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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 综合其他 » 低表达的转录因子如何筛选下游基因
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she0922

新虫 (初入文坛)

[求助] 低表达的转录因子如何筛选下游基因

大家好，本人实验小白一枚，目前在寻找自己的毕业课题，有个实验问题想请教论坛里面的各位大侠。前期的实验证明某个转录因子具有抑癌作用，在正常肝脏组织中高表达，在肝癌组织中低表达，在HepG2，SMMC-7721等肝癌细胞株中缺失表达。我现在想用染色质免疫共沉淀结合高通量测序的方法筛选它的下游基因，由于在肝癌细胞株中缺失表达，我可以构建一个过表达转录因子的质粒到肝癌细胞株中做染色质免疫共沉淀吗？或者还有更好的方法筛选下游基因吗？谢谢！
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1楼 2016-10-29 23:43:32
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choujiaoqi

铁杆木虫 (知名作家)
我能想的也是这样。或者稳定高表达的试试。

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2楼2016-10-31 00:12:46
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i19870503

银虫 (小有名气)
一方面可以看下有没有相关的chip或hc数据，另外可以看下你做的那个tf的表观修饰，不表达肯定是有原因的。另外比起转入质粒，我更推荐做个knockin的细胞系稳定性更好，另外换个强启动子试过么

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3楼2016-10-31 22:01:37
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she0922

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by choujiaoqi at 2016-10-31 00:12:46
我能想的也是这样。或者稳定高表达的试试。

感谢你的回答
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4楼2016-11-01 21:25:43
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she0922

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by i19870503 at 2016-10-31 22:01:37
一方面可以看下有没有相关的chip或hc数据，另外可以看下你做的那个tf的表观修饰，不表达肯定是有原因的。另外比起转入质粒，我更推荐做个knockin的细胞系稳定性更好，另外换个强启动子试过么
...

这位虫友，你好。1，这个tf在Hela和小鼠胚胎细胞中有染色质免疫沉淀的数据；2，不表达我觉得在转录因子的启动子区可能存在着甲基化；3，前期的实验证实了它能抑制肝癌细胞的增殖和迁移，现在我想往下做它的分子机制或者信号通路，你能给我一些实验设计方面的建议吗？
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5楼2016-11-01 21:49:37
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i19870503

银虫 (小有名气)
先结合es和hela的chip数据和表观修饰数据，找出可能的下游因子，比较下es和hela转录组水平的差异，如果在chipseq的结果是最好的，这个如果你有确定的候选通路或基因可以通过qpcr解决，比如你那关于增殖和迁移功能上的基因，最后利用挽救或表观证明那个tf对候选影响导致对肝癌的影响

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6楼2016-11-01 22:19:57
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choujiaoqi

铁杆木虫 (知名作家)
引用回帖:
5楼: Originally posted by she0922 at 2016-11-01 21:49:37
这位虫友，你好。1，这个tf在Hela和小鼠胚胎细胞中有染色质免疫沉淀的数据；2，不表达我觉得在转录因子的启动子区可能存在着甲基化；3，前期的实验证实了它能抑制肝癌细胞的增殖和迁移，现在我想往下做它的分子机制 ...

实验设计就按照一般思路来，检查相关指标。

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7楼2016-11-01 23:04:14
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she0922

新虫 (初入文坛)
谢谢两位专业的回答。我还有个问题，这个tf在Hela细胞中做了CHIP，在肝癌细胞中做CHIP会不会两者出来的下游基因结果是差不多的？
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8楼2016-11-02 09:11:33
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