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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » 【求助】分子动力学模拟孤立体系软件问题
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chenzi2010

银虫 (小有名气)

[交流] 【求助】分子动力学模拟孤立体系软件问题

请问用分子动力学模拟孤立体系，原子数目几百个到几千个，而且要外加压，一般用什么软件合适？

多谢！

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-25 at 13:02 ]
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1楼 2008-11-28 17:04:42
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yyx19840628

木虫 (著名写手)

鹰的眼睛，狼的耳朵，豹的速 ...
★
lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢
啥叫孤立体系？
我觉得MS的discover可以，一般的动力学都可以？
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人生的最大遗憾莫过于错误地坚持了不该坚持的，轻易地放弃了不该放弃的……
2楼2008-11-28 17:15:22
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gredream

禁虫 (正式写手)
★ ★
gwdavid(金币+2,VIP+0):谢谢你的回答，欢迎再次光临计算模拟版!
本帖内容被屏蔽
3楼2008-11-29 11:34:26
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chenzi2010

银虫 (小有名气)
csfn(金币+0,VIP+0):materials exporer可以
恩，我的意思是说非周期性体系，团簇什么的
呵呵
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4楼2008-11-30 09:45:05
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老虎大王

木虫 (著名写手)
★ ★
gwdavid(金币+2,VIP+0):谢谢交流！
团簇一类的体系，用一般的软件都可以做。但所有MD软件都要设置一个MD原胞。我想，你只要把原胞搞得足够大，然后在中间放一个团簇就可以了，这样模拟不受边界影响，周期性边界或自由边界都可以用。
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5楼2008-12-02 08:31:39
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老虎大王

木虫 (著名写手)
★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢
对不起，我没有看到你要加外压。我不知道我说的办法是不是适合于NPT系综。你可以试试看。
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6楼2008-12-02 08:35:16
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xuefei06

木虫 (正式写手)
★
lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢
GROMACS可以，可以在input.mdp文件中选择不周期边界
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7楼2008-12-03 00:30:53
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