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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » Autodock能做DNA和蛋白的对接吗?
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lusandanooo

银虫 (小有名气)

[求助] Autodock能做DNA和蛋白的对接吗? 已有2人参与

我想预测转录因子和靶基因之间的相互作用关系，可以用autodock来进行分子对接吗？如果可以的话，那个是受体那个是配体呢？DNA建模用什么软件能做呢？
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毕了业真开心嘻嘻嘻嘻嘻
1楼 2016-11-03 16:38:29
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

lusandanooo

银虫 (小有名气)
引用回帖:
15楼: Originally posted by autodockytu at 2016-11-08 22:27:19
autodock可以进行DNA与配体对接，但是你的DNA结构是简单的双螺旋还是特定的三级结构？

简单双螺旋，我试过，autogrid正常运行，autodock运行总是闪退，windows 10系统。
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毕了业真开心嘻嘻嘻嘻嘻
16楼2016-11-09 08:54:06
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普通回帖

lusandanooo

银虫 (小有名气)
2楼2016-11-04 08:45:12
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sweety01232

木虫 (知名作家)

药化菜鸡
能 一直用的小分子与蛋白对接

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Daydayup
3楼2016-11-04 08:57:20
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lusandanooo

银虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by sweety01232 at 2016-11-04 08:57:20
能 一直用的小分子与蛋白对接

DNA链，600个核苷酸，我觉得挺大了，也能对接吗？

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毕了业真开心嘻嘻嘻嘻嘻
4楼2016-11-04 12:41:31
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wbf3ng

金虫 (小有名气)
那是蛋白和dna对接

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5楼2016-11-04 13:54:01
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lusandanooo

银虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by wbf3ng at 2016-11-04 13:54:01
那是蛋白和dna对接

对，我用autodock做过小分子化合物跟蛋白的对接，没有问题。用同样的步骤做了一遍蛋白和DNA对接，不管是蛋白受体DNA配体，还是DNA受体蛋白配体，都报错闪退，想知道有没有专门的软件做蛋白和DNA对接的、
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毕了业真开心嘻嘻嘻嘻嘻
6楼2016-11-04 14:30:23
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sweety01232

木虫 (知名作家)

药化菜鸡
引用回帖:
6楼: Originally posted by lusandanooo at 2016-11-04 14:30:23
对，我用autodock做过小分子化合物跟蛋白的对接，没有问题。用同样的步骤做了一遍蛋白和DNA对接，不管是蛋白受体DNA配体，还是DNA受体蛋白配体，都报错闪退，想知道有没有专门的软件做蛋白和DNA对接的、...

有，DS

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Daydayup
7楼2016-11-04 14:31:19
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lusandanooo

银虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by sweety01232 at 2016-11-04 14:31:19
有，DS
...

这个软件好贵的吧。。。实验室买不起
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毕了业真开心嘻嘻嘻嘻嘻
8楼2016-11-04 16:00:03
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sweety01232

木虫 (知名作家)

药化菜鸡
引用回帖:
8楼: Originally posted by lusandanooo at 2016-11-04 16:00:03
这个软件好贵的吧。。。实验室买不起...

Ledock

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Daydayup
9楼2016-11-04 16:17:44
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lusandanooo

银虫 (小有名气)
有会用Haddock吗？求个详细教程，中文的。
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毕了业真开心嘻嘻嘻嘻嘻
10楼2016-11-07 09:57:45
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