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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » NAMD报错，请大神帮我看一下为什么？
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lusandanooo

银虫 (小有名气)

[求助] NAMD报错，请大神帮我看一下为什么？

运行NAMD做分子动力学模拟出现如下错误：
TCL: Running for 2500000 steps
ERROR: Constraint failure in RATTLE algorithm for atom 2684!
ERROR: Constraint failure; simulation has become unstable.
ERROR: Constraint failure in RATTLE algorithm for atom 2370!
ERROR: Constraint failure; simulation has become unstable.
ERROR: Constraint failure in RATTLE algorithm for atom 2244!
ERROR: Constraint failure; simulation has become unstable.
ERROR: Constraint failure in RATTLE algorithm for atom 1362!
ERROR: Constraint failure; simulation has become unstable.
ERROR: Constraint failure in RATTLE algorithm for atom 146!
ERROR: Constraint failure; simulation has become unstable.
ERROR: Constraint failure in RATTLE algorithm for atom 1246!
ERROR: Constraint failure; simulation has become unstable.
ERROR: Constraint failure in RATTLE algorithm for atom 625!
ERROR: Constraint failure; simulation has become unstable.
ERROR: Constraint failure in RATTLE algorithm for atom 1761!
ERROR: Constraint failure; simulation has become unstable.
ERROR: Constraint failure in RATTLE algorithm for atom 1796!
ERROR: Constraint failure; simulation has become unstable.
ERROR: Constraint failure in RATTLE algorithm for atom 68!
ERROR: Constraint failure; simulation has become unstable.
ERROR: Constraint failure in RATTLE algorithm for atom 739!
ERROR: Constraint failure; simulation has become unstable.
ERROR: Exiting prematurely; see error messages above.
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毕了业真开心嘻嘻嘻嘻嘻
1楼 2016-11-11 15:22:20
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lusandanooo

银虫 (小有名气)
顶

发自小木虫Android客户端
2楼2016-11-11 23:36:46
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lusandanooo

银虫 (小有名气)
3楼2016-11-14 09:56:17
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lusandanooo

银虫 (小有名气)
4楼2016-11-14 14:46:32
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lusandanooo

银虫 (小有名气)
5楼2016-11-14 17:04:34
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lusandanooo

银虫 (小有名气)
6楼2016-11-15 08:55:09
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lusandanooo

银虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
abinitio: 金币+10, 鼓励分享自己解决问题经验 2016-11-15 15:02:05
问题我自己解决了，因为没加水盒子，另外参数设置也有问题。囧。。。
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毕了业真开心嘻嘻嘻嘻嘻
7楼2016-11-15 12:08:20
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gulayne

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
7楼: Originally posted by lusandanooo at 2016-11-15 12:08:20
问题我自己解决了，因为没加水盒子，另外参数设置也有问题。囧。。。

我也出现了相同的错误。请问你是怎么解决的呢？  能不能教我一下，不胜感激
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8楼2017-07-22 14:25:45
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gulayne

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
7楼: Originally posted by lusandanooo at 2016-11-15 12:08:20
问题我自己解决了，因为没加水盒子，另外参数设置也有问题。囧。。。

请问你是怎么解决的呢   我也遇到了  相同的问题   不知能否教我一下呢
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9楼2017-07-22 14:27:01
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你好哈-

木虫 (小有名气)
你好，我是加了水盒子出现了这个问题，请问你参数是如何设置的，可否看一下你的配置文件

发自小木虫IOS客户端
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10楼2017-10-25 21:20:16
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