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fcy110918铁杆木虫 (正式写手)
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[求助]
Gaussian计算π-π堆积弱相互作用的势能曲线 已有3人参与
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各位小木虫计算大神: 小虫本来学生物的，由于实验需要，接触Guassian和DFT不久，很多地方一片迷茫啊。目前想考虑利用Guassian计算分子间的π-π堆积结构的势能曲线，比如说两个蒽分子堆积在一起时势能与距离的曲线，所想要的结果如附件所示，  本人的分子已经opt，也获得了freq，但是不会设置scan中的坐标（不知道是不是这个功能可以得到像下面一样的数据），也不会如何控制两个分子间的距离，最想得到的结果就是和下面的附件图一样（暂时只会用Gaussian）  诚心希望得到大神们的指点   w75h2013403_1473375893_866.jpg  Screen Shot 2016-11-02 at 20.04.29.png  Screen Shot 2016-11-02 at 20.04.43.png |
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Frank2517
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9楼2016-11-04 17:40:00
小范范1989
木虫 (著名写手)
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说一下我的理解，不一定对哈，因为之前我了解过一点点， 1：首先，你要找到两个分子，平行排列。（当然也不一定非要平行，向你后面的分子，垂直）。 这个怎么弄呢？拿两个平行的来举例子： 通过高斯view画一个苯环，然后把他的坐标复制一下，再放到文件的后面,这样是不是就是两个重合的苯环了？然后，你在把刚刚复制的那个苯环的Z坐标，都加上1或者2或者3或者4....这不就是两者之间的距离的调节了吗？ 如果是垂直，我感觉是不是先通过高斯view画出来，然后调节一个分子的Z坐标，同时加多少，这样就能调节距离了吧？ 应该找个过程不需要优化吧，这个我不确定，我感觉是直接做单点计算，当然，我的理解不一定对。 2：有了坐标之后，就要计算能量， 把不同距离的分子，保存不同的文件，比如说0.5.gjf 1.gjf 1.5.gjf......然后做单点计算（我感觉单点，不需要优化，不一定对）。 3：这个地方计算的泛函比较重要，因为必须要有D3校正，如果是b3lyp之类的，结果会是一条一直下降的线，不会有凹的表现。 选泛函，这个在你那个书的169页，第21也ppt、 4：个人见解，不一定对，还望指点 |
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fcy110918
2楼2016-11-03 08:38:41
ra2ghgzh
木虫 (正式写手)
学痴
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下面是两个平行苯环的PES计算 %mem=600MW %nprocshared=16 # opt=z-matrix b3lyp/cc-pvdz Title Card Required 0 1 C 0.00000000 1.39499067 0.00000000 C -1.20809735 0.69749533 0.00000000 C -1.20809735 -0.69749533 0.00000000 C 0.00000000 -1.39499067 0.00000000 C 1.20809735 -0.69749533 0.00000000 C 1.20809735 0.69749533 0.00000000 H 0.00000000 2.49460097 0.00000000 H -2.16038781 1.24730049 0.00000000 H -2.16038781 -1.24730049 0.00000000 H 0.00000000 -2.49460097 0.00000000 H 2.16038781 -1.24730049 0.00000000 H 2.16038781 1.24730049 0.00000000 C 0.00000000 1.39499067 R C -1.20809735 0.69749533 R C -1.20809735 -0.69749533 R C 0.00000000 -1.39499067 R C 1.20809735 -0.69749533 R C 1.20809735 0.69749533 R H 0.00000000 2.49460097 R H -2.16038781 1.24730049 R H -2.16038781 -1.24730049 R H 0.00000000 -2.49460097 R H 2.16038781 -1.24730049 R H 2.16038781 1.24730049 R Variables: R 2.0 S 30 0.1 得到的结果是  计算结果不吻合的原因可能是计算方法和基组没选择好 |
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3楼2016-11-03 11:37:37
fcy110918
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