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zhangxi008398

银虫 (小有名气)

[交流] 请教BLAST比对问题,谢谢!

我筛选了几株菌,现在在测序公司测得其基因序列,不知道怎么用BLAST比对找到我的菌所属哪一类?请教谁做过这一方面用图示意下具体在GENBANK里面怎么操作和分析结果,谢谢了!
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1楼 2008-11-23 21:04:20
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yhphaipy

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★ ★
zhangxi008398(金币+2,VIP+0):谢谢
进入GENBANK主页，点击进入blast页面，将你的测序结果输入进去，按照你想比对的类型，进行选择，点击blast，等待结果，在结果中找你想要的就行了。
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2楼2008-11-24 09:27:02
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yuhuimeiye

木虫 (著名写手)
★
zhangxi008398(金币+1,VIP+0):谢谢
楼上说的对，或者先把你的核苷酸序列转换成氨基酸序列，因为密码子的喜好性问题，可能编码相同氨基酸的密码子有不同，这样有利于你的比对结果。再blast就可以了。
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3楼2008-11-24 09:52:31
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zhangxi008398

银虫 (小有名气)
能不能说的明白点,用图示意,进入BLAST把序列添进去,参数怎么设置呢
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4楼2008-11-24 13:19:36
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zhijiangli

金虫 (正式写手)
参数默认的应该就可以了

不明白的话 可以 搜索一下 NCBI的使用方法
挺简单的

最后祝楼主实验顺利
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缘分这东西O(∩_∩)O~
5楼2008-11-24 16:01:14
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欣晴5832

金虫 (小有名气)
也可以用DNASTAR软件，打开MegAlign,点击New Search，有一项是blast select，自动连接到NCBI,可以提供与你序列最相似的序列信息，很方便，有这个软件的话可以试一下。
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6楼2008-11-24 22:21:50
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zhangxi008398

银虫 (小有名气)
谢谢大家!
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7楼2008-11-30 18:26:24
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lifei-fei

金虫 (著名写手)

伊丽莎白
进入GENBANK主页，点击进入blast页面，将你的测序结果输入进去，按照你想比对的类型，进行选择，点击blast，等待结果，在结果中找你想要的就行了。
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做有意义的事就是好好活着！
8楼2008-11-30 21:44:32
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