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在线答疑:Wien2k的问题
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希望能在这里跟大家一起交流探讨涉及Wien2k的问题。 希望做Wien2k的朋友有什么建议、资料或信息能在 这里提供出来，以便交流！ 以下内容随时补充~~~~ 群名：小木虫wien2k群 群号码：51109254 群名：小木虫 Wien2k(二） 群号码：75403996 欢迎提问，提问有奖。 更欢迎高手们前来解答问题，合理的答案有重奖！ 谢谢！ [ Last edited by wuli8 on 2009-11-10 at 16:41 ] |
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wuli8
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wuchenwf(金币+6,VIP+0):xiexie
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wax54 发的编译过程： 应管理员的要求，我准备把wien2k在amd架构服务器上整个的编译过程与大家分享。希望可以对初接触wien的虫友一些帮助。在下其实也刚刚接触，能力有限，错误之处还望各位多多指正。另外，由于本人对wien2k的程序还不熟悉，也希望就计算过程中出现的问题与大家多多交流。 1、系统的安装 因为要用服务器搭建一个简单的集群，为了参考车静光老师的《微机集群组建、优化和管理》，所以决定选用suse linux。我用的是enterprise sever x86-64版。设置需要安装软件的时候，即使全部选中也还有很多的package没有安装。这时，可以按detail键，选择package group在其中查找gunplot，将其选中，否这运行wien2k的时候无法显示态密度图。 2、编译器的安装 我选择了pgi的编译器7.0所谓的tbe版，不知道是不是破解版，还没有过15天。安装起来比较容易，将过程略去。 3、Mpich2的安装 安装之前执行export FC=pgf90 CC=pgcc FFLAGS="-mcmodel=medium" CFLAGS=="-mcmodel=medium" CCFLAGS=="-mcmodel=medium" RSHCOMMAND=rsh mkdir /where_you_install_mpich2 ./configure -prefix=/where_you_install_mpich2 make make install PS：安装结束别忘记声明 4、数学库的安装 数学库的选择颇为麻烦。听说对于amd的平台，pgi+libgoto运算最快。对数学库不熟悉的我最初尝试了用intel的ifort，icc和intel的mkl。我发现mkl的设置非常麻烦，尤其9和10架构有较大的差异，导致很难编译成功（尽管我参考了那篇著名的《Compiling Wien2k on Intel based systems with Suse Linux》）。按照Fecher的建议，我选择了mkl9，但是设置并行的时候还需要自己从网上下载blacs，scalapack等等，编译起来非常麻烦，极有可能设置错误。mkl10包含了scalapack,但是userguide对结构的介绍让人头疼。后来参考了一位网友编译的例子（对不起，现在找不到那篇帖子了，无法指名出处），感觉编译过程中参数设置非常奇怪，即使编译通过，运算过程还是出现错误。后来我发现了张挺的一篇关于上海超级计算中心编译wien2k的文章，按照上面的介绍，我选择了amd的核心数学库acml3.1，不过为了方便并减少可能出错的环节，我选择了amdscalapck3.1。这两个数学库安装起来相当容易，没有了繁琐的makefile的设置过程，只要install就可以了。 5、编译过程 gunzip *.gz chmod +X ./expand_lapw ./expand_lapw (由于这三个过程都非常容易，略过) 下面我重点说下./siteconfig_lapw 系统的选择 ：选择L (linux+pgi ) 接下来的设置非常容易，基本选择默认的设置就可以。需要指出的是，在设置LDFLAGS时，最好给出绝对路径。我试了几次没有给出决定路径，总是提示找不到blas或者lapack。 接下来是并行过程的设置。如果虫友的计算环境是单台多cpu的工作站或者服务器，shared memory一项选择y，接下来选择y和mpif90。如果为集群，可以选择n，rsh，y和mpif90。 下面最重要的RP_LIBS的设置。我起初按照张挺文章上的设置，编译过程总是抱错。我后来在compile message中发现出错可能和RP_LIBS中设置的顺序有关（只是感觉，不知是否正确）。以下是我的具体参数设置（我将数学库和编译起都安装在了/opt目录中）： /opt/acml3.1.0/pgi64/lib/libscalapack.a /opt/acml3.1.0/pgi64/lib/libacml.a /opt/acml3.1.0/pgi64/lib/libblacsF77init.a /opt/acml3.1.0/pgi64/lib/libblacsCinit.a /opt/acml3.1.0/pgi64/lib/libblacs.a 6、编译 选择编译全部的程序，编译过程可能持续10几分钟。 结语 按照上述编译过程我在集群上试验了TiC的例子，计算成功。然而对于LaSrMnO的例子在计算至lapw2时候始终失败，可能是我对程序不够熟悉，部分参数设置有误吧。计算过程中我一直选择的是k点并行，因为我的集群只有40个核心。mpi并行不知道是否设置成功，欢迎大家多多提供信息。 |
14楼2008-12-08 10:15:16
wuli8
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编译时出现如下问题，请问如何解决？ 谢谢！ Compile time errors (if any) were: SRC_afminput/compile.msg:make: *** [afminput.o] Error 127 SRC_aim/compile.msg:make[1]: *** [moduls.o] Error 127 SRC_aim/compile.msg:make: *** [real] Error 2 SRC_aim/compile.msg:make[1]: *** [moduls.o] Error 127 SRC_aim/compile.msg:make: *** [complex] Error 2 SRC_balsac-utils/compile.msg:make: [clean] Error 1 (ignored) SRC_balsac-utils/compile.msg:make: *** [outnn2plt.o] Error 127 SRC_broadening/compile.msg:make: *** [broadening.o] Error 127 SRC_cif2struct/compile.msg:make: *** [module.o] Error 127 SRC_clmcopy/compile.msg:make: *** [clmcopy.o] Error 127 SRC_dstart/compile.msg:make: *** [reallocate.o] Error 127 SRC_elast/compile.msg:make: [clean] Error 1 (ignored) SRC_elast/compile.msg:make: *** [genetempl.o] Error 127 SRC_eosfit6/compile.msg:make: [clean] Error 1 (ignored) SRC_eosfit6/compile.msg:make: *** [eosfit6.o] Error 127 SRC_eosfit/compile.msg:make: [clean] Error 1 (ignored) SRC_eosfit/compile.msg:make: *** [eosfit.o] Error 127 SRC_filtvec/compile.msg:make[1]: *** [filtvec.o] Error 127 SRC_filtvec/compile.msg:make: *** [real] Error 2 SRC_filtvec/compile.msg:make[1]: *** [filtvec.o] Error 127 SRC_filtvec/compile.msg:make: *** [complex] Error 2 SRC_fsgen/compile.msg:make: [clean] Error 1 (ignored) SRC_fsgen/compile.msg:make: *** [bcc_fs_mesh.o] Error 127 SRC_initelnes/compile.msg:make: *** [initelnes.o] Error 127 SRC_initxspec/compile.msg:make: *** [initxspec.o] Error 127 SRC_irrep/compile.msg:make: *** [felder.o] Error 127 SRC_joint/compile.msg:make: *** [felder.o] Error 127 SRC_kgen/compile.msg:make: *** [main.o] Error 127 SRC_kram/compile.msg:make: *** [drude.o] Error 127 SRC_lapw0/compile.msg:make[1]: *** [modules.o] Error 127 SRC_lapw0/compile.msg:make: *** [seq] Error 2 SRC_lapw1/compile.msg:make[1]: *** [modules.o] Error 127 SRC_lapw1/compile.msg:make: *** [real] Error 2 SRC_lapw1/compile.msg:make[1]: *** [modules.o] Error 127 SRC_lapw1/compile.msg:make: *** [complex] Error 2 SRC_lapw2/compile.msg:make[1]: *** [reallocate.o] Error 127 SRC_lapw2/compile.msg:make: *** [real] Error 2 SRC_lapw2/compile.msg:make[1]: *** [reallocate.o] Error 127 SRC_lapw2/compile.msg:make: *** [complex] Error 2 SRC_lapw3/compile.msg:make[1]: *** [atomgrid.o] Error 127 SRC_lapw3/compile.msg:make: *** [real] Error 2 SRC_lapw3/compile.msg:make[1]: *** [atomgrid.o] Error 127 SRC_lapw3/compile.msg:make: *** [complex] Error 2 SRC_lapw5/compile.msg:make[1]: *** [atomgrid.o] Error 127 SRC_lapw5/compile.msg:make: *** [real] Error 2 SRC_lapw5/compile.msg:make[1]: *** [atomgrid.o] Error 127 SRC_lapw5/compile.msg:make: *** [complex] Error 2 SRC_lapw7/compile.msg:make[1]: *** [moduls.o] Error 127 SRC_lapw7/compile.msg:make: *** [real] Error 2 SRC_lapw7/compile.msg:make[1]: *** [moduls.o] Error 127 SRC_lapw7/compile.msg:make: *** [complex] Error 2 SRC_lapwdm/compile.msg:make[1]: *** [reallocate.o] Error 127 SRC_lapwdm/compile.msg:make: *** [real] Error 2 SRC_lapwdm/compile.msg:make[1]: *** [reallocate.o] Error 127 SRC_lapwdm/compile.msg:make: *** [complex] Error 2 SRC_lapwso/compile.msg:make: *** [reallocate.o] Error 127 SRC_lcore/compile.msg:make: *** [cdsld.o] Error 127 SRC_lorentz/compile.msg:make: *** [lorentz.o] Error 127 SRC_lstart/compile.msg:make: *** [cdlsd.o] Error 127 SRC_mini/compile.msg:make: *** [mxpmgrid.o] Error 127 SRC_mixer/compile.msg:make: *** [charge.o] Error 127 SRC_nn/compile.msg:make: *** [struk.o] Error 127 SRC_optic/compile.msg:make[1]: *** [modules.o] Error 127 SRC_optic/compile.msg:make: *** [real] Error 2 SRC_optic/compile.msg:make[1]: *** [modules.o] Error 127 SRC_optic/compile.msg:make: *** [complex] Error 2 SRC_optimize/compile.msg:make: [clean] Error 1 (ignored) SRC_optimize/compile.msg:make: *** [optimize.o] Error 127 SRC_orb/compile.msg:make: *** [modules.o] Error 127 SRC_pairhess/compile.msg:make: *** [energy.o] Error 127 SRC_phonon/compile.msg:make: [clean] Error 1 (ignored) SRC_phonon/compile.msg:make: *** [phonon2wien2k_sym.o] Error 127 SRC_qtl/compile.msg:make: *** [reallocate.o] Error 127 SRC_spacegroup/compile.msg:make: *** [spacegroup.o] Error 127 SRC_spaghetti/compile.msg:make: *** [reallocate.o] Error 127 SRC_structeditor/compile.msg:make[1]: *** [module.o] Error 127 SRC_structeditor/compile.msg:make: *** [all] Error 2 SRC_sumpara/compile.msg:make: *** [errclr.o] Error 127 SRC_supercell/compile.msg:make: *** [supercell.o] Error 127 SRC_symmetry/compile.msg:make: *** [symmetry.o] Error 127 SRC_symmetso/compile.msg:make: *** [symmetso.o] Error 127 SRC_telnes2/compile.msg:make: *** [modules.o] Error 127 SRC_tetra/compile.msg:make: *** [reallocate.o] Error 127 SRC_trig/compile.msg:make: [clean] Error 1 (ignored) SRC_trig/compile.msg:make: *** [rhomb_in5.o] Error 127 SRC_txspec/compile.msg:make: *** [reallocate.o] Error 127 |
2楼2008-12-02 10:42:11
fansw1129
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4楼2008-12-02 22:31:06