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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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chenzi2010

银虫 (小有名气)

[交流] 【求助】分子动力学模拟孤立体系软件问题

请问用分子动力学模拟孤立体系,原子数目几百个到几千个,而且要外加压,一般用什么软件合适?

多谢!

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-25 at 13:02 ]
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yyx19840628

木虫 (著名写手)

鹰的眼睛,狼的耳朵,豹的速 ...


lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢
啥叫孤立体系?
我觉得MS的discover可以,一般的动力学都可以?
人生的最大遗憾莫过于错误地坚持了不该坚持的,轻易地放弃了不该放弃的……
2楼2008-11-28 17:15:22
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gredream

禁虫 (正式写手)

★ ★
gwdavid(金币+2,VIP+0):谢谢你的回答,欢迎再次光临计算模拟版!
本帖内容被屏蔽

3楼2008-11-29 11:34:26
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chenzi2010

银虫 (小有名气)

csfn(金币+0,VIP+0):materials exporer可以
恩,我的意思是说非周期性体系,团簇什么的
呵呵
4楼2008-11-30 09:45:05
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老虎大王

木虫 (著名写手)

★ ★
gwdavid(金币+2,VIP+0):谢谢交流!
团簇一类的体系,用一般的软件都可以做。但所有MD软件都要设置一个MD原胞。我想,你只要把原胞搞得足够大,然后在中间放一个团簇就可以了,这样模拟不受边界影响,周期性边界或自由边界都可以用。
5楼2008-12-02 08:31:39
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老虎大王

木虫 (著名写手)

★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢
对不起,我没有看到你要加外压。我不知道我说的办法是不是适合于NPT系综。你可以试试看。
6楼2008-12-02 08:35:16
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xuefei06

木虫 (正式写手)


lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢
GROMACS可以,可以在input.mdp文件中选择不周期边界
7楼2008-12-03 00:30:53
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