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xd88225906金虫 (著名写手)
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[求助]
高通量测序相关问题
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1.请问高通量测序的unclassified的属占将近20%，这个代表什么意义呢，感觉好高啊，其余的最大比例的属才占7%，是测序深度不够吗？ 2.另外，看测序深度一般看哪几个曲线或指标呢？文献中有看Coverage，稀释曲线，还有用Shannon曲线来看的，我的稀释曲线没有到平台期，但是Coverage有0.96以上，Shannon曲线有平台期，那我的测序深度到底够吗？ 3.比较不同组间的百分比可以吗？是不是要大很多才有意义？ 请大神指导下，第一次做高通量，看不太懂报告。 @zslddt @zslddt 发自小木虫IOS客户端 |
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xd88225906(gaofeng925代发): 金币+3, 积极应助 2016-09-26 10:05:18
xd88225906(gaofeng925代发): 金币+3, 积极应助 2016-09-26 10:05:18
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1 unclassified表示没有鉴别出来的，就是拿测出来的序列，放到数据库里进行比，有20%的属是鉴别不出来的。这个主要跟数据库有关。举个例子，书上有100中蘑菇，你拿着这本书去森林里比对蘑菇，根据书本的信息，森林里80%的蘑菇可以叫出名字，20%的蘑菇书上没有，因为之前没人发现或者命名过，就叫不上名字了。这个20%的蘑菇，就是你测出来的但是没有比对上的unclassified的属。 2 测序深度主要看稀释曲线，coverage主要是说覆盖度，0.96说明测了96%，shannon曲线主要是看微生物的多样性指数。 3 不知道你比较百分比的目的哈！要根据你的实验目的，来做分析哈。 其实这些你可以找测序公司咨询。测序公司应该都会提供这些售后指导服务的。（像我们公司就提供哈  ） |
2楼2016-09-26 09:53:51
xd88225906
金虫 (著名写手)
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3楼2016-09-26 14:58:19