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【求助】cluster 安装MS4.2后，其他节点之间不能并行
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linux集群上面安装MS4.2后， 使用Discover模块计算， 不管选择多少CPU，只能在第一个节点上面进行并行计算。 其他节点上面CPU利用率一直是0. 不知道是什么原因， 希望高手能帮忙！ 下面是我计算完了的.out文件。 ------------------------------------------------------------- ERROR: ld.so: object 'libmpi_cpu.so' from LD_PRELOAD cannot be preloaded: ignored. ERROR: ld.so: object 'libmpi_cpu.so' from LD_PRELOAD cannot be preloaded: ignored. ERROR: ld.so: object 'libmpi --------------------------------------------------------------- Checked out license feature: MS_discover --------------------------------------------------------------- randomSeed is set to 844934 Line 7:BTCL> autoEcho off INPUT FILES ___________ File Type Name --------- ---- Forcefield /home/wit/Accelrys/MaterialsStudio42/Discover/../Data/Discover/res/pcff.frc Molecular data heptane.mdf Coordinate heptane.car MOLECULAR TOPOLOGY __________________ Number of molecules: 1 Number of residues: 1 Number of atoms: 23 Number of atom types: 5 Number of bonds: 22 Number of consolidated angles: 42 Number of consolidated torsions: 54 Number of bond_bond_1_3s: 54 Number of angle-angles: 84 FORCEFIELD OPTIONS __________________ Filename : pcff.frc Definition name : cff91 Version : 3.1 Last modification date : 4/1/96 # of automatic parameters : 0 NONBOND ENERGY CUTOFFS ______________________ Cutoff (A) Spline Width (A) Buffer Width (A) vdW 9.50 1.00 0.50 Coulomb 9.50 1.00 0.50 Summation method for vdW : Group based Summation method for Coulomb : Group based Dielectric : 1.00 MOLECULAR DYNAMICS __________________ Ensemble : NVT Temperature : 298.00 K Control Method : Nose, Q = 52567.20 kcal/mol*fs^2 Timestep : 1.00 fs Duration :1000000.00 fs Integration Method : Velocity Verlet Initial Velocities : Random Velocities from Boltzmann distribution Initial Temp. : 298.00 K Dynamics Summary ________________ Initial Final Average Std. Dev. ------- ----- ------- --------- Tot. energy (kcal/mol) 18.839 25.570 23.242 4.776 Pot. energy (kcal/mol) 0.194 7.164 6.432 3.383 Kin. energy (kcal/mol) 18.645 18.406 16.810 3.123 Temperature (K) 298.000 294.176 268.669 49.918 Time used by 1000000 steps is 0 hours 6 mins 58.40 secs (0.000 secs per step) Total time used by DISCOVER: 6 mins 59.83 secs (419.83 secs) Completion date: Fri Nov 28 12:10:22 2008 Exiting Discover: status OK. |
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zhengjinde
木虫 (正式写手)
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- 专业: 结构化学
4楼2008-12-03 09:30:50
★ ★ ★ ★
zdhlover(金币+4,VIP+0):非常感谢，写的很详细，欢迎常来
zdhlover(金币+4,VIP+0):非常感谢，写的很详细，欢迎常来
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这是我安装MS4.2的步骤！ 以2节点配置为例。 1，安装Centos 3.8 或 RHEL4.0 或其他linux 其中nfs rexec, rlogin, rsh 必装，若不清楚的话选择Everything 2, 二节点上都建立 msi 用户如 msi (名字自己定), 注意两个节点上的msi用户对应的密码，GID要相同，否则无法节点间并行，并一般会提示 permission denied. 两个用户的shell 最好都用 csh 3, 在两个节点上建立文件：/etc/hosts 和 /etc/hosts.equiv 如果已经有这两个文件则修改即可。如下 /etc/hosts: 127.0.0.1 node1 localhost.localdomain localhost (该行对有些软件的并行会出问题，所以可以注释掉或删除) 192.168.0.1 node1 (IP自定义即可) 192.168.0.2 node2 /etc/hosts.equiv: localhost (该行对有些软件的并行会出问题，所以可以注释掉或删除) node1 node2 4,node1上建立nfs服务，并发布共享目录： (1)编辑或建立文件 /etc/exports 内容如下： /home/msi *(rw, no_root_squash, sync) (2)发布共享目录 运行： exportfs -rv (3)编辑或建立文件 /home/msi/.rhosts 内容如下： node1 node2 5, node2节点上修改 /etc/fstab 在最后加入： node1:/home/msi /home/msi nfs defaults 0 0 注：以上系统文件操作都在root用户下进行。 6,node1上安装ms4.2, 注：使用msi用户安装，不要用root安装，否则启动ms网关时会提示无法启动进程。 (我们通过nfs同时共享了软件，所以，node2上可不装ms4.2) 到安装盘linux的文件目录下运行： ./install --type cluster (我的node1就是主节点。软件直接安装在msi用户主目录下 一路下去，在选择 hpmpi是否使用ssh时，选择否，让它默认使用rsh，否则后面配置ssh比较麻烦，对一般用户来说用不着的。同时自动让ms启动网关服务，最后安装程序还有提示如何将ms服务加到系统服务中，使得机子重启后ms可以自动启动. 这个请自行配置。 7，编辑 /home/msi/你的安装目录/share/data/machine.LINUX,输入： (删除或注释掉原来的 localhost 行。) node1:2 node2:2 （进行计算机节点设置和每个节点的CPU数设置。“2"指CPU线程数。即单科CPU 4 核的话就设置为4，而不是1） 8,检查node1 和 node2 中的， nfs, rexec, rlogin, rsh 服务是否开启。若未开启则手动使用service命令开启这些服务。如果不知道怎么手动开启。可用下面的方法： root下运行 setup-》选择 system service --> 看看这四项是否打上星号。没有的话用空格键选上。 -->OK--> 重启机子。(此时重启对于node2也完成了下面第9步挂载nfs目录的操作,所以可以跳过9) 9,在node2 中， root用户下，mount nfs 服务目录： #mount node1:/home/msi 10, 你现在应该可以往node1 上提交任务，进行cluster并行计算了。若windows下的MS建立网关时识别两个节点的CPU进程总数不对的话，检查一下文件 /home/msi/安装目录/Gateway/root_default/dsd/conf/gw-info.sbd 文件里有一个地方设置CPU总数的，看看是不是不对。 11, 有可能需要启动 lic_server 方法如下： 编辑或修改： node1 上 /home/msi/.cshrc 文件加入下面两行： source /home/msi/软件安装目录/Licensepack/etc/lp_cshrc lp_server -s 保存即可 12,对于大于2个节点以上的，其他node3，node4，。。。节点同node2配置即可。 [ Last edited by raul0716 on 2008-12-3 at 09:22 ] |
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