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Lammps-2016版本在服务器（虚拟机）上如何编译已有1人参与
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| 以前我在一个工作站上采用网上 的 Install.sh的那个快捷安装方式安装成功了lammps -2014早期的版本，早期版本make文件夹中有有make.g++3等文件，现在购置了一个新的服务器（安装了虚拟机，小红帽Linux平台，96核），因为要用到2016新版本的一些功能，需重新编译。按照网上的帮助说明（http://muchong.com/html/201507/9161436.html），MPich, fftw3, 结果不能通过，不知道谁有这方面的经验，并告知，不甚感激！ |
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lammps编译步骤：首先了解你Linux系统的内核，选择合适的并行版本；第二步安装fftw和mpi；第三步编译你需要的库函数，最后编译得到运行软件。 发自小木虫Android客户端 |
2楼2016-10-28 11:09:17
3楼2016-10-28 16:46:43
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#MPI_INC = -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1 MPI_INC = -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1 -I/home/hp/bin/mpich3/include MPI_PATH = -L/home/hp/bin/mpich3/lib MPI_LIB = -lmpich -lmpl -lpthread #MPI_PATH = #MPI_LIB = # FFT library # see discussion in Section 2.2 (step 6) of manual # can be left blank to use provided KISS FFT library # INC = -DFFT setting, e.g. -DFFT_FFTW, FFT compiler settings # PATH = path for FFT library # LIB = name of FFT library FFT_INC = -DFFT_FFTW3 -I/home/hp/bin/fftw3/include FFT_PATH = -L/home/hp/bin/fftw3/lib FFT_LIB = -lfftw3f 结果无法正常编译 lmp_mpi, lmp_serial可以 fft3d.o：在函数‘fft_3d’中： /home/hp/lammps/lammps-10Aug15/src/Obj_mpi/../fft3d.cpp:151：对‘fftw_execute_dft’未定义的引用 /home/hp/lammps/lammps-10Aug15/src/Obj_mpi/../fft3d.cpp:214：对‘fftw_execute_dft’未定义的引用 /home/hp/lammps/lammps-10Aug15/src/Obj_mpi/../fft3d.cpp:277：对‘fftw_execute_dft’未定义的引用 fft3d.o：在函数‘fft_3d_create_plan’中： /home/hp/lammps/lammps-10Aug15/src/Obj_mpi/../fft3d.cpp:855：对‘fftw_plan_many_dft’未定义的引用 /home/hp/lammps/lammps-10Aug15/src/Obj_mpi/../fft3d.cpp:860：对‘fftw_plan_many_dft’未定义的引用 /home/hp/lammps/lammps-10Aug15/src/Obj_mpi/../fft3d.cpp:865：对‘fftw_plan_many_dft’未定义的引用 /home/hp/lammps/lammps-10Aug15/src/Obj_mpi/../fft3d.cpp:870：对‘fftw_plan_many_dft’未定义的引用 /home/hp/lammps/lammps-10Aug15/src/Obj_mpi/../fft3d.cpp:875：对‘fftw_plan_many_dft’未定义的引用 fft3d.o:/home/hp/lammps/lammps-10Aug15/src/Obj_mpi/../fft3d.cpp:880: more undefined references to `fftw_plan_many_dft' follow fft3d.o：在函数‘fft_3d_destroy_plan’中： /home/hp/lammps/lammps-10Aug15/src/Obj_mpi/../fft3d.cpp:987：对‘fftw_destroy_plan’未定义的引用 /home/hp/lammps/lammps-10Aug15/src/Obj_mpi/../fft3d.cpp:988：对‘fftw_destroy_plan’未定义的引用 /home/hp/lammps/lammps-10Aug15/src/Obj_mpi/../fft3d.cpp:989：对‘fftw_destroy_plan’未定义的引用 /home/hp/lammps/lammps-10Aug15/src/Obj_mpi/../fft3d.cpp:990：对‘fftw_destroy_plan’未定义的引用 /home/hp/lammps/lammps-10Aug15/src/Obj_mpi/../fft3d.cpp:991：对‘fftw_destroy_plan’未定义的引用 fft3d.o:/home/hp/lammps/lammps-10Aug15/src/Obj_mpi/../fft3d.cpp:992: more undefined references to `fftw_destroy_plan' follow fft3d.o：在函数‘fft_1d_only’中： /home/hp/lammps/lammps-10Aug15/src/Obj_mpi/../fft3d.cpp:1218：对‘fftw_execute_dft’未定义的引用 /home/hp/lammps/lammps-10Aug15/src/Obj_mpi/../fft3d.cpp:1223：对‘fftw_execute_dft’未定义的引用 /home/hp/lammps/lammps-10Aug15/src/Obj_mpi/../fft3d.cpp:1228：对‘fftw_execute_dft’未定义的引用 /home/hp/lammps/lammps-10Aug15/src/Obj_mpi/../fft3d.cpp:1218：对‘fftw_execute_dft’未定义的引用 /home/hp/lammps/lammps-10Aug15/src/Obj_mpi/../fft3d.cpp:1223：对‘fftw_execute_dft’未定义的引用 fft3d.o:/home/hp/lammps/lammps-10Aug15/src/Obj_mpi/../fft3d.cpp:1228: more undefined references to `fftw_execute_dft' follow collect2: error: ld returned 1 exit status make[1]: *** [../lmp_mpi] 错误 1 make[1]: 离开目录“/home/hp/lammps/lammps-10Aug15/src/Obj_mpi” make: *** [mpi] 错误 2 |
4楼2016-11-01 14:12:11
5楼2016-11-01 14:38:18
6楼2016-11-01 15:02:02
mengfan
铁杆木虫 (正式写手)
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【答案】应助回帖
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你去这里看看，用这个应该一次能搞定。命令是针对Linux Mint的，可以按续修改再编译 https://gist.github.com/kparrish/5731874 Install a parallel version of lammps on ubuntu based systems. |
7楼2016-11-18 12:35:36
8楼2017-12-23 14:00:08