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三价铁离子

金虫 (小有名气)

[求助] 求助小分子(或者原子、离子)与生物分子、蛋白质作用的分子模拟研究 已有1人参与

如题,本人想研究某些原子或离子与一些生物分子或蛋白质的相互作用,主要还是偏重这些小粒子对生物分子或蛋白质发生化学反应时的化学键断裂机理分析。自己查阅了一些资料,却一直不知道用什么软件合适,如果要用到生物分子或蛋白质的结构,有哪些数据库可以应用,还有就是这些粒子模型该如何构建,比如基态氧原子,过氧根离子等。本人非化学、生物专业,不需要进行非常复杂的生物医学研究,有用过materials studio和ADF两款分子模拟软件的一些经验。请虫友们帮助解答,万分感谢!

如果有可以推荐的论坛或者资料,也请告知一下。谢谢!
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jerkwin

专家顾问 (正式写手)

【答案】应助回帖

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三价铁离子: 金币+20, 有帮助 2016-09-30 20:10:51
体系过大的话, 可以使用QM/MM来试试, 也可以通过简化模型来做. 如果要研究动态的过程, 需要用MD软件
蛋白质的数据库就是pdb, 分子模型构建很多软件都可以, 你用过MS, 应该清楚
2楼2016-09-29 12:08:36
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