| 查看: 8271 | 回复: 13 | |||||||||||||
[交流]
Ubuntu下LAMMPS的并行安装教程（最新版） 已有13人参与
|
|||||||||||||
|
Ubuntu下LAMMPS的并行安装步骤 最近一直有些新人咨询如何在 Ubuntu下安装并行版的LAMMPS。尽管本人不推荐用ubuntu桌面版做并行计算（server版不错）， 但还是想写一个帖子来回答这个问题。 网络上有很多教程教大家安装，但大多有点老旧了，跟不上LAMMPS版本的发展。官网上有ubuntu系统下的预编译版，但完全不推荐；因为LAMMPS包含的包很多，不需要所有的都安装上。全安装上，在一定程度上会影响到计算效率，这有点像你去旅游，背了很多根本用不到的沙袋走路。 在任何类Unix操作系统下安装软件，不外乎如下步骤： 1. 检查依赖包 2. 安装没有的依赖包 3.按说明安装软件，并设置路径 下面就具体介绍安装步骤： Ubuntu下安装LAMMPS并行版需要安装必要的依赖包，都包含哪些呢？你可以到你lammps源程序下的src/MAKE/MACHINES下找到Makefile.ubuntu文件； 用文本浏览软件打开它（命令行也行，比如 less Makefile.ubuntu）。 你会看到前10行有依赖包的介绍。 2016版的如下（版本有变，可能依赖包会有变化，大家都可以找到这个文件打开看看）： ---------------- # ubuntu = Ubuntu Linux box, g++, openmpi, FFTW3 # you have to install the packages g++, mpi-default-bin, mpi-default-dev, # libfftw3-dev, libjpeg-dev and libpng12-dev to compile LAMMPS with this # makefile 包含，g++编译器，如果你安装user发展的包，可能还要用到gfortran编译器； 并行包，mpi编译器，fftw库，图片打印输出库等。 1. 我们首先检查下依赖包：在命令行下 用 which命令进行检查是否存在。 执行： which gcc ; which g++; which mpirun; which mpic++; which gfortran等。Fftw，jpeg,png等库要到/usr/include下查看有没有fftw3等相应的头文件。 有了就不需要再次安装，没有就需要先安装上。 2. 假定你上面的依赖包都没有（重复安装无所谓），请顺序执行下面命令： 【这些安装要su root下；LAMMPS安装不需要root权限】 a) apt-get install gcc* b) apt-get install g++* c) apt-get install mpi-default-* d) apt-get install libfftw3* e) apt-get install libjpeg-* f) apt-get install libpng12-* 确保上面的库都安装上，安装过程中可以看到是否已经装上，没有的话，窗口会等待让你输入 yes 3. 上面包安装好后，进入到 lammps/src/MAKE下，把MACHINES下的 Makefile.ubuntu文件 复制到 MAKE下，这时，你看到MAKE下还有 .mpi, .serial两个Makefile文件。 4. 到src下执行make package-status查看有哪些包是yes态和no态；yes表示安装，no表示不安装。用make yes-包名或make no-包名， 加载/取消你安装的包。选择自己必要的包就行了。 5. 进入src下执行 make Ubuntu 命令，等待安装； 安装结束后，会生成一个lmp_ubuntu可执行程序，这个就是你要的了 6. 在你的家目录下（比如/home/zhangsan），执行mkdir bin见一个bin文件夹，并把lmp_ubuntu复制到此文件夹下； 然后 cd 到 家目录 vi .bashrc 文件。在此文件的最后一行 加入 export PATH=/home/zhangsan/bin:$PATH;保存并 source .bashrc。 最新执行 which lmp_ubuntu查看下是不是可以找到路径。可以的话，可结束安装了。 上面的步骤完成后，安装就结束了， 你可以cd 到 example下的例子中(比如 micelle下)，执行 lmp_ubuntu < in.micelle 或者 mpirun -np 2 lmp_ubuntu < in.micelle 看看是否可以用。 Linux下软件的安装，根本在依赖包的安装和路径的设置，这些搞定，安装不会有障碍。 详细的安装过程，大家也可以观看免费网络视频：http://i.youku.com/simuly |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 科研工具资源Nick | 资源收集 | 精华网帖收集 | 分子动力学模拟 |
| 计算模拟 | LAMMPS | lammps专题 | Amorphous cell |
| 分子动力学 | qwertyuiop |
» 猜你喜欢
人工智能320调剂08工类还有机会吗
已经有14人回复
-
271求调剂
已经有27人回复
-
考研求调剂
已经有7人回复
-
085408光电信息工程专硕355一志愿长春光机所调剂
已经有3人回复
-
071000生物学，一志愿深圳大学296分，求调剂
已经有15人回复
-
302求调剂
已经有7人回复
-
化工学硕 285求调剂
已经有28人回复
-
有没有学校材料专业收跨调(一志愿085410)
已经有12人回复
-
0854调剂
已经有11人回复
-
一志愿085802 323分求调剂
已经有14人回复
9楼2017-01-10 12:13:00
陈昭0015
铜虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 97.9
- 沙发: 1
- 帖子: 51
- 在线: 13.8小时
- 虫号: 4698119
- 注册: 2016-05-17
- 性别: GG
- 专业: 凝聚态物性I:结构、力学和
2楼2016-11-07 15:18:00
upc10131309
铜虫 (小有名气)
- 应助: 2 (幼儿园)
- 金币: 1508.3
- 散金: 8
- 红花: 2
- 帖子: 205
- 在线: 98.5小时
- 虫号: 2761419
- 注册: 2013-10-29
- 性别: GG
- 专业: 流体力学
3楼2016-11-09 16:44:15
xianlaoshi
木虫 (著名写手)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 9724.5
- 帖子: 2789
- 在线: 866小时
- 虫号: 796887
- 注册: 2009-06-18
- 性别: GG
- 专业: 物理学I
4楼2016-11-13 15:44:44
5楼2016-11-21 08:27:45
6楼2016-11-23 09:21:41
lvpeng1919
新虫 (初入文坛)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 50.3
- 散金: 33
- 帖子: 39
- 在线: 137.7小时
- 虫号: 2028390
- 注册: 2012-09-25
- 专业: 金属材料的凝固与结晶学
7楼2016-12-18 11:01:47
aggungun
铁虫 (小有名气)
- 应助: 2 (幼儿园)
- 金币: 145.2
- 散金: 1
- 帖子: 175
- 在线: 21.2小时
- 虫号: 2125823
- 注册: 2012-11-14
- 专业: 原子和分子物理
8楼2017-01-09 13:06:21
10楼2017-02-10 22:24:43
