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基因的Identity 和 Similarity 分别用什么软件预测呢 已有1人参与
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基因的Identity 和 Similarity 怎么区别呢？ 网上查到 Identity 表示一致性 即序列之间完全相同的部分所占的比例 Similarity 表示相似度 即形容序列在结构上的相似程度 这个结构怎么理解呢，是密码子偏好么 还有就是一般分别用什么软件算呢，软件选择不同结果会有微弱不同，有影响么。 希望有懂得大神给说说。 |
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2楼2017-01-13 16:34:27
3楼2017-01-13 16:35:37
【答案】应助回帖
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在比较nucleotide seq时认为ATCG四个碱基出现机会相等，任何两个之间相同就得一分，替换后都得零分，一个非常简单的Substitution Matrix，这个时候identities和similarities(BLAST中就是positives)是相同的，因为用了这个简单的Substitution Matrix后，计算方法两者是一样的。在比较protein seq时Substitution Matrix用的是BLOSUM，相同的氨基酸得分高，相似的氨基酸得分低，不相匹配的的零分，这个时候identities和positives的计算方法是不一样的，所以两者也就不一样了。 上述文字引用自 云之南 网易博客 这个博客写的很详细，托博客的服，我今天总算是搞清楚了。希望你们也一样。 具体内容可参考下面的网址 http://fhqdddddd.blog.163.com/blog/static/1869915420112281343311/ |
4楼2018-05-18 11:32:34
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