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询问关于circular RNA 的边界值的问题
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Hi 大家好， 我最近在做 circular RNA 的项目。我一直被一个问题困扰: 大多数circular RNA的边界是不是一定来源于某个真实的exon的边界呢？ 让我来具体描述一下这个问题： 就我目前的理解, 大部分Circular RNA 形成的方式是: 后面的 exon 链回到了前面的某一个exon. 这种linking back 现象大多数时候应该只发生在同一个transcript里面。 我使用一些第三方工具 (比如 CIRI, CIRCexplorer) 尝试寻找circular rna, 他们的final report基本上都是使用: 起始position和终止position来描述一个可能的circular rna candidate. 下面是一个例子: circRNA_ID chr circRNA_start circRNA_end #junction_reads chr1:13221|13374 chr1 13221 13374 3 chr1:35245|36073 chr1 35245 36073 44 chr1:89551|90050 chr1 89551 90050 4 表中的"circRNA_start" 和 “circRNA_end" 描述了一个有效的circular rna 的candidate。 所以基于我的理解，大多数的"circRNA_start" 和 “circRNA_end" 应该一定来源于annotation 文件中 (例如 gtf 文件) 某些exon的边界。 但是，当我随便挑了几个然后在 gtf中查找的时候却发现，这些circular rna candidate的 start position 和 end position 根本对不上任何一个exon的边界值！ 这是否意味着这些 circular rna candiadte都是错误的呢？还是说我的理解有错误？ 跪求大家帮忙解答。 无限感激 |
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