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MS模拟中的一些问题，求助大神帮忙
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我做的是交联模型中小分子迁移的模拟，在模拟中所遇到的问题如下： 1、我在分子动力学之后，进行了均方位移的操作，会得到一个均方位移与时间的曲线，但是我对同一个.xtd文档进行相同的分子动力学（做了一次50ps的分子动力学之后，得到曲线，然后，对之前的模型重新进行50ps 的动力学模拟，），为什么出现的均方位移曲线会出现很大的差别； 2、我想知道进行均方位移设置时，前面的分子动力学模拟时间对均方位移曲线的影响是什么样的，我做了50ps、100ps、1000ps的，结果显示差别很大，应该选区什么样的动力学时间合适？ 3、我想做不同浓度的扩散系数时，我在做均方位移之前标记的时候，应该标记所有要研究的小分子还是只要标记一个，我试了一下，他们出现的结果不同，如果只标记一个所出现的扩散系数比标记所有的所出现的扩散系数大，这又是怎么回事，不是应该浓度越大，扩散系数越大吗 |
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