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chjt425

铁虫 (初入文坛)

[求助] linux服务器内fluent的pbs文件编写,用于后台运行计算 已有1人参与

我想在一个服务器后台运行fluent的作业,jou和pbs都编写好了,但是qsub pbs的时候并没有成功,用qstat查看的里面什么都没有。请大神帮我看看pbs是不是写错了。jou文件我用fluent直接读入没有问题,可以正常开始。
jou文件:(非稳态3D模型)

; begin to read case file
/file/read-case
; input the name of your case file
3D25000widerwuyi-2.cas
; begin to read data file
/file/read-data
; input the name of your data file
3D25000widerwuyi-2-00100.dat
; begin to iterate
/solve/set/time-step 0.00001
/solve/dual-time-iterate 80000 20
; begin to write the final data file
/file/write-data
; input the name of your final data file
3D25000-final.dat
; begin to exit
/exit
; confirm your operation
yes

pbs文件:(怀疑出错文件)

## specify the name of job
#PBS -N fluent-text1
##let all output in a file
#PBS -j oe
## Submit to specified nodes:
#PBS -l nodes=1:ppn=16
## prepare env for computing
export PATH=/ansys_inc/v160/fluent/bin:$PATH
## using openmpi through infiniband
fluent 3d -pib.openib -g -t16  -i try.jou>&jou.log

注:我的pbs文件,cas文件,dat文件和jou文件都在一个文件夹中,路径是/home1/trning/fluent_chjt,fluent的运行文件在/ansys_inc/v160/fluent/bin里面

我参考的方法见http://www.doc88.com/p-7714040900919.html

linux服务器内fluent的pbs文件编写,用于后台运行计算
)FOLO2~7S~9K`200PM1HFRI.png
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chjt425

铁虫 (初入文坛)

自己顶~
2楼2016-09-29 14:09:58
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chjt425

铁虫 (初入文坛)

没人吗??
3楼2016-09-30 08:57:37
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y.q.liu

金虫 (小有名气)


【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
查下是否有出错文件,里面有错误的记录,可以分析
如果没有,可以加一行:#PBS -o  out.txt,重新提交后,从这个文件找记录。
4楼2016-09-30 09:24:34
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chjt425

铁虫 (初入文坛)

引用回帖:
4楼: Originally posted by y.q.liu at 2016-09-30 09:24:34
查下是否有出错文件,里面有错误的记录,可以分析
如果没有,可以加一行:#PBS -o  out.txt,重新提交后,从这个文件找记录。

谢谢你哈,应该是我最后一行的问题。修改以后现在qstat可以看到提交上去了,但是不进行计算。time use显示一直为0。这个是怎么回事?大神求解。。。


## specify the name of job
#PBS -N fluent-text1
##let all output in a file
#PBS -j oe
## Submit to specified nodes:
#PBS -l nodes=2:ppn=8
## prepare env for computing
export PATH=/ansys_inc/v160/fluent/bin:$PATH
## using openmpi through infiniband
fluent -ssh -g 3d -t16 -cnf="node2:8" -i try.jou
#PBS -o  out.txt
5楼2016-09-30 14:38:31
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chjt425

铁虫 (初入文坛)

引用回帖:
5楼: Originally posted by chjt425 at 2016-09-30 14:38:31
谢谢你哈,应该是我最后一行的问题。修改以后现在qstat可以看到提交上去了,但是不进行计算。time use显示一直为0。这个是怎么回事?大神求解。。。


## specify the name of job
#PBS -N fluent-text1
##le ...

提交后,显示没有运行,也没有输出什么文件
linux服务器内fluent的pbs文件编写,用于后台运行计算-1
1$}M_%V]~FX4@$2OD1LQ5CW.png

6楼2016-10-01 14:58:43
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shjj015

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
6楼: Originally posted by chjt425 at 2016-10-01 14:58:43
提交后,显示没有运行,也没有输出什么文件

1$}M_%V]~FX4@$2OD1LQ5CW.png
...

遇到相同问题求问解决了吗?  感觉环境加载出问题作业死掉的
7楼2016-10-10 20:32:46
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chjt425

铁虫 (初入文坛)

引用回帖:
7楼: Originally posted by shjj015 at 2016-10-10 20:32:46
遇到相同问题求问解决了吗?  感觉环境加载出问题作业死掉的...

没有解决,我换了节点数后直接显示fluent命令找不到

/opt/gridview/pbs/dispatcher/mom_priv/jobs/8473.node1.SC: line 9: fluent: command not found
8楼2016-10-13 10:08:37
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shu_shu_shu

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
6楼: Originally posted by chjt425 at 2016-10-01 14:58:43
提交后,显示没有运行,也没有输出什么文件

1$}M_%V]~FX4@$2OD1LQ5CW.png
...

楼主,想问问你。最后出现这个问题是如何解决的?
9楼2017-03-22 14:56:38
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charliedhw

金虫 (初入文坛)

opt/gridview/pbs/dispatcher/mom_priv/jobs/8473.node1.SC: line 9: fluent: command not found

这是没有fluent的环境,把fluent执行文件所在目录加到PATH变量里去,或者在脚本中直接写绝对路径
10楼2017-12-01 09:30:22
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