自小木虫IOS客户端
10楼2017-10-25 21:20:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 lusandanooo 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 放榜前的不淡定 20+4 snowwithsea 2026-08-19 19/950 2026-08-25 17:57 by chick875
[基金申请] 2026国自然函评费到账 +20 羊腰板 2026-08-21 23/1150 2026-08-25 16:34 by zsna
[基金申请] 什么时候开奖? +12 CrisMessi 2026-08-18 13/650 2026-08-25 14:40 by ZJTJZ
[基金申请] 如果此刻你正在为国基感到焦虑,不妨来听听这首《基金之外》 +8 scalable 2026-08-24 8/400 2026-08-25 12:52 by jnhyjjm
[基金申请] 没有任何消息-是不是就凉了 +9 图啦图啦 2026-08-24 10/500 2026-08-25 11:59 by 南海小哥
[基金申请] 人气不行了 +11 fansofjerry 2026-08-21 11/550 2026-08-25 11:04 by 孤独的英雄6
[教师之家] 导师吐槽:我怎么摊上了这么个极品研究生! +3 苏东坡二世 2026-08-23 3/150 2026-08-25 10:35 by shisan1313
[基金申请] 今天基金会出结果吗?20260819 +17 kkkl_v 2026-08-19 18/900 2026-08-25 09:41 by windflowerwy
[基金申请] 我面上完蛋了 +13 且听虎啸 2026-08-20 14/700 2026-08-25 09:10 by mrkang
[基金申请] 只有每年这种时候来逛逛小木虫 +25 yaoyewhu2008 2026-08-20 27/1350 2026-08-25 08:01 by Equinoxhua
[基金申请] 能否退出参与的面上项目解除限项 +21 koalala 2026-08-24 24/1200 2026-08-24 19:25 by 家与远方
[基金申请] filecode,4个jtjc了 +14 ziyangfang 2026-08-19 17/850 2026-08-24 18:37 by 哈哈蛤?
[基金申请] 建议基金发布提前给出明确的时间点 +13 kulium 2026-08-21 16/800 2026-08-24 16:27 by superceng
[教师之家] 跳槽后在研项目怎么办? +5 简单化xn 2026-08-22 10/500 2026-08-23 12:38 by 简单化xn
[基金申请] 时间戳今天,20号变了 +5 archvillain 2026-08-20 5/250 2026-08-22 06:12 by hui_daxiao
[基金申请] 看来今天不会放榜了? +8 chengyan1220 2026-08-21 11/550 2026-08-21 17:52 by dcqxinyang
[基金申请] 时间戳又变了 +13 wuchongjun 2026-08-20 19/950 2026-08-21 17:21 by 紫杉醇
[基金申请] 应该是下周三26日公布了吧? +4 哈哈蛤? 2026-08-21 4/200 2026-08-21 10:58 by Vivilian
[基金申请] 今天放榜没戏了吧 +9 yuleib84 2026-08-19 11/550 2026-08-21 10:06 by gltch
[基金申请] 基金啊基金 +4 longfie172 2026-08-20 4/200 2026-08-21 08:58 by mark mao
信息提示
请填处理意见