| 查看: 4830 | 回复: 1 | ||
dance732新虫 (初入文坛)
|
[求助]
分子对接软件结果：打分函数为负值，而RMSD数值过大，请问何种原因？十分感谢!
|
|
请问各位大神： 1.用molegro virtual docker软件进行分子对接。结果：moldock score 为-98.4799；rerank score -54.7543;RMSD值为45.请问为什么rmsd这么大？而打分函数显示负值，应该是比较稳定的复合物，请问为什么矛盾？如何处理这个问题呢？ 2.结合亲和力如何理解呢？E-inter(tors,ligand atoms),定义为pose的内部能量，E-(protein-ligand）,定义为pose和蛋白质的相互作用能量 。一般数值应该多少比较合理？ 3.对接软件的pose氢键（ligand map）和ligplot计算（将对接的配体蛋白复合物导出pdb格式，进行计算）出来的氢键不同，请问如何处理?如何理解？ 感激不尽！ |
回复此楼» 猜你喜欢
化工专硕求调剂
已经有3人回复
-
274求调剂
已经有5人回复
-
调剂
已经有3人回复
-
08工学调剂
已经有15人回复
-
招08考数学
已经有16人回复
-
340求调剂
已经有3人回复
-
材料专硕找调剂
已经有4人回复
-
0854电子信息求调剂
已经有6人回复
-
0805 316求调剂
已经有4人回复
-
0854 考研调剂 招生了！AI 方向
已经有17人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
2楼2018-08-29 11:23:22
