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dance732新虫 (初入文坛)
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[求助]
请问分子对接预处理蛋白质分子是否一定要去掉水分和自带配体？
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求教： 1. 请问分子对接，对载入的蛋白质分子进行预处理，是否一定要去掉蛋白质自带的结晶水分和配体？还是需要判断配体是否对对接过程有影响再确定？另外，confactors是否需要考虑在对接过程内，不用去除处理吧？ 2.gromacs 如何判断某个体系的溶剂盒子和参数选择等等，在哪些类型的文献或者资料中可以查找？能否列出一个文献作为例子？本人已能将说明书的例子进行运行，但难以判断新的体系的参数选择。 十分感谢！ |
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