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铁杆木虫 (著名写手)

[求助] 序列比对 已有1人参与

我克隆了一个已知基因(Dt1)的一部分,DNA比对发现有突变位点,我想知道这个突变位点是否引起了氨基酸的突变,进而改变了蛋白质。这个基因的内含子比较小(共4段,每段最长217bp),我怎么将我测序的序列翻译成氨基酸然后进行比对?希望高手指点
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1135482512

铁杆木虫 (著名写手)

xn8008: 欢迎发帖交流 2016-09-22 07:50:56
2楼2016-09-22 07:25:15
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010308Jing

木虫 (正式写手)


xn8008: 金币+1, 欢迎发帖交流 2016-09-22 07:51:01
试试APE这个软件,看看有没有效果

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3楼2016-09-22 07:33:30
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king_knight

金虫 (小有名气)


西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2016-09-22 22:23:30
看一下是不是插入突变啊 如果只是单纯的替换的话 自己就可以看表达的是什么啊 只要对照原来序列将那个点换过来 看翻译的氨基酸是不是原来的不就行了吗

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4楼2016-09-22 20:47:18
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过烟云烟

铁杆木虫 (著名写手)


西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2016-09-22 22:24:17
你是用cdna做模板扩的吗,如果是直接翻译就可以,如果不是,你要先把内含子去掉在翻译看看

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once you've accepted your flaws, no one can use them against you.
5楼2016-09-22 22:09:36
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Liumengya

木虫 (正式写手)

你是怎么发现突变的?是测序结果与ncbi上比对有突变吗

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6楼2016-09-25 23:22:10
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1135482512

铁杆木虫 (著名写手)

引用回帖:
6楼: Originally posted by Liumengya at 2016-09-25 23:22:10
你是怎么发现突变的?是测序结果与ncbi上比对有突变吗

对,是这么比对的

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7楼2016-09-26 07:09:52
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1135482512

铁杆木虫 (著名写手)

引用回帖:
5楼: Originally posted by 过烟云烟 at 2016-09-22 22:09:36
你是用cdna做模板扩的吗,如果是直接翻译就可以,如果不是,你要先把内含子去掉在翻译看看

全部手动扣除,直接翻译?

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8楼2016-09-26 07:11:13
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Liumengya

木虫 (正式写手)

引用回帖:
7楼: Originally posted by 1135482512 at 2016-09-26 07:09:52
对,是这么比对的
...

不妨把序列贴出来看看,我感觉不一定是突变

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9楼2016-09-26 08:01:18
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1135482512

铁杆木虫 (著名写手)

引用回帖:
9楼: Originally posted by Liumengya at 2016-09-26 08:01:18
不妨把序列贴出来看看,我感觉不一定是突变
...

为什么你觉得不一定是突变呢?

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10楼2016-09-26 14:47:32
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