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dance732

新虫 (初入文坛)

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专业: 微生物资源与分类学

[求助] 分子对接软件结果：打分函数为负值，而RMSD数值过大，请问何种原因？十分感谢!

请问各位大神：
   1.用molegro virtual docker软件进行分子对接。结果：moldock score 为-98.4799；rerank score -54.7543;RMSD值为45.请问为什么rmsd这么大？而打分函数显示负值，应该是比较稳定的复合物，请问为什么矛盾？如何处理这个问题呢？
   2.结合亲和力如何理解呢？E-inter(tors,ligand atoms),定义为pose的内部能量，E-(protein-ligand）,定义为pose和蛋白质的相互作用能量。一般数值应该多少比较合理？
   3.对接软件的pose氢键（ligand map）和ligplot计算（将对接的配体蛋白复合物导出pdb格式，进行计算）出来的氢键不同，请问如何处理?如何理解？
   感激不尽！

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