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lusandanooo

银虫 (小有名气)

[求助] Autodock能做DNA和蛋白的对接吗? 已有2人参与

我想预测转录因子和靶基因之间的相互作用关系,可以用autodock来进行分子对接吗?如果可以的话,那个是受体那个是配体呢?DNA建模用什么软件能做呢?
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毕了业真开心嘻嘻嘻嘻嘻
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lusandanooo

银虫 (小有名气)

引用回帖:
15楼: Originally posted by autodockytu at 2016-11-08 22:27:19
autodock可以进行DNA与配体对接,但是你的DNA结构是简单的双螺旋还是特定的三级结构?

简单双螺旋,我试过,autogrid正常运行,autodock运行总是闪退,windows 10系统。
毕了业真开心嘻嘻嘻嘻嘻
16楼2016-11-09 08:54:06
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普通回帖

lusandanooo

银虫 (小有名气)

2楼2016-11-04 08:45:12
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sweety01232

木虫 (知名作家)

药化菜鸡

能 一直用的小分子与蛋白对接

发自小木虫IOS客户端
Daydayup
3楼2016-11-04 08:57:20
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lusandanooo

银虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by sweety01232 at 2016-11-04 08:57:20
能 一直用的小分子与蛋白对接

DNA链,600个核苷酸,我觉得挺大了,也能对接吗?

发自小木虫Android客户端
毕了业真开心嘻嘻嘻嘻嘻
4楼2016-11-04 12:41:31
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wbf3ng

金虫 (小有名气)

5楼2016-11-04 13:54:01
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lusandanooo

银虫 (小有名气)

引用回帖:
5楼: Originally posted by wbf3ng at 2016-11-04 13:54:01
那是蛋白和dna对接

对,我用autodock做过小分子化合物跟蛋白的对接,没有问题。用同样的步骤做了一遍蛋白和DNA对接,不管是蛋白受体DNA配体,还是DNA受体蛋白配体,都报错闪退,想知道有没有专门的软件做蛋白和DNA对接的、
毕了业真开心嘻嘻嘻嘻嘻
6楼2016-11-04 14:30:23
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sweety01232

木虫 (知名作家)

药化菜鸡

引用回帖:
6楼: Originally posted by lusandanooo at 2016-11-04 14:30:23
对,我用autodock做过小分子化合物跟蛋白的对接,没有问题。用同样的步骤做了一遍蛋白和DNA对接,不管是蛋白受体DNA配体,还是DNA受体蛋白配体,都报错闪退,想知道有没有专门的软件做蛋白和DNA对接的、...

有,DS

发自小木虫IOS客户端
Daydayup
7楼2016-11-04 14:31:19
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lusandanooo

银虫 (小有名气)

引用回帖:
7楼: Originally posted by sweety01232 at 2016-11-04 14:31:19
有,DS
...

这个软件好贵的吧。。。实验室买不起
毕了业真开心嘻嘻嘻嘻嘻
8楼2016-11-04 16:00:03
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sweety01232

木虫 (知名作家)

药化菜鸡

引用回帖:
8楼: Originally posted by lusandanooo at 2016-11-04 16:00:03
这个软件好贵的吧。。。实验室买不起...

Ledock

发自小木虫IOS客户端
Daydayup
9楼2016-11-04 16:17:44
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lusandanooo

银虫 (小有名气)

有会用Haddock吗?求个详细教程,中文的。
毕了业真开心嘻嘻嘻嘻嘻
10楼2016-11-07 09:57:45
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